Salaperäinen Yhdistyminen sekoittaa maailmankaikkeuden. Aloitteleva ninja yhdistää voimansa tekniikkaneron kanssa pärjätäkseen uudessa ja tuntemattomassa maailmassa.

Arin ja Sora saavat uusia voimia, joista saattaa olla apua lohikäärmeiden metsästäjiä vastaan, mutta osaako vihreä ninja opettaa heitä hallitsemaan kykyjään?

Ninjakoulutuspäivänä Arin ja Sora livahtavat ulos luostarista päästäkseen Risteymän karnevaaleille. Perillä heille selviää pahansuopa juoni, joka panee heidän kykynsä koetukselle.

Bounty-ilmalaiva palaa ilman kapteenia, joten Arin, Sora ja Lloyd seuraavat johtolankoja selvittääkseen, mitä Kaille tapahtui. Onko kyseessä ansa – vai jotakin pahempaa?

Pelottava lonkerohirviö uhkaa Pilvivaltakuntaa. Ninjojen on lähetettävä otus takaisin sinne mistä se tulikin ja suljettava MergeQuake – ja äkkiä sittenkin!

Ninjat kohtaavat vertaisensa vastustajan – tuhoutumattoman photac-teknopedon – ja Sora uskoo, että sen voi tuhota vain palaamalla Imperiumiin.

Imperiumissa Arin opastaa innokkaita nuoria oikeudenpuolustajia, Sora kohtaa pahiksen menneisyydestään ja Lloyd vapauttaa elementaalimestarin vankilasta.

Vangittujen lohikäärmeiden vapauttamiseen Imperiumista tarvitaan vain kovaa työtä, nopeaa älyä ja tarpeeksi iso uloskäynti – mutta ninjojen on ehdittävä ennen photaceja!

Sora hakkeroi Imperiumin lokitiedot löytääkseen Riyun. Nya ja Kai tutkivat salaperäistä käytävää. Lloyd johtaa mahtavaa taistelua photac-armeijaa vastaan.

Ninjat eivät luovuta! Nyan, Kain ja Zanen ansiosta taistelu Imperiumia vastaan saa uutta toivoa. Samaan aikaan Lloyd löytää mysteerin syvältä kaupungin alta.

Ninjat asettuvat uuteen normaaliin voittonsa Imperiumia vastaan. Lloyd kamppailee pysyäkseen mukana ninjana, mentorina ja luostarin mestarina. He pysäyttävät toisen MergeQuaken, mutta järistykset yleistyvät. Nyan tutkimus opastaa heidät temppeliin ja kolmeen lohikäärmeen ytimeen, jotka voisivat pysäyttää järistykset lopullisesti. Sillä välin Beatrix suunnittelee kostoaan ja aikoo varastaa ytimet käytettäväksi aseena.

When the Ninja split up to find the three Dragon Cores, Arin and Lloyd take the airship but soon need help from a village of peaceful algae farmers.

Wyldfyre ja Kai eivät pääse esteen läpi saapuessaan Villimaahan. Samaan aikaan Zane tutkii luostarin teleportaatioporttia ja jäljittää vihjeen herra Frohickyyn.

Ninjat törmäävät Djinjagon raunioihin, joista he löytävät viimeisen elävän Djinin.

Sora and Nya search for the Dragon Core with a magical compass. Arin and Lloyd get put to the test in Mother Garden. Wyldfyre and Kai play keep-away.

Ninjat etsivät taikaloitsulla kolme lohikäärmeen ydintä ja suuntaavat kadonneiden asioiden maahan, josta he löytävät lohikäärmeen jalanjälkiä.

Takaumassa paljastetaan Beatrixin menneisyys sisarensa kanssa sekä kuinka hän karkoitti hänet.

To expose Empress Beatrix's mistreatment of dragons to the naïve citizens of Imperium, the Ninja will need help... from a man on the inside.

Lloyd käyttää kolmea Lohikäärmeydintä lopettaakseen MergeQuaket ja vapauttaakseen lähdelohikäärmeen imperiumin alta.