De seizoensopener 'Red Rain' zet de actie voort uit de finale van vorig seizoen, toen Anna Red Sky op de planeet losliet. Met de wereld op de rand van oorlog en chaos rondom, is er iemand die het kan opnemen tegen Anna? Ondertussen zit Ryan in isolatie op het moederschip, weg van zijn hybride baby, zodat Anna op haar kan experimenteren; Chad, die verlossing zoekt omdat hij door Anna is gebruikt, wil nu vechten met de Vijfde Colonne; en Erica gaat op reis om een wetenschapper te vinden die haar de antwoorden kan geven op wat Red Sky is, en waar ze het gruwelijke geheim ontdekt van wat de V's op onze planeet doen.

Anna en Diana gaan met elkaar om in de donkere ingewanden van het moederschip. Diana is daar al 15 jaar en heeft geen enkele glimp van Anna opgevangen. Ondertussen laat Erica Tylers bloed analyseren en ontdekt ze dat de V's iets sinisters met haar hebben gedaan toen ze zwanger van hem was.

Erica ontdekt dat haar partner, Malik, een Bezoeker is en moet vechten voor haar leven, letterlijk, om te voorkomen dat Anna erachter komt dat ze de Vijfde Colonne is. Ondertussen ontdekt Anna dat Malik vermist is en beveelt Ryan haar te zoeken, terwijl Lisa zich realiseert dat haar lichaam begint te veranderen, waardoor ze steeds meer op haar moeder gaat lijken.

Nadat de radicale factie van de Vijfde Colonne drie vredesambassadeurs heeft vermoord, gaat Erica op een missie om hun leider, Eli Cohn, een voormalige Mossad-agent op te sporen. Ondertussen, terwijl Jack en andere priesters over de hele wereld zich uitspreken tegen de bezoekers, gaat Anna naar het Vaticaan in een poging de leiders van de georganiseerde religie ervan te overtuigen dat de bezoekers echt "van vrede" zijn.

Anna gebruikt haar nieuwste geschenk aan de mensheid, 'Concordia', als dekmantel om een binnenvallende vloot van broedschepen te verbergen die zullen worden gebruikt om het voortbestaan van bezoekers voor toekomstige generaties te verzekeren. Ondertussen probeert Eli Cohn (gastspeler Oded Fehr) Erica en de Vijfde Colonne ervan te overtuigen dat het "Concordia"-gala het perfecte moment is om Anna te vermoorden.

Anna, woedend over de toenemende brutaliteit van de aanvallen van de Vijfde Colonne, schakelt Ryan in om de Vijfde Colonne in één klap uit te roeien. Ondertussen vraagt pater Travis, op bevel van het Vaticaan, Jack om de kerk te verlaten, en Lisa ontmoet Diana, haar grootmoeder, van wie Anna zei dat ze dood was, voor de eerste keer.

Erica, op zoek naar wraak op Anna, gaat naar Hong Kong om een missie uit te voeren om Anna een dodelijke slag toe te brengen. Ondertussen komt Anna erachter dat Tylers fosforgehalte te laag is - zelfs na de Rode Regen - en dat hij misschien nutteloos voor haar wordt. en Lisa en Diana vormen een band en beginnen een alliantie tegen Anna te vormen.

Erica, die nu officieel de leiding heeft over de wereldwijde Vijfde Colonne, leidt hen in een risicovolle aanval op Anna. Anna, die steeds dichter bij haar plan komt om de mensheid te vernietigen, vindt een groot obstakel in een bepaalde Live Aboard-kandidaat; en Ryan sluipt terug naar het moederschip om te proberen zijn dochter te redden.

Anna staat op het punt de schakelaar van de eerste Blue Energy-reactor van de planeet over te halen, maar Sid realiseert zich dat de reactor veel te groot is voor alleen de verschillende Concordia locaties, de Vijfde Colonne moet uitzoeken wat Anna echt van plan is. En Diana vertelt Lisa dat ze nu tegen Anna moet optreden, haar lot moet vervullen en mensen van vernietiging moet redden.