被禁飛的新海情緒低落，獨自到河邊散心，偶然被路過的緒川碰上。 同時對新海有好感的空姐深浦也出現了，並說他想成為新海的女友。 這讓緒川以為新海是個玩世不恭的人。 希望盡快恢復飛行的新海去找監察香田理論，兩人發生爭執。 香田認為新太衝動不能勝任副駕駛的工作，建議他去做地勤。 氣憤的新海打算在被解僱前自動辭職。 失意的新海去到緒川工作的地方向她訴說心事，乘務長紀子也勸他不要輕易放棄。 家人和同事的鼓勵讓他決心重新開始成為真正稱職的機長。 香田告訴新海，申請解僱他的報告被駁回了，但其實香田更本沒有遞上解僱他的報告，因為他並沒有這個打算。

飛往香港的911航班，因正機長突然生病而改為香田和新海共同駕駛。 大家都很擔心兩人是否能順利合作。 機上有位民自黨的議員因為突然感到極度緊張而要求下機。 新海認為不能因為一個乘客的害怕就讓其他的乘客耽誤時間，但香田還是決定中途緊急降落成田機場。 議員由於得到及時的救助而沒有生命危險。 新海想約緒川吃飯但被拒絕了。 新海在小店偶然遇到吃飯的緒川，閒聊中緒川告訴新海自己因為害怕而從未坐過飛機，而自己也正是因為這樣想當飛機機械師。 新海主動要求擔任緒川要搭飛機的副駕駛。 飛機起飛前緒川非常害怕，新海用對講機說話安慰她。 她終於在飛機起飛前下了機。 後來還打電話給新海表示她的感激之情。

上海一家飯店失火，政府要派出一架專機去接受傷的日本客人。 由於任務重要，大家都希望自己能參加。 新海意外的被委任為副駕駛，原來是香田指明要他的。 紀子也被要求參加這項行動，但她也被告知，這也將是自己最後的一次飛行，上級希望她能升任乘務教官。 參加行動的各部門召開了緊急會議，會上紀子由於一時分散精力而被香田責備。 香田讓紀子把這次飛行當作光榮引退的最後一次執勤。 聽到他們對話的新海十分不認同香田這種對待同事冷酷的態度。 當飛機正要起飛的時候，一名傷者因為失去了丈夫情緒十分激動並拒絕獨自回日本。 飛機只能暫緩起飛。 在紀子的全力勸說下，傷者的情緒終於穩定下來，飛機順利的起飛了。 新海不希望紀子離開飛行去做教官，勸她不要離開。 新海與緒川又在小餐廳相遇，新海向她聊起了這次飛行的感想。 紀子終於決定放棄晉升為教官的機會繼續飛行。

個性活潑的深浦因為飛行表現不佳被正好搭乘飛機的的香田要求離職。 而深蒲也因為不能接受香田對自己的惡劣態度反過來控告香田誹謗。 那些本來對香田就不滿的空姐們也一起提出抗議要求不再跟他一起飛行。 由於空服員的抗議，香田被暫時解除了職務。 新海為他感到很不安。 緒川為香田抱不平，找到深蒲理論。 新海為了讓深蒲撤告答應跟她約會。 在酒吧里，他們卻遇到了也來喝酒的緒川和香田。 新海的弟弟不想念高中從家裡跑了出來，原來弟弟是因為想繼承家的船業才離家出走的。 因為新海，深蒲撤銷了對香田的控訴。 新海找到緒川向她告白了自己對她的感覺，原來緒川也早以喜歡上了新海，兩人終於互相表明了心跡。

新海和緒川打算在周日飛行結束的晚上第一次約會，香田也約紀子這天一起吃晚餐。 從北京回來的飛行中，飛機遇到了雷電而無法降落。 只好改道到北邊的新千歲機場降落，但這樣乘客要到第二天才能到達東京。 新海擔心一位急著趕回東京做手術的醫生而反對，在新海的說服下，香田終於決定先去新千歲加油再飛回成田。 等待新海和香田的緒川和紀子在酒吧相遇，兩人聊了起來。 在新海和香田的共同努力下，飛機終於在濃霧中安全降落。

在身體檢查中，新海因為吸煙過度咽喉疼而被要求停止飛行。 恢復後，新海與德高望重的老機長三上一起參加由香田當考官的考試，飛行途中遇到了危險的積雨雲。 考核的結果出乎意料，新海通過了，但老機長卻因香田判斷他失去了指揮能力而未通過。 回來的路上，山上告訴了新海香田心中的心結。 12年前由於香田感冒，由他尊敬的老飛行員替他飛行。 但飛機後來失事，香田從此也將失事的責任背負到自己身上而變得特別苛刻。 而紀子當時正與香田交往，也正是因為此事兩人黯然分手了，香田也一直沒有走出這個心理陰影。 大家為山上舉行了隆重的歡送會，山上和香田對彼此的決定都十分理解。

原來緒川的父母正是在香田那次飛行事故中喪生。 她也終於知道每次父母忌日寄錢的人是誰，她猜想那人一定是香田。 新海因為自己弄哭了緒川去找她道歉，但緒川卻不想見他。 在飛往漢城的飛機上，學生們希望能參觀駕駛室，由於安全原因駕駛室無法開放，但新海耐心的通過廣播向學生介紹了駕駛室滿足了學生的要求。 新海向紀子詢問起12年前事故的事，紀子也說起兩人分手的原因，但她至今也還喜歡著香田。 緒川工作時手受了傷，新海去探望她。 緒川告訴新海自己害怕坐飛機的真實原因，是因為父母正是在香田要飛的那次事故中死去的。 她不知道以後該怎麼面對香田。 紀子找到香田，希望兩人能努力走出過去的陰影。 緒川要把香田一直以來寄給她的錢還給他，並勸香田要忘記過去，好好珍惜現在的生活。 緊急逃生訓練開始了，各部門都投入到緊張的訓練中。 訓練中，新海為了保護香田，自己從滑梯上摔下受了傷。

新海的父親趕到醫院，醫生告訴他新海無法繼續當飛行員了，因為神經受傷而使腳留下了後遺症。 父親將真相告訴了新海，新海痛苦不堪。 新海努力的試著恢復，三週後終於可以扶著拐杖行走了。 父親勸新海回家開船，但新海仍不願放棄當飛行員的想法。 一個月後新海出院了，緒川來到他家看他。 新海告訴緒川自己無法再飛行了，但緒川要他遵守諾言帶自己飛行。 新海答應她自己一定不會放棄。 新海得知香田因為自己的事打算辭職，憤怒的他找到香田想阻止他。 新海告訴香田自己一定會努力恢復，重新飛行，並要香田等自己恢復後繼續指導自己一起飛行。 香田終於撕毀了自己的辭職信。

醫生告訴新海可以透過手術讓他恢復，但風險很大，失敗的話可能回殘廢。 為了能重新飛行，新海決定冒險一試。 三個月後，新海終於康復了。 香田負責監察他的飛行考試，通過考試才可以正式復職。 緒川也要參加這次飛行，她希望自己能目睹這次決定新海命運的飛行。 飛行途中遇到了氣流，而緒川也因為害怕而感到不適，兩人都經受考驗。 在香田和新海的默契配合下，飛機終於飛出了雲團。 但飛機客艙突然停電，大家都陷入了恐慌當中。 香田讓在飛機上的緒川找出原因。 新海為確保飛機的安全親自檢查，終於發現了停電原因。 幸運的是駕駛系統並不會受到影響。 飛機終於安全降落了，兩人都通過了各自的考驗。 面對升起的朝陽，緒川與新海緊握雙手；而紀子和香田也決定走出過去，重新開始新的生活。