Egy év telt el az egyesülés óta, amikor mind a 16 birodalom egyesült, és a Ninja eltűnt. Arin egy autodidakta Spinjitzu amatőr, aki Crossroadsban él, egy kevert közösségben feltaláló barátjával, Sorával. Beszállnak a mechbe egy versenybe, amelyet egy Riyu nevű fiatal sárkány szakít meg, akit a birodalmi sárkányvadászok üldöznek. Sora kötődik Riyuhoz, és látens elemi erőket fedez fel, Arint és Sorát Lloyd, a zöld nindzsa megmenti

Lloyd kiszabadítja Arint és Sorát a börtönvonatból, és megszöknek az ifjú sárkánnyal, Riyuval, aki nyomot ad nekik, hogy megtalálják otthonát. Visszatérnek a Ninja-barlangba, hogy Lloyd térképeit kutassák. Sora megjavítja a Bounty-t, és Three Peaks földjére utaznak, hogy újra egyesítsék Riyut a klánjával. A Karmok követik őket, és elfogják Riyu Matriarcháját, aki titokzatos új hatalmat ad Lloydnak, hogy visszavágjon. Riyu a Nindzsával marad.

Lloyd úgy oktatja Arint és Sorát, hogy kiadja magát Wu mesternek, de a leckék nem maradnak el. Sora és Arin kiosonnak a kolostorból, hogy elmenjenek a Crossroads Karneválra, ahol megmentik Lobbót Kreelből, hogy felfedjenek egy nagyobb emberrablási tervet. Egy Dorama nevű gazember a Whack Rats segítségével tűzijátékot készít. Lloyd követi tanítványait a karneválra, és az eltűnt csapattársai emlékműve emlékezteti Lloydot, hogy nindzsának lenni régen is szórakoztató volt.

Az eredeti Bounty pilóta nélkül zuhan a kolostorba. A benne lévő nyomok Lloydot, Arint, Sorát és Riyut Kai utolsó helyére, az őrület egykori birodalmába vezetik, és találnak sárlényeket, akik két sárkányt támadnak meg. Nya megakadályozza Lloydot és a többieket abban, hogy a sárkányok mellé álljanak, akik szent sarat esznek. Kai visszatér, de bevezeti a sárkányokat a Sárlények falujába. Riyu rájön, hogy a sár agresszívvé teszi a sárkányokat, és leállítja a harcot azáltal, hogy túlterheli erejüket.

A MergeQuake egy szörnyet szabadít fel a Cloud Kingdom-on. A Bounty mellett elhaladó nindzsa megvédi az úszó várost. A csata után Nya átkutatja a királyság tekercseit az egyesülésről, miközben Arin és Sora szembeszáll egy Euphrazia nevű írnokkal, a szél mesterével, aki elrejti erejét. Amikor a MergeQuake újra megnyílik, Euphrasia felfedi magát, hogy megmentse a nindzsát. Nya mögötte marad a kutatásnak, miután ismeretlen átok által védett információkat talált.

Lloyd megküzd egy új, Wyldfyre nevű elemi mesterrel, majd beleegyezik, hogy segít a fiatal és elvadult tűzhasználónak kiszabadítani a családját – eközben Arin összeesik a birodalmi jótékonykodók fiatal csoportjával, Sora pedig lehetetlen választás elé néz, amikor szembejön. -szembe Dr. LaRow-val. Később Lloyd rájön, hogy Wyldfyre családja egy Heatwave nevű sárkány, és egy riasztás értesíti az egész várost a börtönbüntetésükről, beleértve Sorát is, aki életre keltette a Photac hadsereget.

Wyldfyre visszaemlékezése a Heatwave által felemelkedett gyerekkorát mutatja be, amíg az Egyesítés lehetővé teszi, hogy a Birodalom elfogja a sárkányt. A jelenben Wyldfyre és Lloyd felszabadítja Heatwave-t és más sárkányokat, és szembeszáll a Sárkányvadászokkal és Sora Photacs-jaival. Lloyd megragadja Arint a gázadás során, Sora pedig megszökik a laborból, hogy Riyut keresse. A sárkánytól kapott lendülettel felhasználhatja elemi erejét a Photacok leállítására, de Riyut elrabolják.

Sárkányok vs Photac Beasts az Imperium utcáin, de a Claws megállítja Lloyd és Wyldfyre erőfeszítéseit, hogy kiszabadítsák a szökött sárkányokat, miközben Sora és Arin Riyut keresik. A fiatal sárkány szikrája lehetővé tenné Sorának, hogy végleg leállítsa a Photacokat – sajnos a Tinivédelmi Erők a császárné elé állítják... Mindeközben Nya és Kai rejtélyes körülmények között újra találkoznak, és egy jelenéssel néznek szembe.

Kai, Nya és Zane Lloyd segítségére jönnek, miközben a nindzsák és Wyldfyre visszatartják a karmokat, és megvédik a szökött sárkányokat az új kolostor belsejéből – eközben Lloyd és Zane a város alatti titokzatos energiaforrás után nyomoznak, hogy megtámadják menekülésüket, és új szövetségest fedezzenek fel. bebörtönözte a császárné. Miközben Sora és Arin Riyu megmentését megszakítja egy Rasszal vívott visszavágó, Sora Riyu szikráját használja fel, hogy legyőzze az ellenséget és leállítsa a Photacokat.

A birodalom elleni győzelmük után a nindzsák új normális életet élnek át. Lloyd azon fáradozik, hogy lépést tartson a nindzsa, a mentor és a kolostor mestere feladataival. Leállítanak egy újabb MergeQuake-et, de a zavarok egyre gyakoribbak. Nya kutatása egy templomhoz és három sárkánymaghoz vezeti őket, amelyek végleg megállíthatják a rengéseket. Eközben Beatrix bosszút tervez, és azt tervezi, hogy ellopja a magokat fegyverként.

A Nindzsa három csapatra oszlik, hogy megtalálja a Sárkánymagokat, amelyek véget vetnek a MergeQuakes-nek. Nya párba áll Sorával, Kai pedig Wyldfyre-rel végez. Lloyd és Arin elindulnak a Bountyra, de egy edzési szerencsétlenség a tengerbe csapja őket. A hajó megjavításához a Nindzsának vissza kell szereznie egy úszó falut egy óceáni bandától és szörnyű háziállatrákjától, de a helyzet nem az, aminek látszik.

Wyldfyre és Kai alig kerüli el az újabb akadályt útjuk során. Személyiségük összeütközése ellenére végül elérik a Wyldnesst. A sárkánymagot a Láva-dagályok birtokolják, akik arra kényszerítik a nindzsát, hogy takarítsák el Wyldfyre által okozott rendetlenséget, amikor itt élt. Eközben Zane-nek szüksége van egy részre, hogy tanulmányozza a kolostor teleportációs kapuját, és követi Mr. Frohickyt a Crossroadsba, ahol Zane-napi ünnepséget rendeznek.

Zane a kolostor kapuja után nyomoz, míg Nya és Sora egy titokzatos sírhoz mennek, ahol egy zsák kristályt találnak, és a banda folytatja útját, mígnem eltalál egy csapdát, ahol Clutch Powers könyve savvá válik. Nya talál egy talapzatot ugyanazzal a nap szimbólummal, ahová a korábban kapott kristályokat helyezi. A kristályok világítanak, és egy kis lökéshullám keletkezik, amely a nap szimbólumait a kezükbe helyezi.

Nya, Sora és Riyu újra találkozik rég nem látott barátjával, Cole-lal.

A nindzsa az Elveszett dolgok földjére utazik, ahol Forrássárkányok lábnyomait találja.

A Nindzsa belebotlik a földalatti birodalomba, az "Adminisztráció"-ba, és elkezdenek versenyezni vadonatúj, továbbfejlesztett járműveikkel, és több ügynökkel találkoznak, akik nem emlékeznek rá, kik is valójában, és agymosott. Megtalálják Jayt, aki szintén már nem emlékszik korábbi barátaira, és új maszkot visel.

A császárné és Lord Ras történetét egy visszaemlékezés tárja fel.

To expose Empress Beatrix's mistreatment of dragons to the naïve citizens of Imperium, the Ninja will need help... from a man on the inside.

Lloyd a három sárkánymagot használja, hogy kiszabadítson egy mestersárkányt a birodalom alól.