Le jeune Lupin fait sensation auprès de ses pairs. Il n'est toutefois pas le seul, car un certain Jigen se balade dans la cour avec un flingue.

Une odeur de cigarette dans l'enceinte de l'école attire Lupin, qui tombe, sans grande surprise, sur Jigen. Ce dernier sera talonné par notre héros voleur, qui cherche à en apprendre plus sur ses activités.

Arsène Lupin, grand-père de notre jeune héros, Lupin 3e du nom, a envoyé des hommes pour forcer son petit-fils à venir à sa rencontre, mais dans quel but ?

Lupin a décidé de fuguer et de se construire une base secrète au lycée ! Il proposera à Jigen d'être de la partie.

Au fil de ses aventures, Lupin a fait deux découvertes : Jigen a apparemment été embauché par le clan Ninkyô qui est à la botte du gouvernement, et son père est derrière le vol du M65, un lance-missiles très dangereux.