Na de mysterieuze 'Versmelting' zijn alle rijken tot één geheel samengesmolten. Een aspirant-ninja probeert samen met een slimme techno door een nieuwe, onbekende wereld te navigeren.

Arin en Sora ontwikkelen nieuwe krachten die hen kunnen helpen de drakenjagers te verslaan. Kan de Groene Ninja ze leren hoe ze hun krachten kunnen gebruiken?

Op de trainingsdag sluipen Arin en Sora het klooster uit om het Kruispuntfestival bij te wonen. Ze ontdekken een misdadig plan dat hun vaardigheden op de proef stelt.

Als het luchtschip Bounty terugkeert zonder kapitein, gebruiken Arin, Sora en Lloyd aanwijzingen om uit te zoeken wat er met Kai is gebeurd. Is het een val ... of iets ergers?

Als de ninja's het Wolkenkoninkrijk willen redden, moeten ze samen een angstaanjagend beest met tentakels terugsturen naar waar het vandaan kwam en snel de Mergequake sluiten.

Wanneer de ninja's hun gelijke ontmoeten in een Photac (een onverwoestbaar technobeest), gelooft Sora dat een missie naar Imperium de enige manier is om het te vernietigen.

Als de ninja's de gevangen draken uit Imperium willen bevrijden, moeten ze hard werken, snel denken en een grote uitgang vinden! Tenzij de Photacs daar eerder aankomen.

Sora hackt de logboeken van Imperium om Riyu te vinden. Nya en Kai verkennen een mysterieuze doorgang. Lloyd leidt een episch gevecht tegen een leger van Photacs.

Ninja's geven nooit op! Nya, Kai en Zane bieden hoop in de strijd tegen Imperium, terwijl Lloyd een mysterie ontdekt dat diep onder de stad verborgen ligt.

Ninja never quit! Nya, Kai and Zane give the battle against Imperium new hope while Lloyd uncovers a mystery hidden deep below the city.

Arin wordt gevangengenomen door het Imperium en ontdekt het tragische verhaal achter de keizerin!

De ninja trekt zich kort terug tijdens de aanval van het Imperium, wanneer Ras hen de weg wijst naar zijn vaderland en vertelt hoe ze hun vermiste vriend kunnen lokaliseren.

Wyldfyre en Kai trainen om op een missie te gaan om een Drakenkern terug te halen, terwijl de rest van de ninja een mysterieuze tovenaar vindt.

De ninja's ontdekken wie de drakenenergiekernen heeft gemaakt en lokaliseren de rollen van de Coalescence, terwijl een mysterieuze geest ze bespioneert.

De ninja's bereiken de Tempel van de Drakenkernen en moeten voorkomen dat het Imperium de Drakenkernen voor hen bemachtigt!

De ninja's lanceren een aanval door heel Imperium in hun nieuwe voertuigen, maar de keizerin ontketent een corrupte Source Dragon om ze te stoppen.

Meester Wu traint Arin en Sora terwijl Nya en Jay herenigen.

Kai en Cole vermijden gevangenneming diep onder het Imperium, terwijl Arin en Sora hun krachten beheersen.

De keizerin valt de Crossroads binnen, waar de ninja's hun laatste standpunt moeten innemen.