Tientallen UFO's verschijnen plotseling op aarde, zweven boven grote steden over de hele wereld en beweren dat het hun doel is om de mensheid te helpen, door een enorm superieure intelligentie en technologie te leveren in ruil voor water en mineralen die alleen op aarde te vinden zijn. De leider van de V's, Anna, gebruikt de populaire tv-presentator Chad Decker om haar berichten aan de Humans te bezorgen, maar er ontstaat verdenking van FBI-onderzoeker Erica, die gelooft dat de V's andere bedoelingen hebben dan zij beweren.

Chad Decker organiseert een debat over de V's. De verdenking komt voort uit FBI-onderzoeker Erica die gelooft dat de V's andere bedoelingen hebben dan zij beweren. Erica en pater Jack worden opgespoord door een zoeker.

Chad meldt vanuit het Peace Ambassador Center dat 100 diplomatieke visa worden afgegeven aan de eerste golf van Amerikaanse bezoekers, waarbij Anna de eerste krijgt, maar niet iedereen is het met de beslissing eens. Erica heeft de taak gekregen om de V's te beschermen en volgt een doodsbedreiging op terwijl ze gekoppeld is aan een V-officier. Ondertussen begint Ryan contact te zoeken met zijn oude vrienden om oppositiekrachten op te bouwen en te helpen de V's te bestrijden.

Erica werkt samen met nieuwe bondgenoten om een biologische dreiging bloot te leggen waarvan ze vermoeden dat de bezoekers een complot hebben gesmeed. Aan boord van het moederschip ontmoet Anna een speciale gast, terwijl ze het onderzoek leidt naar de moord op een V. Chad doet een segment over de V Healing Centers om hun verbazingwekkende medische vaardigheden te demonstreren, maar merkt dat hij in strijd is met sommige van zijn bevindingen.

Erica verkeert in gevaar als ze thuis wordt aangevallen; een gevaarlijk nieuw lid wordt gerekruteerd voor het verzet terwijl de bezoekers hun verdediging versterken. Anna vraagt zich af waarom Chad zijn gediagnosticeerde aneurysma niet heeft opgevolgd en Ryans bezorgdheid groeit over Vals 'abnormale' zwangerschap.

Anna haar proefprogramma introduceert om geselecteerde groepen mensen uit te nodigen om op elk van de 29 ruimteschepen te verblijven, Ryan moet omgaan met het feit dat Valerie's zwangerschap enorm wordt versneld. Tyler ontdekt een geheim over zijn moeder en een van de teamleden brengt een offer om Ryan te redden.

Erica, Ryan en Jack gaan op een schrijnende missie om de legendarische John May te vinden om Georgie te redden. Anna brengt Chad aan boord van het moederschip voor een verhaal over haar Live Aboard Program en Tyler confronteert zijn moeder met zijn mysterieuze verleden.

Chad en Anna zijn in Genève voor de VN-energietop waar Anna een geschenk van technologie aan de wereld zal presenteren. Ondertussen komt Erica erachter dat de V Task Force onderzoek doet naar The Fifth Column en Valerie gaat op de vlucht, wetende dat er iets anders aan de hand is met haar baby en niet zeker of ze Ryan kan vertrouwen.

Erica, pater Jack en Hobbes beseffen dat de V's de namen en adressen kennen van de leden van de Fifth Column en moeten drastische maatregelen nemen om hen te beschermen, terwijl Ryan uiteindelijk aan Val onthult dat hij een Bezoeker is. En Chad, met de camera aan het rollen voor "Prime Focus", begint het proces aan boord van de Mothership's Medical Bay om zijn aneurysma te laten verwijderen.

Erica, Ryan, Father Jack en Hobbes ontdekken dat Anna een V-shuttle met een dodelijk spoorteam heeft gestuurd om ze te vinden en moeten uitzoeken hoe ze kunnen voorkomen dat de shuttle landt. Ondertussen geeft Anna Tyler een uitnodiging voor het Live Aboard-programma en confronteert Chad Father Jack met wat hij weet over The Fifth Column.

Na een gewelddadige aanval op iemand die heel dicht bij Anna staat, brengt ze een bericht over dat de V's zich niet veilig voelen en zullen vertrekken, terwijl ze ook een lijst met mogelijke leden van de Vijfde Colonne aan Chad geeft in de hoop dat hij het onderzoek zal doen om ze te helpen vinden. . Ondertussen proberen Erica en het team een wetenschapper op te sporen die mogelijk een wapen heeft gemaakt waar de bezoekers bang voor zijn.

Een V-soldaat is nog steeds op jacht naar Val wanneer haar water breekt en haar baby binnenkort wordt geboren. Ondertussen besluit Erica, die het defensief moe is, in de aanval te gaan en wordt zij en Tyler uitgenodigd op het moederschip voor een diner om iedereen beter te leren kennen. Maar ze heeft meer dan eten aan haar hoofd, ze is er echt om Anna's soldaten te vinden en ze te vernietigen. Ondertussen, nadat pater Jack Chad heeft gevraagd om Joshua te helpen een bericht te krijgen, ontdekt hij dat Anna hem gebruikt.

De seizoensopener 'Red Rain' zet de actie voort uit de finale van vorig seizoen, toen Anna Red Sky op de planeet losliet. Met de wereld op de rand van oorlog en chaos rondom, is er iemand die het kan opnemen tegen Anna? Ondertussen zit Ryan in isolatie op het moederschip, weg van zijn hybride baby, zodat Anna op haar kan experimenteren; Chad, die verlossing zoekt omdat hij door Anna is gebruikt, wil nu vechten met de Vijfde Colonne; en Erica gaat op reis om een wetenschapper te vinden die haar de antwoorden kan geven op wat Red Sky is, en waar ze het gruwelijke geheim ontdekt van wat de V's op onze planeet doen.

Anna en Diana gaan met elkaar om in de donkere ingewanden van het moederschip. Diana is daar al 15 jaar en heeft geen enkele glimp van Anna opgevangen. Ondertussen laat Erica Tylers bloed analyseren en ontdekt ze dat de V's iets sinisters met haar hebben gedaan toen ze zwanger van hem was.

Erica ontdekt dat haar partner, Malik, een Bezoeker is en moet vechten voor haar leven, letterlijk, om te voorkomen dat Anna erachter komt dat ze de Vijfde Colonne is. Ondertussen ontdekt Anna dat Malik vermist is en beveelt Ryan haar te zoeken, terwijl Lisa zich realiseert dat haar lichaam begint te veranderen, waardoor ze steeds meer op haar moeder gaat lijken.

Nadat de radicale factie van de Vijfde Colonne drie vredesambassadeurs heeft vermoord, gaat Erica op een missie om hun leider, Eli Cohn, een voormalige Mossad-agent op te sporen. Ondertussen, terwijl Jack en andere priesters over de hele wereld zich uitspreken tegen de bezoekers, gaat Anna naar het Vaticaan in een poging de leiders van de georganiseerde religie ervan te overtuigen dat de bezoekers echt "van vrede" zijn.

Anna gebruikt haar nieuwste geschenk aan de mensheid, 'Concordia', als dekmantel om een binnenvallende vloot van broedschepen te verbergen die zullen worden gebruikt om het voortbestaan van bezoekers voor toekomstige generaties te verzekeren. Ondertussen probeert Eli Cohn (gastspeler Oded Fehr) Erica en de Vijfde Colonne ervan te overtuigen dat het "Concordia"-gala het perfecte moment is om Anna te vermoorden.

Anna, woedend over de toenemende brutaliteit van de aanvallen van de Vijfde Colonne, schakelt Ryan in om de Vijfde Colonne in één klap uit te roeien. Ondertussen vraagt pater Travis, op bevel van het Vaticaan, Jack om de kerk te verlaten, en Lisa ontmoet Diana, haar grootmoeder, van wie Anna zei dat ze dood was, voor de eerste keer.

Erica, op zoek naar wraak op Anna, gaat naar Hong Kong om een missie uit te voeren om Anna een dodelijke slag toe te brengen. Ondertussen komt Anna erachter dat Tylers fosforgehalte te laag is - zelfs na de Rode Regen - en dat hij misschien nutteloos voor haar wordt. en Lisa en Diana vormen een band en beginnen een alliantie tegen Anna te vormen.

Erica, die nu officieel de leiding heeft over de wereldwijde Vijfde Colonne, leidt hen in een risicovolle aanval op Anna. Anna, die steeds dichter bij haar plan komt om de mensheid te vernietigen, vindt een groot obstakel in een bepaalde Live Aboard-kandidaat; en Ryan sluipt terug naar het moederschip om te proberen zijn dochter te redden.

Anna staat op het punt de schakelaar van de eerste Blue Energy-reactor van de planeet over te halen, maar Sid realiseert zich dat de reactor veel te groot is voor alleen de verschillende Concordia locaties, de Vijfde Colonne moet uitzoeken wat Anna echt van plan is. En Diana vertelt Lisa dat ze nu tegen Anna moet optreden, haar lot moet vervullen en mensen van vernietiging moet redden.

Anna is erop gericht Lisa met Tyler te laten fokken om de evolutie van de bezoekers te verzekeren, terwijl Erica en Diana Lisa inschakelen om een staatsgreep tegen Anna te plegen en haar van de macht te verwijderen voordat de mensheid wordt vernietigd. Erica en de Vijfde Colonne sluiten zich aan bij Lisa in de poging tot staatsgreep, die verwoestende resultaten heeft. Ook in de aflevering speelt Marc Singer, die vrijheidsstrijder Mike Donovan speelde in de originele "V"-serie, een gastrol als Lars Tremont, een lid van een uiterst geheime organisatie van hooggeplaatste leger- en regeringsleiders van over de hele wereld die al lang vermoedde dat de bezoekers hier niet in vrede zijn.