新海元（木村拓哉）は監査官の香田（堤真一）から謹慎処分を命じられた。 時間をもてあました元は、フラリと公園に足を運ぶ。偶然元を見かけた深浦うらら（内山理名）は、ここぞとばかりに元を食事に誘う。元が困っていると、そこに歩実（柴咲コウ）が偶然通りかかる。歩実を恋のライバルだと感じたうららは、歩実に対して挑戦的な態度をとるが、歩実はパイロットになど興味はないとその場を去る。一週間後、元は久しぶりのフライトに心を弾ませ向かう。が、香田の指示により自分がシフトから外されていることを知る。元は運航監査室にのりこみ、たかぶる感情をなんとか抑え、香田にシフトから外された理由を問う。しかし香田は「君には飛ぶ資格がない」と言うだけ。その上、役員会に元の退職勧告を申請するという。元が辞めるという話は、またたく間に社内に広まった。機長の内藤ジェーン（竹中直人）やCA達にまで…。噂をきいたうららたちは早速、元のために送別会を開く。無理やり送別会につれられた元は、席についたとたんなぜやめるのかと質問攻めに合い、うんざり。そこへ偶然、歩実たち整備士のグループも現れ…。

この日元（木村拓哉）は、全日空機911便香港行きのフライトにシフトされていた。機長は内藤ジェーン（竹中直人）のはずであったが、当日の朝、機長が風邪でダウン。急遽、スタンバイの香田（堤真一）が機長を務めることになった。その日のクルーは、パーサーには太田（段田安則）、 CAにはのり子（黒木瞳）、うらら（内山理名）、美和子（加藤貴子）といった顔ぶれ。完璧な仕事を要求する香田機長のフライトとあって、クルーにも緊張感が走る。離陸5分前、太田からコックピットに、まだ3名の乗客が搭乗していないという連絡が入る。そのお客とは、代議士の小倉（黒部進）とその秘書たちだった。グランドホステスの誘導によって、なんとか離陸予定時刻直前に小倉代議士らは搭乗。香田と元が操縦する全日空機911便は香港にむけて飛び立った。しかし離陸直後、小倉代議士の様子がおかしいことに、のり子が気づく。ハンカチを握りしめ、しきりに額の汗を拭い、体調に異常があるように見受けられる。気づかいながら声をかけたのり子に、小倉代議士は突然飛行機から降ろせと言い出す。

上海で火災発生のニュースを見ていた新海元（木村拓哉）たちに、負傷している日本人のために政府が特別に飛行機を手配するよう指示が入る。誰も行きたがらない雰囲気を出していたが、元が副操縦士として任命されてしまう。なんと元を指名してきたのは香田（堤真一）だったのだ。飛行機の準備に騒然となる中、のりこ（黒木瞳）は動揺していた。

新海元（木村拓哉）は海外研修から帰るため乗客として飛行機に乗っていた。うらら（内山理名）の仕事ぶりを香田（堤真一）は観察していた。うららは有名なダンサーが乗っていると知り、その乗客だけに接してしまう。その態度に香田は、うららを裏に連れて行き激怒する。無事、フライトが終わったと息もつかぬまま、うららは香田を訴えると言い出した。

新海元（木村拓哉）は医者のミサ（石井えり）が一刻も早く帰国したいという想いを感じ、チケットを取ることに。ミサが担当している患者の容態が悪化したためだった。しかしミサが搭乗した便が悪天候のため着陸に困難を要した。機内全体がピリピリしている中、機長は千歳空港に進路変更すると決めてしまった。

身体検査と監査の季節がやってくる。試験に落ちると資格を失う重要度が高いものだった。新海元（木村拓哉）も試験が近づくにつれ、緊張感が増していく。ストレスもかかる中、元の監査が行われる。だが、元の担当はグレートキャプテンと呼ばれる凄腕の機長だった。そして監査官は香田（堤真一）になる。

歩実（柴咲コウ）は新海元（木村拓哉）から香田（堤真一）の過去について話され、涙を流しながら去っていく。歩実は元にそれ以来近づこうとも思わなかった。そんは中、恒例の緊急脱出訓練が行われようとしていた。もちろん指導係は香田。胴体着陸した想定で行われるが、訓練中に事件が発生する。

訓練中に新海元（木村拓哉）は香田（堤真一）を庇い、転落してしまう。緊急集中治療室に元は運ばれて家族が呼ばれた。元の父が現れ、香田はすぐさま自分の責任だと謝罪をする。治療室から先生が出てきて症状を父に話そうとするが、香田も責任を感じていて話を聞きたいと名乗り出す。その後も皆が駆けつけてきた。

事故の際で新海元（木村拓哉）は飛行機の操縦は出来なくなってしまった。落ち込む暇もなく、夢は諦めきれないと元は話す。唯一、希望がある成功率低めの手術を受けてリハビリに励むことを決める。時がたち、復帰出来るかの監査フライトの日がきた。フライトの機長は、縁がなのか香田（堤真一）が務めることになる。そして歩実（柴咲コウ）は元を励まし、一緒に搭乗することにした。