近未来。突如、西太平洋上に現れた超巨大な停滞性台風『グランドロア』。

その誕生にともなう気候変化により世界の様相は大きく変化した。

その影響による海面の上昇をはじめ、海流の変化、気候の変動など

アジアを中心とした世界各地に深刻なダメージを与えた。

この自然災害を人々は『ケース・オメガ』と呼び、その大きな傷を歴史に刻んだ。

『グランドロア』発生から50余年。

人類は血の滲むような努力により復興を成し遂げた。

そして海洋航路の重要性が再認識され、第二の大航海時代を迎える。

しかし、海洋発展の裏に暗躍する、現代的に組織化されたテロリスト＝『海賊』たちの台頭を許してしまう。

その脅威に対応するため、民間企業にも武装した自衛機関が組織されるようになった。

これは、そんな世界で『海賊』の脅威に、民間所属の護衛艦に乗り立ち向かう少女たちの物語である。