一騎をパパと呼び、懐いているミリ。一騎は文句を言いながらも、トイレに食事とミリの面倒をみていた。一方、2人にすっかりペースを乱されてしまった零は、一騎にミリをどうするのかと尋ねると、母親の元に戻すと言う。ミリは一騎たちが仕事で殺してしまったマフィアの愛人の子だった。しかし母親の手掛かりはなく、“ヤドリギ”のマスター・九棋久太郎にリサーチを頼む。そして新たな仕事の依頼を受けた一騎たちだったが……。

ミリの母親の居場所が分かった。一緒に暮らすうちミリに愛情めいた感情が湧いてきた一騎だったが、自分は子育てする柄じゃないと、手放す決意をする。別れの朝、ママのハンバーグが食べられると無邪気に喜ぶミリを連れて、母親の住む街に出かけた一騎たち3人。一騎はミリの母親と話をするが、すさんだ生活を送る母親を見かねる。一方、公園でミリをと遊んでいた零は、ふと自分の幼少時代の記憶を思い出す――。

再びミリと暮らすことになった一騎と零。しかし、毎日ミリの世話に追われ仕事がこなせない。そこでミリを保育園に通わせることに。保育園の入園手続きも初めての2人は、役所に出す書類も裏稼業で得た技術で偽装する始末。無事に入園することは決まったが、保育園に持っていく持ち物を揃えるのにも一苦労する。ミリに恥をかかせないよう一張羅を着せて登園させるが、保育園に行くのを楽しみにしていたミリの顔はなぜか晴れず……。

ミリの服や保育園の準備などに出費がかさみ、家計は火の車。仕事を再開しようと一騎は久太郎のもとを訪ねるが、殺し屋としての勘を取り戻すために与えられた仕事はターゲット身辺調査や現場の下調べばかり。そんな折、ミリの通う保育園が学級閉鎖になってしまう。しかもミリの宿題としてパパの仕事を調べてみんなの前で発表することに。仕事と子守りの両立で徹夜続き、疲労困憊の零が目を離した隙にミリが家を抜け出し迷子になってしまう。

子育ての親の役割を気にし始めた一騎。急にミリが将来不良になってしまうのではないかと不安になる。そんな折、杏奈先生から保育園でミリが男の子とケンカしたと報告を受ける。一騎はミリにケンカの原因をしつこく問いただすが「知らない」とはぐらかされ、ついには「パパきらい！」と言われて落ち込む。翌日はミリの遠足。ミリの機嫌を取ろうと張り切ってお弁当を作った一騎だったが、カバンに入れ忘れてしまい、内緒で弁当を届けようと零を連れてミリたちのいる動物園へ向かう。家では見ることのないミリの姿に2人は――。

梅雨のある日。相変わらずゲーム三昧の零に甘えるミリ、一騎は1人でせっせと家事をこなし忙しい日々を送っていた。そんなある日、一騎は街である女性を見かけ、とっさに身を隠してしまう。夕食の時、好き嫌いのあるミリと零は揃って一騎の出した料理を押し付けあう始末。しまいには一騎にフレンチトーストを作れと言い出すが、わがまま放題の2人に一騎の堪忍袋の緒が切れて、翌日、手紙を置いて家出をしてしまった。ミリの世話をまともにしたことがない零はとまどいながらも悪戦苦闘。一方、一騎はある出来事を思い出していた。

めずらしく零が早朝から身なりを整えて出かけた。一騎とミリは見送ってから早速ミッションに取り掛かる。零が向かった先は、組織のボスで実の父親が待つ実家。条件付きで今の暮らしを許可されていた零だったが、諏訪家をいずれ継ぐ者として家に戻るように迫られる。また、組織を裏切った人物の始末をつけるよう命令されるが、見覚えのある顔だった。

その頃、家でパーティーの準備を進めるミリは無邪気に零と父親のことを一騎に尋ねる。家族の愛を知らずに育った零がターゲットと対峙した時に投げかけられた言葉の意味とは――。

公園でかけっこの練習をするミリと一騎たち。ミリは金メダルを獲ると張り切る。子供の運動会になど参加したことがない一騎と零だが、一騎は豪華なお弁当を作り、零も席取りの対策も万全でミリのためにおにぎりを握ると言い出す。いよいよ運動会が始まると子供たちも保護者も一緒になって盛り上がり、お昼の時間には一騎と零の手作り弁当も大好評。そしてミリが楽しみにしていた徒競走の時間がやってきた。ミリの頑張りを見てきた一騎と零の応援にも熱が入る中、先頭で駆け抜けていたミリだがゴールを目前に転倒してしまう！

12月。ミリは保育園のクリスマス会で歌を歌う練習に励んでいた。いつものように一騎と零はミリのお迎えに行くと、保育園の前に見たことのある姿が。それはミリの母親の美咲だった。以前と印象が変わり身なりを整え、一騎たちに声を掛ける。怪訝そうに一騎が用事を尋ねると「ミリを引き取りにきました」と言う。突然のことに思わず声を荒げる一騎。その時、母親の姿を見つけたミリが駆け寄ってくる。話し合いをするためマンションに美咲を連れてくると、無邪気に母親に甘えるミリ。迎えにきた美咲にはある理由があった――。

いつもより静かな家で片付けをする一騎、ゲームばかりして不規則な生活に戻った零。ミリが母親の元に帰ってから、数週間が経った。2人きりになって喪失感が拭えない一騎と零だったが、母親の元で暮らすことがミリにとって一番良い選択だったと自分自身に言い聞かせる。そして零は実家に戻る決意をし、一騎もこの家を出て暮らすと言い、それぞれ別の生活を始めることに。組織を継ぐため実家に戻った零は父親であるボスに挨拶し、後継者として認められたと思ったが一枚の写真を見せられ、ボスから命じられた言葉に驚愕する！

ミリと出会ってちょうど一年のクリスマス。保育園で行われるクリスマス会を見にきてとせがむミリに、一騎と零は必ず行く約束をする。その前に一騎と零は久太郎の元を訪ね、依頼していたブツを受け取り向かったのは組織のボスがいる諏訪家。ミリとの3人での暮らしを選んだ一騎と零は、組織を抜けるために危険を覚悟で直談判をすることに。激しい銃撃戦、そして目の前に立ちはだかるのは殺し屋の小木埜。対峙する一騎だったが、小木埜にやられるところ間一髪で零に救われる。そして最後に零が向かったのはボスが待つ部屋――。