태원구 곳곳에서 벌어진 의문의 연쇄방화 사건! 태원 경찰서에서 사건을 조사하던 중 주차타워에서 화재가 발생하고, 이에 한번 문 사건은 절대 놓지 않는 ‘진돗개’ 호개와 불만 보면 달려드는 ‘불도저’ 도진이 현장으로 출동한다. 현장에 도착한 호개는 연쇄방화범의 시그니처인 별 모양과 함께 차량 한 대를 발견하자 화염 속으로 뛰어들고, 추락할 위기에 처한 호개를 구출해내는 태원 소방서의 ‘불도저’ 봉도진! 한편 화재 진압 후 차량 트렁크 안에서 시체 한구가 발견되면서 사건은 연쇄 방화가 아니라 살인 사건으로 전환되는데...! 경찰과 소방 그리고 이번엔 국과수까지 뜨거운 공조가 다시 시작된다!

또다시 일어난 연쇄방화! 이번엔 동시에 두 곳에서 발생한 쌍불이다! 소방과 경찰 뿐 아니라 RIT(119특수구조대)도 출동해 전력으로 대응한다. 더 큰 피해를 막기 위해 어떻게든 상황을 통제하려 애쓰는 호개. 그러나 인명 구출을 위해 화재현장에 들어간 설이 위기에 빠지고, 하필 도진은 동시에 다른 곳에서 벌어진 화재현장에 가있다! 도진도 없는 상황에서 설과 요구조자를 구조해야 하는 소방과 경찰! 한편 두 번째 화재 현장에 투입되어 아이들을 구출하기 위해 불길 속으로 뛰어든 도진은 범인의 시그니처인 별 모양을 다시 한번 발견한다!

동시화재는 결국 두 번째 사망자를 낳고... 태원소방과 경찰은 충격에 휩싸인다. 더 이상의 희생자는 용납할 수 없다! 필사적으로 수사에 매진하는 소방과 경찰! 모두의 공조로 수사에 속도가 붙고 결국 결정적인 증거를 찾아내는데 성공하지만... 증거가 남긴 퍼즐을 쫓다 보니 어딘가 이상하다? 모두를 충격과 공포로 몰아넣을 범인의 정체는 과연 누구일까!?

드디어 밝혀진 연쇄 방화범/살인범의 정체! 하지만 연쇄방화범을 파헤치던 호개는 또 한 번 충격에 빠지고 만다. 방화범이 태원구 모두를 위험에 빠트릴 마지막 방화를 준비하고 있었던 것! 게다가 마지막 범행 장소는 다름 아닌 설과 호개가 살고 있는 넥스트 오피스텔. 이 사실을 모르고 있던 설이 연쇄 방화범에 의해 납치되고, 방화를 막는 동시에 설을 구출해야하는 미션이 태원 소방, 경찰에게 떨어진다. 그리고 위기의 순간 혜성처럼 등장한 한 남자! 거침없이 현장을 진두지휘하는 이 남자의 정체가 궁금하다!

명필이 사는 춘동빌라에 살인 사건이 발생하자 국수본 팀장 자릴 박차고 나온 호개가 사건을 해결하기 위해 다시 합류한다! 아들처럼 자신을 챙겨주던 용수철 아줌마의 죽음에 분노하는 명필. 단지 내 모든 이가 용의자가 되는 골때리는 상황에 호개는 진상파악을 위해 전무후무한 방식으로 수사에 착수한다. 한편 국과수에 새로운 인물이 투입됐으니... 피해자의 부검을 맡은 윤홍은 전직 공군 EOD(폭발물처리반) 반장이자 국과수 법공학부에 새로 부임한 팀장인 강도하를 소개하며 앞으로 그와 함께 공조가 시작됨을 알린다.

용수철 아줌마 죽음의 원인은 압력밥솥 폭발로 인한 사고사라는 도하의 소견에 충격을 받는 호개와 수사팀. 하지만 이대로 사건을 포기할 수 없는 호개는 끈질기게 자신만의 수사를 계속해 나간다. 겉보기엔 평범해 보였던 춘동빌라 이웃들의 추악한 본성들이 하나둘씩 드러나고, 마침내 완벽한 사건의 진실이 밝혀지는데... 수사망이 좁혀오자 불안에 떨던 범인은 또다시 위험한 선택을 하고만다... 한편 도진의 죽음으로 인해 잠시 자리를 비웠던 설이 다시 돌아온다.

도진의 죽음이라는 큰 상처에 태원을 떠났지만, 결국 태원 소방서로 돌아온 설을 따뜻하게 맞아주는 호개와 태원의 경찰, 소방들. 특수관계인 두 사람의 업무협조는 계속된다. 한편 폐차장에서 폭력배들의 패싸움이 일어나자 경찰과 소방은 공동대응에 나선다. 그러나 현장에서 발견된 신원불상의 시신에는 그 어떤 지문이나 흔적도 남지 않아 사건은 오리무중에 빠지고, 결국 수사의 유일한 단서는 부검에 의존해야 하는 상황. 그러나 부검 도중 상상치도 못했던 위기가 닥쳐오고 마는데... 국과수 최악의 위기 상황! 호개는 이 위기를 극복할 수 있을까?

기지를 발휘해 협박범을 속이고 감시망에서 벗어난 호개와 수사팀. 그러나 여전히 시신에 설치된 폭탄으로 인해 국과수 전체에 대피명령이 떨어진다. 서둘러 대피해야 하는 위기 상황 속 드디어 밝혀진 범인들의 진짜 목적! 구조를 위해 출동한 설과 소방관들의 도움으로 탈출한 호개는 범인들을 응징하기 위해 달려가지만, 설은 남은 위험을 제거하기 위해 폭탄을 해체하려는 도하의 곁에 남는데… 설상가상 상황을 눈치 챈 협박범이 국과수를 폭파시키려 하는 일촉즉발의 위기! 과연 이들은 사건을 무사히 해결하고, 폭발 위험에 빠진 국과수를 지켜낼 수 있을까?

마태화가 사라졌다는 소식에 진철중 검사장은 호개에게 손을 잡을 것을 제안하고, 처음으로 공조를 시작한 두 사람은 마태화의 부친이자 돌연사로 사망한 마중도 의원의 부검을 통해 타살의 흔적과 설계자의 실마리를 찾아내고자 한다. 호개는 끈질긴 수사 끝에 마중도 사망 당시의 이상 정황을 간파해내고 마중도, 양치영 살인사건과 마태화 탈옥 사건을 전면 재조사해 결국 마태화를 찾아내는데 성공하지만, 시즌1부터 계속되어온 마태화의 범행 뒤에 있는 설계자와의 진검승부가 남아있다는 것을 알게된다. 위기는 아직 끝나지 않았다!

폭발한 카라반의 화재 진압을 위해 출동한 태원 소방서와 현장 감식에 나선 경찰과 국과수. 그런데 화재가 진압된 뒤 현장에 남아있던 시신에서 호개의 핸드폰과 공무원증이 발견되고 모두는 큰 충격을 받는다. 가장 그의 존재가 필요한 시기에 감쪽같이 증발해버린 호개! 태원경찰, 소방, 그리고 국과수까지 모두 혼란에 휩싸인다. 거침없는 호개도 이번에는 꼼짝할 수 없이 궁지에 몰리고 만 것 같다. 지금껏 보지 못했던, 더욱 대담해지는 설계자의 범죄행각에 모두가 한 뜻으로 대항해보지만, 결코 쉽지 않다. 과연 마태화의 설계자, 덱스의 최종 목표는 무엇일까? 절대악과의 진검승부가 다가온다.

스스로를 희생해 범죄자 데이터베이스를 지킨 호개! 하지만, 결국 돌아오지 못한 호개와 그의 아버지 진철중! 비통함 속에 두 사람의 장례식이 치러진다. 하지만 동료를 잃은 슬픔도 잠시, 범인을 잡기 위해 수사를 이어 나가는 경찰, 소방 그리고 국과수! 한편 호개의 죽음으로 깊은 슬픔에 잠긴 설에게 접근한 덱스는 자신의 마지막 계획을 실현시키기 위해 그녀를 유인한다. 끝까지 악랄한 덱스의 큰 그림! 한순간도 방심할 수 없는 일촉즉발의 상황 속 덱스와의 최후의 결전이 시작된다! 대망의 마지막 회, 소방서 옆 경찰서 그리고 국과수 그 마지막 이야기!