Batman bekommt es zum ersten Mal mit seinem bislang mächtigsten Gegenspieler zu tun, dem Auftragsmörder Bane. Der wurde ursprünglich von Rupert Thorne engagiert, um Batman zu töten. Doch der Verbrecher hat eigene Pläne: Er will Thornes kriminelles Königreich übernehmen, sobald Batman vernichtet ist. Nun steht nicht nur Batmans Leben auf dem Spiel, sondern die Zukunft Gothams.

Harvey Dent, der inzwischen als Twoface bekannt ist, wird von einem mysteriösen Verbrecher entführt, kurz bevor er sich einer Operation unterziehen kann, die sein Gesicht wiederherstellen soll. Batman und Robin teilen sich auf und versuchen, den Kidnapper zu erwischen, der Batmans alten Freund entführt hat. Die beiden vermuten, dass entweder der Pinguin oder Rupert Thorne hinter der Sache steckt.

Der Riddler wurde aus dem Arkham Asylum entlassen und hat einen neuen Job als Spieleerfinder bei einer Spielzeugfabrik gefunden. Obwohl er in seiner Arbeit aufgeht und tolle Spielsachen erfindet, will er Batman weiterhin vernichten. Der Dunkle Ritter erkennt die Gefahr, die von dem Riddler ausgeht und muss beweisen, dass der verrückte Erfinder nach wie vor ins Gefängnis gehört.

Mary Dahl war früher ein Kinderstar und leidet nun an einer seltenen Krankheit, die ihren Körper am Altern hindert. Während ihre ehemaligen Schauspielkollegen älter wurden und Karriere machten, hatte Mary weniger Glück und wurde verbittert und verrückt. In ihrem Hass entführt sie die Mitglieder ihrer Fernsehfamilie und zwingt sie, sich die alten Folgen anzuschauen. Robin muss etwas unternehmen.

Der Uhrenkönig ist zurückgekehrt und will seinen Rachefeldzug gegen Bürgermeister Hill fortführen. Dieses Mal hofft der von der Zeit besessene Verbrecher, den Bürgermeister mithilfe einer Erfindung zu töten, mit der er durch die Zeit reisen kann. Batman und Robin versuchen alles, um den Uhrenkönig bei seinem finsteren Treiben aufzuhalten.

Harley Quinn wurde im Arkham Asylum für geheilt erklärt und wird in die Freiheit entlassen. Lange dauert es allerdings nicht, bis Harley wieder in Schwierigkeiten steckt. Sie stiehlt nicht nur Bruce Waynes Auto, sondern entführt auch dessen Freundin. Klar, dass Batman sofort in Aktion tritt.

Der Joker setzt Mikrochips ein, die er von Mad Hatter gestohlen hat, um berühmte Komiker so zu manipulieren, dass sie verrückte Verbrechen begehen und ihre Karriere zerstören. Wie sich herausstellt, waren die Comedians die Richter einer Jury, die den Joker vor einem Jahr bei einem Talentwettbewerb abgelehnt hatten. Nun sinnt der Verbrecherkönig auf Rache.

Lyle Bolton, der neue Chef des Arkham Asylum, wird wegen der schlechten Haftbedingungen der Gefangenen entlassen. Sechs Monate später ist Bolton zurück und verfolgt ein großes Ziel: Er will all jene hinter Gitter bringen, die er für den Verfall der Stadt verantwortlich macht. Bald schon hat er einige hochrangige Bürger der Stadt entführt. Batman und Robin müssen eingreifen.

Der in die Jahre gekommene Milliardär Grant Walker will die Welt einfrieren und nach seinen Vorstellungen neu ordnen. Für diesen verrückten Plan nimmt er die Hilfe des Verbrechers Mr. Freeze in Anspruch, den er dafür eigens aus dem Arkham Asylum geholt hat. Batman und Robin versuchen, die beiden verrückten Schurken aufzuhalten, bevor sie die Erde in eine neue Eiszeit stoßen.