A Spoleto sono in corso i preparativi per celebrare i 40 anni di sacerdozio di Don Matteo, e naturalmente Cecchini è in prima linea. Insieme a lui anche Anna e Marco, che dopo tante peripezie sentimentali si sono ormai ritrovati come migliori amici. Gli ospiti in arrivo sono tanti: tra loro anche il Colonnello Anceschi, insieme con la giovane figlia Valentina. A pregiudicare il clima di festa, però, è il ritrovamento del corpo senza vita di una persona molto vicina allo stesso Don Matteo.

L'omicidio di un avvocato sembra essere legato a un adolescente di nome Federico, che si imbatte casualmente in Don Matteo proprio mentre è in fuga dalla casa della vittima: il nostro sacerdote si lega a quel ragazzo e decide di scoprire la verità sull'omicidio per cercare di aiutarlo. Nel frattempo, Valentina muove i primi passi a Spoleto e sviluppa una bella intesa con il PM Nardi. Anna cerca di dimenticare Sergio, ma Cecchini equivoca le azioni della Capitana e, preoccupato, convince Marco a starle vicino.

A Spoleto si svolge la finale di un torneo di scacchi: ma Olga Valon, la giovane campionessa, scompare subito dopo la finale e qualcuno potrebbe averle fatto del male. È un duro colpo per Natalina, che è molto legata alla ragazza: proprio lei, infatti, aveva adottato Olga a distanza e l'aveva fatta venire in Italia anni prima. E mentre Federico è costretto a fare i conti con un segreto nel passato di Greta, Marco deve scendere a patti con una rinnovata consapevolezza: è ancora innamorato di Anna e vuole fare il possibile per riconquistarla.

Franco Fanelli, il fratellastro di Marco, arriva a Spoleto, ma dietro la sua presenza sembrano esserci delle ragioni oscure. Mentre Federico e Greta si avvicinano sempre di più, Anna riceve la visita del Colonnello Lucio Valente, suo istruttore ai tempi dell'accademia, con cui sembra esserci una forte sintonia. Il Maresciallo Cecchini diventa l'oggetto di un caso letterario: è uscita in libreria una serie di gialli che sembra ispirata alle sue gesta.

Spoleto si sveglia con una notizia sconvolgente: Don Matteo è scomparso in circostanze misteriose. Natalina, Pippo e il Maresciallo Cecchini non credono ai propri occhi: dietro l'altare, a recitare la messa, trovano Don Massimo, che si definisce il nuovo parroco e sostituto di Don Matteo. Ma con lui sono tutti diffidenti, perfino ostili. Chi è Don Massimo? Un impostore? E che fine ha fatto Don Matteo?

Don Massimo fatica a farsi accettare come nuovo parroco di Spoleto, al punto che in città viene perfino organizzata una petizione per farlo andare via. Il sacerdote è il primo a essere assalito dai dubbi a causa anche di una indagine in cui viene coinvolto e trova conforto soltanto nell'aiuto del Vescovo, suo amico e mentore. Intanto, proprio quando Federico comincia a sperare che fra lui e Greta possa nascere qualcosa, la ragazza sembra avvicinarsi a un altro compagno.

Caterina, madre di Federico, è la principale sospettata in un caso di tentato omicidio: un tragico fatto di cronaca della sua adolescenza la lega inevitabilmente alla vittima anche se lei continua a dichiararsi innocente. Don Massimo decide di scavare nel passato della donna alla ricerca della verità, mentre perfino Federico ha smesso di credere a sua madre. A Spoleto torna il Colonnello Anceschi venuto per salutare sua figlia Valentina e per conoscere il suo nuovo fidanzato.

Un'emergenza costringe la piccola Ines a vivere per qualche giorno a casa di Anna. Questa convivenza porta la Capitana a farsi una domanda che - non avrebbe mai pensato potesse riguardarla in prima persona: "Posso essere una buona madre?". Intanto Ines viene coinvolta da Cecchini e da Marco in un'operazione segreta, alle spalle di Anna, che vede il Maresciallo nell'improbabile ruolo di allenatore di una squadra di calcetto per bambini. Nel frattempo, le condizioni di Greta sono peggiorate.

Don Massimo nasconde qualcosa. O almeno di questo sono convinti i Carabinieri che indagano sugli strani movimenti del sacerdote e sulle sue recenti frequentazioni segrete che sembrano coinvolgere una donna proveniente dal suo passato. Cecchini crede ostinatamente alla buona volontà di Don Massimo mentre, per via di un gigantesco equivoco, si trova costretto a organizzare il proprio matrimonio con Elisa. E la confusione non è da meno nella vita di Anna: il ritorno di Sergio ha scompigliato nuovamente le carte e ora più che mai la donna si ritrova divisa tra un futuro con lui e Ines e un futuro lontano da tutti, insieme a Valente.