드리프터가 되고 싶은 카나타. 폐허가 된 박물관에서 기억을 잃은 메이거스를 발견한다. 불량품일까? 깨어난 메이거스는 일상생활에 아무 쓸모가 없다. 그러던 중 엔더스의 기습 공격으로 위험에 처한 록타운. 무작정 코핀에 올라타 전투에 뛰어든 카나타에게 메이거스가 다가오는데.

느와르의 기억을 찾아주기 위해 폐허로 돌아간 카나타 일행. 낡고 망가진 코핀을 발견하지만, 느와르의 기억을 되살리진 못한다. 한편, 록타운을 방문한 바카라 네스트의 네비올로 패밀리 간부인 란게는 느와르를 록타운에서 꾀어내려 하고, 느와르는 그의 캐리어에서 노래하는 메이거스 시엘을 만난다.

너도 진짜 사나이가 돼야지! 쾌락의 도시 '디자이어 네스트'로 카나타를 데려간 토키오. 이 사실을 알게 된 엘리는 안제, 느와르와 함께 그들의 뒤를 쫓던 중 목적지가 같은 아름다운 메이거스 슈네와 마주친다. 한편, 디자이어 네스트에서는 가면을 쓴 의문의 남자가 카나타에게 말을 걸어온다.

느와르에게 의지하지 않고 전투 경험을 쌓으려는 카나타. 위험에 처한 그때, 장거리 샷으로 엔더스를 해치운 클라우디아와 파트너 메이거스 플람은 카나타를 데이지 들판으로 데려가 거대한 AO 결정 채굴을 도와달라고 부탁한다. 이곳을 훼손하지 말라는 조건과 함께.

좋은 콤비가 되기 위해 '하나 되기'에 도전하는 카나타와 느와르. 클라우디아의 말대로 미로 유적 '페즈'나 가볼까? 토키오는 제로형 메이거스를 수차례 공격해 온 정체 모를 패거리에 대해 듣고, 돌연 페즈로 떠난 카나타를 찾아 나선다.

비를 피할 곳을 찾아 도박의 도시 '바카라 네스트'로 향하는 카나타 일행. 이곳에서 마스터 없는 가수 메이거스 시엘을 다시 만나지만, 란게가 싸움을 걸어온다. 배틀 로열에서 끝까지 살아남으면 시엘 소유권을 넘겨주겠다는 란게. 그러나 그의 비겁한 수에 카나타는 당황하고 마는데.

마리아에게 느와르 정비를 부탁한 카나타. 엘리는 그사이 카나타를 살피러 가지만, 느와르가 관리할 때 엉망이던 집이 시엘의 손길로 말끔해진 것을 알게 된다. 카나타와 가까워진 시엘은 그에게 왜 메이거스인 자신을 인간처럼 대하는지 묻고, 그 이유를 들은 후 표정이 어두워진다.

새틀라이트 아쿠아 수영장에 엘리를 초대한 카나타. 엘리는 카나타와 데이트할 생각에 설레지만, 알고 보니 느와르, 안제, 마리아, 클라우디아, 플람도 초대를 받았다. 모두 수영장에서 즐거운 한때를 보내고 시엘의 깜짝 무대까지 펼쳐지는데, 서로의 꿈을 응원하는 시엘과 카나타를 본 엘리는 자신에게 괜히 화가 난다.

비에 영향받지 않는 드리프터를 목격한 카나타. '트레이더스 네스트'에서 그를 다시 마주친 카나타는 그의 이름이 '알바'이며 메이거스의 기억에 대해 잘 알고 있다는 사실을 듣는다. 어쩌면 그가 느와르의 기억을 되찾아 줄 수 있을까? 처음에 관심이 없던 알바는 자신의 메이거스 '에이다'의 말을 듣고 마음을 바꾼다.

그때와 같은 폭풍이 온다! 알 수 없는 존재에 의해 주변 네스트들이 연이어 습격당하자 록타운에 긴장감이 감돈다. 곧 현장 조사팀이 꾸려지고 드리프터로 인정받고 싶은 카나타도 이에 합류하고 싶지만 토키오는 아직 그를 보호하려는 마음이 크다. 결국 카나타는 토키오 없이 현장을 둘러보는데.

실버 스톰을 막으러 인근 네스트의 드리프터들이 합류하지만 전투는 길어진다. 느와르를 쫓는 의문의 조직은 혼란을 틈타 시엘에게 카나타를 제거할 것을 명령한다. 한편 엘리는 전투 중 절체절명의 위기에 빠지는데.

실버 스톰과의 격전이 끝나고 며칠이 지났지만 미스테르로 변한 느와르는 아직 본래의 모습으로 돌아오지 않았다. 카나타는 느와르가 깨어날지도 모른다는 희망에, 둘이 함께했던 추억의 장소로 미스테르를 데려간다.

이스투아르가 실제로 존재한다는 미스테르. 그 증거로, 미스테르는 이전 마스터와 여행을 하던 중 이스투아르 네트워크와 접촉한 적이 있다. 그러나 카나타가 그곳으로 가기 위해선 자신을 좀 더 단련해야 할 것이다.

카나타는 전설적인 이스투아르의 단서를 찾아 우주 공항이 있을 것으로 추정되는 카르타고 부근으로 간다. 그는 접근을 시도하던 중 급습을 당한다. 공격자들과 마주하게 된 카나타. 그들은 카나타에게 메이거스를 건 결투를 신청한다.

느와르는 미스테르가 자가 복구를 완료하면 자신의 자아가 사라질지도 모른다는 걸 알게 된다. 자신보다 미스테르가 카나타를 더 잘 보좌할 것이라고 믿는 느와르는 운명을 받아들인다. 카나타는 그녀의 결심을 모르고, 둘의 마음은 자꾸만 어긋난다. 느와르는 작별의 의미로 카나타에게 요리를 해주기로 한다.

느와르의 폭주로 느와르와 미스테르 둘 다 깨어나지 않자 카나타는 알바에게 도움을 청한다. 그러나 알바는 그들을 구하려면 또 다른 제로형 메이거스가 필요하다고 말하고, 이에 카나타와 시엘은 아마시아 유적에 있을지 모를 제로형 메이거스를 찾아 나선다.

어째서 네가? 믿었던 이의 배신으로 포로가 된 카나타가 충격에 빠진 가운데, 바이스하이트는 교묘하면서도 잔인한 술수를 쓴다. 카나타가 살아남을 가능성은 희박하기만 한데.

카나타를 걱정하며 찾아다니던 엘리는 움직임이 없는 시엘을 안고 자책하는 카나타를 발견한다. 충격에 빠진 카나타는 느와르와 미스테르에게 남은 시간이 얼마 없는데도 결단을 내리지 못하고... 이렇게 모두를 잃을 것인가.

느와르와 미스테르의 과거를 자세히 설명하는 메시지를 남긴 파스칼. 그것은 그들이 처음으로 이스투아르와 접촉했던 무렵의 이야기였다. 한편, 카나타와의 결투가 다가오는 가운데, 마흐트는 슈네와 계약을 맺었던 당시, 그리고 이데아르가 창설되던 과거의 시간을 회상한다.

이데아르와의 결전을 앞두고, 카나타는 데이지오거 알터를 강화하는 데 힘쓴다. 한편 느와르는 자신을 구해준 사람이 시엘이라는 것을 아직 받아들이지 못한다. 정처 없이 헤매던 느와르는 우연히 시엘의 팬을 만난다. 둘은 시엘의 노래를 회상하고, 느와르는 카나타에게 자신도 노래를 불러보고 싶다고 말한다.

마리아의 로켓이 완성되고, 카나타는 마침내 이스투아르로 갈 수 있다. 하지만 신념이 다른 이데아르는 카나타를 저지한다. 바이스하이트는 마흐트에게 카나타로부터 미스테르를 빼앗으라고 명령하고, 그 결과 전쟁이 발발한다. 록타운 드리프터들과 이데아르의 숨 막히는 전면전이 시작된다.

카나타는 미스테르를 되찾기 위해 마지막 남은 로켓을 타고 바이스하이트를 뒤쫓기로 한다. 록타운 사람들에게 작별을 고하는 카나타와 느와르. 마침내 바이스하이트가 기다리고 있는 이스투아르에 다다른다.

모든 게 바이스하이트의 계획대로 흘러갔고, 메이거스들은 단체로 기능을 멈췄다. 영향을 받지 않은 메이거스는 출신이 남달랐던 느와르뿐. 이제 그들에게 마지막 희망이 된 느와르와 카나타가 바이스하이트를 상대로 최후의 결전을 펼칠 때가 왔다.