Después de varios años como misionero, don Matteo Minelli llega al pueblo de Gubbio para regir la iglesia de San Juan tras la muerte del anterior sacerdote. El obispo le encomienda dedicarse solo a la iglesia y no entrometerse en las investigaciones policiales. En la rectoría, la casa donde vivía el anterior sacerdote, don Matteo conoce a la gobernanta Natalina y al sacristán Pippo. Durante un bautizo, don Matteo se entera de un caso de suicidio y tras una investigación personal, descubre que se trataba de un asesinato encubierto, entonces acude al cuartel de los carabinieri donde el oficial Nino Cecchini escucha a don Matteo y comprueba que llevaba razón. El capitán Anceschi se entera de la intromisión del sacerdote en la investigación y prohíbe a Cecchini facilitar pruebas a don Matteo para descubrir al asesino.

Un doctor que trabaja en un hospital sufre un accidente mortal al caer por unas escaleras, nuevas pistas llevarán a don Matteo a descubrir que se trata de un asesinato. En la rectoría, Natalina observa que falta dinero en la caja de ofrendas y descubren que el ladrón es un niño que lleva una mala vida por la muerte de su madre y la falta de su padre que está en la cárcel. El niño vive con su abuela y don Matteo quiere ayudarlo mientras resuelve el asesinato que se produjo en el hospital.

Una noche una mujer es atacada y golpeada por unos delincuentes, la joven es auxiliada por don Matteo que la lleva en bicicleta urgentemente al hospital pero en el trayecto un fotógrafo de bodas los ve y les saca unas fotos que al publicarse se extiende el rumor entre la población de que el sacerdote tiene una relación con una mujer casada. Don Matteo se involucra en el caso de la agresión a la mujer pero el obispo al conocer el rumor de las fotografías amenaza a don Matteo con echarlo de la iglesia si no se aparta de la investigación de los carabinieri.

Anna es una joven y bella albanesa que vive en un campo de refugiados de inmigrantes de Europa del Este. Al salir del trabajo para acudir al bautismo de su hijo a cargo de don Matteo, una persona invita a Anna a subirse a su coche y al mismo tiempo se produce un robo en la casa de los Bernardi, donde trabaja la joven albanesa. La familia Bernardi cree que el robo es obra de Anna y la denuncia a los carabinieri. Pero la joven necesitará la ayuda de don Matteo para defenderse de una extorsión de antiguos conocidos en Albania, que amenazan con matar a sus padres si no vuelve a ejercer de ramera en su país de origen.

Durante una cena entre el obispo y don Matteo, el sumo clérigo le pide que sustituya a don Gustavo, el capellán de la prisión, que se encuentra enfermo. Estando en la cárcel, don Matteo se relaciona con algunos presos que le cuentan su antigua vida y poco después uno de los presidiarios es asesinado. Las sospechas caen sobre Pascetti, que no tiene coartada y le puede caer cadena perpetua, pero don Matteo cree en su inocencia mientras busca pruebas para encontrar al verdadero asesino.

En la temporada de trufas, don Matteo acude a la iglesia de San Antonio para celebrar la tradicional bendición de los animales y se encuentra con que la noche anterior alguien envenenó a todos los perros entrenados para buscar trufas. Phoenix es el único perro que se salvó de la matanza y los dueños de los perros envenenados denuncian ante el oficial Cecchini que ha sido obra de Folena, dueño del único perro superviviente. Folena solicita la ayuda de don Matteo ante una encerrona difícil de resolver.

Natalina se indigna al leer una carta en la que una mujer declara su amor por don Matteo. Poco después don Matteo escucha la confesión de Annalisa que dice estar en crisis con su marido debido a que está enamorada de otro hombre. Annalisa aparece asesinada y el capitán Anceschi cree que fue obra del marido. Nuevas pruebas llevarán a don Matteo y a Cecchini a encontrar un nuevo sospechoso con el que se veía la mujer.

Una joven pareja discute acaloradamente en casa mientras son escuchados por los vecinos. Cristina quiere que Francesco reconozca la paternidad del recién nacido pero él no la cree. A la mañana siguiente, Francesco acude a don Matteo con dudas sobre su paternidad a la vez que los vecinos avisan de la muerte de Cristina. Los carabinieri acusan a Francesco de asesinato pero se declara inocente, don Matteo le cree y decide investigar por su cuenta. El bebé ha desaparecido y el caso se complica cuando se descubre que la mujer no podía tener hijos.

Un ingeniero es acusado de contaminar las tierras de un agricultor con productos tóxicos. El ingeniero Francesco, casado y con un hijo, recibe de forma anónima unas fotos en las que aparece él besándose con una amante. El chantajista anónimo le exige el cierre de la planta química o las fotos saldrán a la luz. El oficial Cecchini acude a don Matteo para descubrir al chantajista anónimo ya que la investigación recae sobre dos sospechosos con motivos suficientes para hacer daño al ingeniero y su familia.

Un actor cae muerto a disparos durante el rodaje de una escena, alguien cambió una escopeta de fogueo por un arma de fusil. Los carabinieri comienzan a investigar a todos los que llevaban un arma en esa escena y solo tienen a un sospechoso ya que su esposa lo engañaba con la víctima. El sospechoso se confiesa inocente aunque las pruebas del examen balístico demuestran que la trayectoria de su rifle concuerda con la posición en la que se encontraba la víctima.

Un autobús en el que viaja don Matteo sufre un accidente en una maniobra peligrosa y culpan al conductor por conducir borracho. El conductor le cuenta a don Matteo que ese día no había bebido a pesar de que los análisis de sangre mostraban que estaba ebrio. Don Matteo le cree y decide investigar por su cuenta a la vez que prepara el coro de Navidad.

Un joven profesor universitario es asesinado en la Universidad de Gubbio con la cadena de una moto. Una anciana pide a don Matteo informarse sobre hacer una donación a las investigaciones universitarias, allí conocerá al profesor Riccardo que lo lleva en moto a casa, pero van ilegalmente sin casco y una patrulla los detiene. El oficial Cecchini le cuenta a don Matteo que en la cadena de la moto de Riccardo encontraron restos de sangre de la victima a lo que profesor se declara inocente pidiendo ayuda a don Matteo. El sacerdote cree en su inocencia y promete demostrarlo.

Una condesa hace una donación a don Matteo para reabrir el cine parroquial. La condesa quiere hacerse cargo del funeral de un conocido suyo muerto en extrañas circunstancias, pero la autopsia revela que fue golpeado en la cabeza y las sospechas recaen sobre la condesa. El hijo de ésta se comporta despectivamente ya que conocía que su madre y el anciano tenían una relación. Los carabinieri terminan cerciorando las pistas sobre el hijo de la condesa como único sospechoso de asesinato pero se declara inocente y pide la ayuda de don Matteo ante un asesinato difícil de resolver.

La condesa Ravelli organiza una subasta de sus productos, entre ellos, un valioso diamante llamado "la llama de la pasión". El diamante es vendido sin subastar por la condesa al ingeniero Morabito, éste esconde el diamante dentro de una góndola que luego su esposa dona sin saber a don Matteo. Morabito al enterarse, descubre los tres posibles compradores de la góndola; un coleccionista, Natalina y Rosina. Se entera que pudo haber sido comprado por Rosina y aparece muerta de un golpe en la cabeza.

Un carabinieri se infiltra en una tráfico de drogas pero durante la reunión, es agredido y don Matteo que pasaba por allí, le salva de una muerte segura. Cecchini le cuenta al sacerdote que sólo cuatro agentes conocían la infiltración: Cecchini, Anceschi, Ghisoni y Lauro. El oficial Cecchini pide ayuda a don Matteo para descubrir al traidor pero durante la investigación se sospecha que podría haber sido cualquier agente del cuartel de los carabinieri.