Nachdem Nerino von Natalinas Apfelkuchen gegessen hat, wird er schwer krank. Auch etliche andere Menschen der Umgebung haben nach dem Verzehr von Äpfeln Vergiftungserscheinungen. Die Untersuchung ergibt, dass die Äpfel mit Pestiziden vollgepumpt sind - dabei stammen sie vom Biobauernhof von Stefano Di Giacomo. Wollte jemand ihn sabotieren? Don Matteo geht verschiedenen Spuren nach, um den Übeltäter zu überführen.

Als ein junger Mann an einer Überdosis Heroin verstirbt, kommt bei der Polizei die Frage auf, von wem er die Drogen bekommen hat. In Verdacht gerät bald die Tätowiererin Marisa. Sie war einst ebenfalls drogenabhängig und scheint einige Geheimnisse zu hüten. Don Matteo ist jedoch anderer Meinung - wird er ihre Unschuld beweisen können?

Bei einem Klassentreffen mit ehemaligen Mitschülern von Capitano Anceschi geschieht ein Mord: Der wohlhabende Arzt Luigi Chimenti, ein Spezialist für künstliche Befruchtung, wird tot aufgefunden. Über ihm kniet Nico Caronna, der noch wenige Stunden zuvor Chimenti wegen seiner Entlassung Rache angedroht hat. Nico beteuert seine Unschuld, aber es sieht nicht gut für ihn aus. Dabei gab es im Leben des Ermordeten noch andere Konfliktfelder. In seiner Klinik geht etwas nicht mit rechten Dingen zu und seine Ehe mit der schönen Giulia ist in der Krise. Für Giulia hatte Capitano Anceschi schon immer Gefühle, die nach all den Jahren noch nicht vergangen sind.

Der Magier und Wunderheiler Kaspar macht Halt in Gubbio. Dank diverser Wunderheilungen erfährt er großen Zuspruch und scheut sich nicht, die Gunst seiner dankbaren Patienten auszunutzen und diesen ihr Geld abzunehmen. Als Monica Tini zu Don Matteo in die Kirche kommt, die gerade von ihrem Arzt erfahren hat, dass sie unheilbar krank ist, spendet dieser ihr Trost. Doch kurze Zeit später ist auch sie, wie durch ein Wunder geheilt. Don Matteo rückt dem sogenannten Magier auf die Pelle.

Der berühmte Feinschmecker Renato Rebecchini wird tot neben seinem Wagen gefunden. Er hatte kurz zuvor einen Streit mit den Gebrüdern Bagnetti. Da diese als aggressive Hitzköpfe bekannt sind, geraten sie sofort unter Verdacht. Sogar Don Matteo, den die Brüder um Hilfe bitten, glaubt zunächst nicht an deren Unschuld, da er miterlebt hat, wie sie einen Obdachlosen verprügelt haben. Dennoch versucht er der Wahrheit, auf die Spur zu kommen.

Ein Reisebus mit Rentnern macht Station in Gubbio. Mit an Bord ist Annarita, die Tante von Costantino, dem Organisator der Reise. Die beiden verstehen sich jedoch nicht besonders und geben sich nur aus finanziellen Interessen miteinander ab. Als Annarita andeutet, ihn zukünftig nicht mehr zu unterstützen kommt es zum Streit. Wenig später ist es dann Don Matteo, der aus der Ferne mit ansehen muss, wie Annarita von einem Mann einen Abhang hinuntergestürzt wird und stirbt. Während alle Indizien gegen den Neffen Costantino sprechen, glaubt Don Matteo nicht an dessen Schuld. Er beginnt eigene Ermittlungen im Kreis der Reisegäste.

Der angehende Olympiaboxer Luca Cardi stirbt während eines Trainingskampfes mit seinem Trainer Luciano Vitri. Dieser wird daraufhin des Totschlags bezichtigt, ist von dem Ereignis aber selbst tief erschüttert. Sein Freund Don Matteo kann sich nicht vorstellen, dass Luciano so hart zugeschlagen haben soll und stellt eigene Ermittlungen an. Er übernimmt das Boxtraining von Lucas bestem Freund Marco und kommt so der Wahrheit langsam näher.

Natalina braucht eine Abwechslung und meldet sich bei einem Verkäuferseminar für Reinigungsmittel in der Firma von Antonio Maffei an. Doch schon der erste Tag endet mit einem großen Schreck, denn sie wird Zeugin, wie der Firmenchef Antonio von zwei maskierten Gangstern entführt wird. Sie alarmiert sofort die Polizei, die umgehend mit der Fahndung beginnt. Der von Natalina hinzugerufene Don Matteo und die Polizei sind sich einig, dass es in der Firma einen Spitzel geben muss, da das Timing des Zugriffes sonst nicht möglich gewesen wäre. Und schon steckt der gewitzte Priester wieder in einem neuen Fall.

Der junge Marokkaner Abdullah wird brutal zusammengeschlagen und beschimpft. Es ist eindeutig, dass rassistische Motive hinter der Tat stecken. Da Abdullah die Täter jedoch nicht gesehen hat, tappt die Polizei zunächst im Dunkeln. Auch Don Matteo, der sofort in seinen Predigten für Völkerverständigung wirbt, kann zunächst nichts weiter ausrichten. Aber als kurze Zeit später im Laden der Familie Achir eingebrochen wird und 5 Millionen Lire verschwinden, mischt Don Matteo sich ein.

Als Sergio ein Motorrad von der Straße bergen will, mit dem seine Freundin kurz zuvor gestürzt ist, wird er von einem Auto angefahren und stirbt. Der Fahrer des Unfallwagens flieht. Sergios Freundin Angela macht sich große Vorwürfe und kommt nur mit Hilfe Don Matteos mit dem Verlust zurecht. Erst nach mehreren Wochen nimmt sie wieder an den Proben des Kirchenorchesters teil. Mit Angelas Rückkehr in ihr normales Leben wird es für sie allerdings nicht leichter. Irgendjemand schikaniert sie mit Drohanrufen, verwüstet ihre Wohnung und demoliert ihr Auto. Don Matteo nimmt sich der Sache an.

Während des Festumzuges zu Ehren San Giovannis kommt es zu einem gemeinen Zwischenfall. Ein unerkannter Täter lässt den Umzugsteilnehmer Bruno Lippi von einer exotischen, sehr giftigen Schlange beißen. Lippi fällt daraufhin ins Koma und kann nur gerettet werden, wenn sehr schnell ein Gegengift gefunden wird. Zur Identifizierung und Herstellung des richtigen Serums wird allerdings die Schlange benötigt und diese ist leider im Trubel entwischt. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Nerino findet bei einem Spaziergang mit Don Matteo im Wald eine versteckte Höhle, die voller wertvoller etruskischer Fundstücke steckt. Die Polizei sperrt den Fundort ab, aber dennoch wird die Höhle in der Nacht geplündert. Der erste Verdacht fällt auf den Schrott- und Antiquitätenhändler Eugenio Lanza, in dessen Haus man eine Karte mit der eingezeichneten Höhle findet. Don Matteo allerdings zweifelt an dessen Schuld und versucht, den wahren Schuldigen zu finden.

Fabio Savini wird von einem Zeugen in der Nähe des Brandherdes eines Waldbrandes gesehen. Bei der ersten Vernehmung durch die Polizei gesteht Fabio die Brandstiftung. Doch Don Matteo hat Zweifel und macht sich auf die Suche nach dem wahren Motiv der Tat. Dabei stößt er schon bald auf windige Grundstücksgeschäfte. Als es zu einem weiteren Brand kommt und Fabio verschwindet, ist plötzlich Eile geboten.

Gubbio ist im Volleyballfieber. Das Team des Vereinspräsidenten und Trainers Luigi Varoli hat einen großen Sieg errungen. Die Euphorie erhält jedoch einen jähen Dämpfer als Luigi Varoli am nächsten Tag ermordet aufgefunden wird. In Verdacht gerät sofort die ehemalige Spielerin Viviana Cosmi, die nach einem von Varoli verursachten Unfall im Rollstuhl sitzt und von einem Zeugen am Tatort gesehen wurde. Don Matteo will Viviana helfen und mischt sich in die Ermittlungen ein.

Natalina findet die Leiche einer ermordeten Frau und sie kann der Polizei eine Beschreibung eines Tatverdächtigen liefern, der kurz vor dem Leichenfund mit ihr zusammenstieß und davonlief. Die Polizei ermittelt die Identität des Mannes und nimmt ihn fest. Der Tatverdächtige Giovanni Antonelli gibt zu, mit dem Opfer ein Verhältnis gehabt zu haben, bestreitet aber den Mord. Don Matteo versucht nun auf seine Art, die Wahrheit ans Licht zu bringen.