ในปีที่ 11 ของยุคเมจิ ณ ใจกลางกรุงโตเกียว คามิยะ คาโอรุ ผู้สืบทอดสำนักดาบ “คามิยะคัตชินริว” กำลังตามล่า “มือพิฆาตบัตโตไซ” ผู้ทำร้ายคนในเมืองโดยแอบอ้างชื่อเพลงดาบในสำนักของตน คืนหนึ่งคาโอรุได้พบกับชายผู้ถือดาบ แต่เมื่อสอบถามกลับพบว่าเขาไม่มีเจตนาทำร้ายใคร “เขาเป็นมือพิฆาตบัตโตไซไหมนะ” ชายผู้นี้แนะนำตนกับคาโอรุที่ยังมองเขาด้วยความกังขาว่าชื่อ ฮิมุระ เคนชิน “คนพเนจร”

หลังคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่อ้างชื่อคามิยะคัตชินริวคลี่คลาย ก็ผ่านมาหนึ่งสัปดาห์ แม้จะกู้ชื่อเสียงคามิยะคัตชินริวได้ แต่ลูกศิษย์ของคาโอรุก็ยังไม่กลับมา ระหว่างนั้นเอง กระเป๋าเงินของเคนชินก็ถูกเด็กชายที่ชื่อว่า เมียวจิน ยาฮิโกะ ชิงไป เคนชินสำนึกว่าตนผิด จึงยกกระเป๋าเงินให้ แต่ยาฮิโกะปฏิเสธการปฏิบัติราวกับเด็กของเคนชิน ดูเหมือนยาฮิโกะกำลังรวบรวมเงินด้วยเหตุผลบางอย่าง

ด้วยแรงบันดาลใจจากเคนชิน ยาฮิโกะจึงตัดสินใจเลิกเป็นหัวขโมย ปฏิเสธที่จะส่งเงินให้กับกลุ่มคันโตชูเอ ทำให้ถูกซ้อมอย่างหนัก ท่ามกลางสถานการณ์ที่สิ้นหวัง เคนชินบุกเข้ามาช่วยยาฮิโกะไว้อย่างหวุดหวิด ทำให้รอดพ้นจากสถานการณ์นั้นมาได้ แต่ยาฮิโกะรู้สึกเจ็บใจเป็นอย่างมากที่ไม่สามารถแก้ไขปัญหาด้วยตัวเอง และปรารถนาที่จะแข็งแกร่งขึ้น เมื่อเคนชินเห็นเช่นนั้น จึงรับตัวยาฮิโกะมาที่สำนักคามิยะ

เคนชิน คาโอรุ ยาฮิโกะ ไปกินหม้อไฟเนื้อด้วยกันที่ร้านอากาเบโกะ แต่แล้วเคนชินก็ถูกกลุ่มนักปฏิรูปที่ถกปัญหาอย่างตึงเครียดขว้างขวดเหล้าใส่ จนเกิดเรื่องวุ่นวาย ชายที่นั่งอยู่ในร้าน ชื่อ ซางาระ ซาโนสุเกะ ทนดูเรื่องที่เกิดขึ้นไม่ไหว จึงเข้ามาช่วยพวกเคนชิน เขาจัดการนักปฏิรูปจนกระเด็นโดยใช้แค่การดีดหน้าผาก ซาโนสุเกะมองฝีมือที่แท้จริงของเคนชินออกจึงสนใจขึ้นมา และพูดกับเคนชินว่า “มาลองสู้กับข้าดูไหม?”

เคนชินต้องเผชิญหน้ากับ ซางาระ ซาโนสุเกะ ชายผู้เหวี่ยงดาบยักษ์ “ดาบพิฆาตอาชา” ได้ราวกับเบาหวิวเหมือนขนนก เมื่อรู้ว่าการโจมตีดาบเดียวทำอะไรซาโนสุเกะไม่ได้ เคนชินจึงใช้วิธีระดมโจมตีใส่อย่างต่อเนื่อง ทำให้ซาโนสุเกะล้มลงไปกับพื้น จนดูเหมือนจะรู้ผลแพ้ชนะกันแล้ว ขณะที่ซาโนสุเกะกำลังจะหมดสติ เขาก็นึกถึงเรื่องของ “กลุ่มสาส์นแดง” ในอดีตเมื่อ 10 ปีก่อน ทำให้ไฟสู้ในตัวของซาโนสุเกะลุกโชนขึ้นอีกครั้ง

ผู้กองแห่งกรมตำรวจมาขอความช่วยเหลือจากเคนชิน ให้จัดการกับฆาตกรร้าย “คุโรงาสะ” ที่ไล่ฆ่าอดีตอิชินชิชิอย่างต่อเนื่อง เคนชิน กับซาโนสุเกะจึงไปคุ้มกัน ทานิ จูซันโร ผู้ได้รับสาส์นขู่ฆ่าจากคุโรงาสะ เมื่อคุโรงาสะปรากฏตัวออกมาตามเวลาที่นัดหมาย ก็ได้พบว่าตัวจริงของคุโรงาสะคือ มือพิฆาตผู้โดดเดี่ยว ที่มีชื่อเสียงในสมัยบากุฟุ “อุโด จินเอ” นั่นเอง

จินเอที่รู้จักความแข็งแกร่งของเคนชินสมัยเป็นมือพิฆาตบัตโตไซ ได้จับคาโอรุเอาไว้เป็นตัวประกัน เพื่อยั่วให้เคนชินโกรธทั้งสองคนเปิดฉากต่อสู้กันอย่างดุเดือด แต่เมื่อจินเอเห็นว่าฝีมือของเคนชินไม่ได้แข็งแกร่งเหมือนแต่ก่อน จึงสะกดคาโอรุด้วย “ด้านหนึ่งของจิต” นิไคโด เฮโฮ ทำให้คาโอรุหายใจไม่ออก มีเวลาแค่ 2 นาทีก่อนที่คาโอรุจะขาดอากาศตาย และแล้ว ความโกรธของเคนชินก็พุ่งถึงขีดสุด

สหายคนหนึ่งของซาโนสุเกะ เสียชีวิตเพราะเสพฝิ่นเกินขนาด ทั้งที่ฝิ่นเป็นยาเสพติดต้องห้ามราคาแพง ซึ่งคนธรรมดาไม่มีทางหาซื้อได้ ระหว่างที่ซาโนสุเกะกับเคนชินกำลังข้องใจกับเรื่องนั้น ก็มีหญิงสาวปริศนาคนหนึ่ง ชื่อว่า ทากานิ เมกุมิ ปรากฎตัวขึ้นต่อหน้าพวกเขา พวกเคนชินขับไล่พวกทหารของ ทาเคดะ คันริว ที่มาล่าตัวเมกุมิไปได้ แต่ก็ได้พบว่า เมกุมิมีฝิ่นติดตัวอยู่ด้วย

ฮตโตโก หนึ่งในกลุ่มโอนิวาบัง บุกเข้ามาโจมตีสำนักคามิยะคัตชินริว เพื่อชิงตัวเมกุมิ โดยใช้วิชา “สำลอกเพลิงสังหาร” วิชาที่โจมตีด้วยการพ่นไฟออกจากปาก กระหน่ำเข้าใส่เคนชิน และซาโนสุเกะ เมื่อเมกุมิเห็นว่าเคนชินคงจะชนะโอนิวาบังระดับกลางไม่ได้ จึงคิดจะแอบหนี แต่แล้วคาโอรุก็หยุดเมกุมิเอาไว้และพูดว่า “เคนชินกำลังต่อสู้เพื่อปกป้องเจ้าอยู่นะ” ทำให้เมกุมิเห็นถึงความเชื่อมั่นที่มีต่อความแข็งแกร่งของเคนชิน

หนึ่งสัปดาห์ผ่านไป กลุ่มโอนิวาบังยังไม่มีทีท่าว่าจะล่าตัวเมกุมิต่อ เมกุมิเริ่มคุ้นเคยกับการใช้ชีวิตที่โรงฝึกคามิยะคัตชินริวขึ้นเรื่อยๆ แต่ซาโนสุเกะกลับรู้สึกหงุดหงิดเพราะไม่อาจยอมรับที่เมกุมิเป็นคนสร้างฝิ่นซึ่งคร่าชีวิตสหายได้ จู่ๆ เมกุมิก็หายตัวไป โดยทิ้งจดหมายไว้ว่าเธอจากไปด้วยความตั้งใจของตน พวกเคนชินที่รู้สึกว่าเรื่องนี้มีบางอย่างแปลกๆ จึงมุ่งไปที่คฤหาสน์ของทาเคดะคันริวผู้หวังชิงตัวเมกุมิ

เคนชิน ซาโนสุเกะ ยาฮิโกะ บุกเข้าไปยังคฤหาสน์ของคันริวเพื่อช่วยเมกุมิ ผู้ที่ขวางทางพวกเขาอยู่คือ หน่วยสอดแนมแห่งกลุ่มโอนิวาบัง ฮันเนีย ผู้ใช้วิชาหมัด และมี “เคล็ดวิชาแขนยาว” เป็นไม้ตาย ทำให้เคนชินถึงกับตกที่นั่งลำบาก ระหว่างการต่อสู้ ในที่สุดเคนชินก็สามารถมองเคล็ดวิชาของฮันเนียออกได้ ขณะที่คิดว่าการต่อสู้รู้ผลแล้วนั่นเอง ฮันเนียก็ถอดหน้ากากออก และเผยใบหน้าที่แท้จริงของตนออกมา

ในที่สุดเคนชินก็พบชิโนโมริ อาโอชิ เสนาธิการโอนิวาบัง ช่วงปลายบากุฟุ ด้วยการยอมแพ้โดยไร้เงื่อนไขของโชกุน กลุ่มโอนิวาบังจึงหมดหน้าที่โดยยังไม่ได้สู้ สมาชิกที่รู้จักแต่การสู้จึงเสียเหตุผลในการมีตัวตนไป อาโอชิต้องการล้างความผิดหวังนั้นด้วยการชิงฉายา “สุดแกร่ง” จากเคนชิน เคนชินในฐานะอดีตอิชินก็ไม่อาจยกโทษให้ความไร้มนุษยธรรมของอาโอชิ และแล้ว สองมือสังหารแห่งยุคบากุฟุก็ปะทะกันโดยมีศักดิ์ศรีเป็นเดิมพัน

คันริวกระหน่ำยิงปืนแก็ตลิ่งอย่างบ้าคลั่งโดยไม่ไว้หน้าใคร แม้แต่กลุ่มโอนิวาบังที่เคยเป็นลูกน้องของตน เพื่อที่จะฆ่าเคนชินให้ได้ ต่อหน้าการกระทำอันอุกฉกรรจ์นั้น กลุ่มโอนิวาบังแต่ละคนก็แสดงความสามารถของตนออกมาต่อกรกับปืนแก็ตลิ่ง ในเวลานั้นเองที่กลุ่มโอนิวาบังกับเคนชินมีจุดมุ่งหมายเดียวกัน เคนชินกับกลุ่มโอนิวาบังจึงรวมพลังกันต่อสู้กับอาวุธยุคใหม่

ยาฮิโกะ ลูกศิษย์เพียงคนเดียวของสำนักดาบคามิยะคัตชินริว เริ่มจะโดดฝึกและออกไปที่ไหนสักแห่งบ่อย ๆ ถึงเจ้าตัวจะบอกว่าไปเดินเล่น แต่คนที่ตั้งใจร่ำเรียนวิชาดาบอย่างยาฮิโกะคงไม่มีทางอู้เพื่อออกไปเดินเล่นแน่ เคนชิน คาโอรุ ซาโนสุเกะ จึงเกิดสงสัยขึ้นมา และเริ่มสะกดรอยตามยาฮิโกะ แท้จริงแล้วเป้าหมายของยาฮิโกะคืออะไรกันแน่?

เคนชิน คาโอรุ และยาฮิโกะ ได้ออกมาฝึกวิชาที่โรงฝึกมาเอกาวะ ในตอนนั้นเองก็มีนักดาบที่ชื่อว่า อิสึรุงิ ไรจูตะ บุกเข้ามา และพูดถึงเพลงดาบในยุคปัจจุบันว่าไม่มีอนาคต เขาเชื่อมั่นในต่อสู้ด้วยดาบจริงเท่านั้น และดูถูกการต่อสู้ด้วยดาบไม้ว่าเป็นเรื่องอ่อนหัด อาจารย์ของโรงฝึกมาเอกาวะ ไม่ยอมให้โรงฝึกถูกถล่มได้ง่าย ๆ จึงได้ท้าประลองกับไรจูตะ แต่ทว่า...

เมื่อไรจูตะเห็นว่าเคนชินไม่เห็นด้วยกับการบูรณะวิชาดาบสังหาร จึงมองว่าเคนชินเป็นศัตรูและเริ่มต่อสู้กับเคนชินด้วยดาบจริง แต่แล้วเคนชินก็สามารถหักดาบของไรจูตะได้ ทำให้การต่อสู้ยุติลง วันต่อมา ยูทาโร่ เด็กชายที่เป็นลูกศิษย์ของไรจูตะมาที่โรงฝึกคามิยะ เพื่อท้าดวลกับยาฮิโกะที่เป็นคู่แข่ง แต่เมื่อจับดาบไม้ไผ่ ก็เห็นว่าวิธีจับดาบของยูทาโร่นั้นมั่วซั่วไปหมด..

ยูทาโร่โดนคมดาบของไรจูตะเข้าไปจนแขนขวาเป็นแผลฉกรรจ์ ทำให้เขาไม่สามารถเหวี่ยงดาบได้อีกตลอดชีวิต ยาฮิโกะที่ปกติทะเลาะกับยูทาโร่เป็นประจำ รู้ว่ายูทาโร่ทุ่มเทให้กับการฝึกดาบแค่ไหน จึงจับมือยูทาโร่ และพาออกจากสถานพยาบาลเพื่อไปดูการประลองของเคนชินกับไรจูตะ ในป่ายามค่ำคืนนี้ การดวลที่ลุกโชนไปด้วยไฟแห่งความโกรธของเคนชินกับไรจูตะกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว

ซาโนสุเกะถูกไหว้วานจากทาเอะ ที่ทำงานอยู่ร้านหม้อไฟ “อากาเบโกะ” ที่เขาชักดาบประจำ ให้ไปซื้อภาพเขียนพู่กัน เมื่อถึงร้านขายภาพ ปกติแล้วซาโนสุเกะไม่สนใจภาพวาดเท่าไหร่ แต่กลับสะดุดตากับภาพวาดภาพหนึ่งซึ่งเป็นภาพของหัวหน้าซางาระที่เขาเทิดทูนสมัยอยู่กลุ่มสาส์นแดง นั่นทำให้ซาโนสุเกะเปลี่ยนท่าทีในทันใด และมุ่งไปหาจิตรกรที่วาดภาพนั้น

ในขณะที่เคนชินและพรรคพวกต่างจิบน้ำชากันอย่างเพลิดเพลิน ก็ถูกรบเร้าให้เล่าเรื่องราวในช่วงที่เขาท่องเที่ยวพเนจร ทุกคนคาดหวังให้เป็นเรื่องของการปราบวายร้ายที่สนุกสนานและหาฟังได้ยาก เคนชินจึงเล่าถึงการผจญภัยในโยโกฮาม่า เมืองที่ชาวตะวันตกอยู่อย่างคับคั่ง เป็นเรื่องของแพทย์ชาวต่างชาตินามว่าเอลเดอร์ ผู้สวมหน้ากากปิดบังตัวตนตลอดเวลา

เคนชินผู้เคยเป็นอดีตมือพิฆาตที่หวังจะทำให้โลกเกิดสันติสุข เข้าใจความรู้สึกของหมอเอลเดอร์ผู้หวังจะทำให้โลกนี้เป็นโลกที่ผู้คนไม่เจ็บป่วย แม้ตนเองจะถูกมองว่าประหลาดก็ตาม ในขณะเดียวกันหมอจอมโลภ อิชิซึ เอดัน มองว่าการที่เอลเดอร์รักษาคนป่วยโดยไม่คิดเงินจะเป็นการทำให้ตนเองเสียผลประโยชน์ จึงจ้างนักดาบชาวตะวันตกที่ชื่อเอลปิรัลให้ไปกำจัดหมอเอลเดอร์ แต่ว่าเป้าหมายของเอสปิรัลกลับเป็นอีกเรื่องหนึ่ง...

ตำนาน "ฮิโตคิริ บัตโตไซ" ที่เคยน่าหวาดกลัวในช่วงปลายยุคสมัยเอโดะได้หายไป จนเวลาล่วงเลยมาถึงปีที่ 11 ของยุคสมัยเมจิ เรื่องราวโรแมนติกของนักดาบแห่งยุคสมัยเมจิ เคนชิน ฮิมูระ ผู้ปฏิญาณว่าจะไม่ฆ่าฟันใครและใช้ชีวิตในยุคสมัยใหม่ กำลังจะเริ่มขึ้น!

เคนชินเอาชนะอากามัตสึ อารุนโดมาได้ และเมื่อกลับไปที่โรงฝึกคามิยะ เขาก็ได้พบกับไซโต้ ฮาจิเมะอีกครั้ง เนื่องจากไซโต้มาในฐานะเจ้าหน้าที่ตำรวจที่ชื่อ ฟุจิตะ โกโร่ พวกคาโอรุจึงต้อนรับเขามาที่โรงฝึก ไซโต้ตำหนิความอ่อนหัดของเคนชินที่ไม่ฆ่าคน ระหว่างที่เคนชินวางมือจากการเป็นมือพิฆาตตลอด 10 ปี ไซโต้กลับลับฝีมือและจิตสังหารของนักฆ่าให้เฉียบคมมาตลอด และเริ่มแยกเขี้ยวใส่เคนชิน

ผู้ที่ปรากฎตัวขึ้นต่อหน้าเคนชินและไซโต้ คืออดีตนักปฏิวัติอิชินแคว้นซัตสึมะ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทยคนปัจจุบัน โอคุโบะ โทชิมิจินั่นเอง โอคุโบอยากให้เคนชินไปหยุดแผนการร้ายที่เกียวโตของชายที่เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งมือพิฆาตบัตโตไซ ซึ่งน่าจะตายไปแล้วเมื่อสิบปีก่อน ชายคนนั้นถูกรัฐบาลมองว่าเป็นตัวอันตราย จึงถูกสังหารโดยพวกเดียวกัน และแล้วเคนชินจะตอบรับงานลอบสังหารนี้หรือไม่....?