Il trascorrere di una tranquilla giornata viene scosso dall'arrivo di ventinove navi spaziali, che sovrastano le maggiori città del mondo. Prima che il panico si impossessi della popolazione, viene proiettato il rassicurante e completamente umano volto del leader degli alieni, che presenta il proprio popolo come "Visitors" che intendono sostare per un breve tempo sulla Terra, per proseguire il loro viaggio. Chiedono di poter approfittare di alcune risorse, promettendo in cambio tecnologia e conoscenza.

C'è tuttavia chi dubita delle loro buone intenzioni: gli agenti dell'FBI Erica e Dale, indagando su una presunta cellula terroristica, si trovano ad avere a che fare con un centro di resistenza contro gli alieni. Durante un tentativo di infiltrazione da parte di Erica, vi è un'irruzione. Si scopre che Dale è in realtà un Visitor, e una ferita rivela la sua natura non umana. Erica lo ferisce mortalmente con un'asta e riesce a scappare insieme a Padre Landry, un prete capitato quasi per caso nella cellula di resistenza, grazie anche all'intervento di Ryan, un Visitor infiltrato, da molti anni membro della "Quinta Colonna", gruppo di disertori che si oppongono al misterioso piano della propria razza.

Intanto il figlio di Erica, Tyler, è attratto dai nuovi arrivati, in particolare da una splendida ragazza, Lisa, e decide di arruolarsi come "Ambasciatore di Pace".

Anna, la leader dei Visitors, partecipa allo show televisivo del giornalista Chad Decker per continuare a divulgare al mondo intero il messaggio di pace e fratellanza agli umani. L'agente dell'FBI Erica Evans è però sempre più convinta che gli alieni abbiano intenzioni ben diverse da quelle che proclamano...

Chad Decker presenzia con le telecamere del suo show alla consegna di cento passaporti diplomatici ai Visitors; Anna è la prima a riceverlo. L'opposizione verso tale scelta non manca di manifestarsi. Erica riceve l'incarico di fare da scorta ai portavoce dei Visitors, che hanno ricevuto minacce di morte, coadiuvata da un agente alieno...

Anna chiede a Lisa di portare Tyler a bordo dell'astronave per un esperimento. Chad è turbato da una scoperta fatta in un centro di guarigione dei Visitors, mentre Erica indaga con un alleato su una possibile minaccia biologica...

Erica scopre che suo figlio Tyler è salito a bordo della nave e lei, in preda al panico, vuole andare a prenderlo al centro ambasciatori di pace. Gli parla, ma scopre di avere di fronte solo l'ologramma di Tyler che le dice di volere restare lì. Tornata all'FBI incontra Marcus (il vice di Anna). Lui mostra agli agenti come sono riusciti a scoprire chi aveva distrutto il magazzino. Erica è spaventata, ma l'impronta digitale rilevata non risulta la sua ma quella di un noto terrorista: Kyle Hobbes. Erica racconta i fatti ai membri della squadra i quali cercano e trovano Kyle Hobbes.

Erica porta Tyler per qualche giorno fuori città da suo padre, sperando così di tenerlo al sicuro. Ma ben presto Anna invia Lisa da lui per riportarlo sulla Nave Madre. Hobbes suggerisce di approfittare del messaggio che Anna sta per trasmettere ai Visitors per inserire una sorta di chiamata alle armi per coloro che fanno parte della Quinta Colonna. Ryan decide di salire sulla Nave Madre per inserire all'interno di un messaggio di Anna al mondo un file per far "rivivere" la Quinta Colonna ("John May è vivo") e per recuperare una fiala di fosforo, poiché la sua donna che è incinta ne ha bisogno di una dose abbondante (il nascituro è per metà umano e per metà Visitor). Mentre sta lasciando la nave incontra Georgie andato lì per aiutarlo, e all'uscita quest'ultimo si sacrifica e permette al suo amico V di salvarsi.

In questo episodio si parla di John May il fondatore della Quinta Colonna, cioè i Visitors che fanno parte della resistenza e si oppongono al potere e al piano che Anna sta mettendo in atto per farsi accettare dagli umani per poi usarli per i suoi scopi. Si scopre che non solo è stato Ryan l'ultimo a vedere in vita John May, ma che era lui il sicario che l'ha ucciso, prima di convertirsi e unirsi alla Quinta Colonna. Grazie al figlio di John trovano una trasmittente obsoleta non più intercettata dalle navi madri, con la quale mettersi in contatto con i Visitors della Quinta Colonna presenti sulla nave madre. Così Ryan, Erica e gli altri riescono a parlare con Georgie, che è stato torturato, e gli dicono di resistere. Ma lui per paura di non riuscire a resistere ancora si fa uccidere.

Chad ed Anna sono a Ginevra per un summit sull'energia, nel corso del quale il leader dei Visitatori ha intenzione di presentare un dono tecnologico da offrire all'umanità. Intanto Erica scopre che una task-force degli alieni sta indagando sulla Quinta Colonna...

Erica, Ryan, padre Jack e Hobbes scoprono che Anna ha inviato uno shuttle con a bordo una squadra di Visitors addestrata appositamente per dare loro la caccia. Intanto Anna consegna a Tyler l'invito per il programma "Vivere a bordo" e Chad chiede spiegazioni a padre Jack sulla Quinta Colonna...

Anna afferma che i Visitors stanno lasciando il pianeta, ma spera di ottenere l'aiuto di Chad per scoprire chi siano i membri della Quinta Colonna. Nel frattempo uno scienziato potrebbe essere riuscito a sviluppare un'arma mortale in grado di distruggere gli alieni, si tratta di un virus mortale scoperto per caso, potrebbe porre fine all'esistenza dei Visitors.

Erica e Tyler ricevono l'invito di Anna a recarsi a bordo dell'astronave madre. Dopo aver partorito il "bambino" sull'astronave, Val viene uccisa da Anna. Grazie all'aiuto dei Visitors ribelli ad Anna che sono a bordo, Erica distrugge le uova deposte per formare l'esercito alieno. Quando la regina Visitor scopre ciò che è accaduto, vuole vendicarsi e ordina alle sue navi di prepararsi per attaccare la terra. Tuttavia Anna, prova la sua prima emozione umana.