En medio de la atracción existente entre Catwoman y Batman, Selina encuentra pruebas de la existencia de una instalación militar subterránea en el lugar donde se planea construir un condominio. Como resultado concluye que detrás de todo esto se encuentra un grupo terrorista internacional encabezado por Garra Roja, una misteriosa mujer.

Cuando una horrible criatura con apariencia de murciélago aterroriza Gotham City, las autoridades concluyen que debe ser Batman. Mientras tanto, la investigación de Batman lo lleva al laboratorio de Kirk Langstrom, un zoólogo, que ha estado experimentando con una fórmula que lo convierte en un hombre murciélago. Bullock dirige un escuadrón especial de policías para detener a Batman, que es sospechoso por los ataques perpetuados por Langstrom. Batman no solo tiene que capturar al hombre murciélago para salvar a Langstrom, sino también para limpiar su nombre.

El Sr. Frío, sediento de venganza contra el director ejecutivo que destruyó su vida, empieza a robar diversos equipos de GothCorp. Batman simpatiza con los motivos del Sr. Frío, pero debe impedir que utilice los equipos robados para destruir un edificio lleno de personas inocentes con el fin de llevar a cabo su venganza.

Bruce Wayne está detrás del intento de asesinato de Lucius Fox. El perpetrador es un actor y maestro del disfraz llamado Matt Hagen. Hagen era un exitoso actor de cine, quien sufrió dos años atrás un accidente que desfiguró seriamente su rostro amenazando arruinar su carrera hasta que es visitado por Ronald Dagget, prometiéndole restaurar su rostro a cambio de sus servicios como matón. Le proporciona un suministro mensual de una crema facial adictiva conocida como Renuyu que puede cambiar temporalmente su cara a la normalidad, y que quiere llevar a Wayne Enterprises para la expansión de la comercialización. Hagen entra a la fábrica de Dagget y roba más crema, pero lo que no esperaba Hagen es descubrir que Dagget planeaba deshacerse de él.

Los matones de Dagget encuentran a Hagen con el rostro de Bruce Wayne; estos no creen en la actuación de Hagen y se deshacen de él untándole una sobredosis de la crema en su rostro, la cual se asimila a su piel y lo convierte en Cara de Barro, un monstruo con la habilidad de tomar cualquier forma humana por tiempo limitado. Con sus nuevos poderes y la asistencia de su maquillista y confidente planea su venganza contra Dagget.

Charles Collins, un frustrado padre de familia que pasó un mal día, insulta por accidente al Joker en la autopista; este lo deja ir con la condición de hacerle un favor en el futuro y Charlie, asustado, acepta. Dos años después, el Joker localiza a Charlie, ahora llamado Donald Wallace, y le pide que, junto a Harley Quinn, dinamiten el lugar donde se celebra la fiesta de premiación de Gordon.

Garra Roja y sus terroristas ponen en marcha su plan de robar la cepa de un virus para exigir a la ciudad un pago extorsivo por ella a cambio de no esparcirla. Mientras tanto, Catwoman se infiltra en la guarida de Garra Roja, sin saber en lo que se está metiendo.

Harvey Dent se involucra sentimentalmente con una misteriosa mujer llamada Pamela Isley. Dent resulta envenenado después de una cena; tras concluir que el beso de Pamela y Harvey fue el método para envenenarlo, Batman descubre que Pamela se convierte en la villana Hiedra Venenosa. Batman deberá luchar por la vida de su mejor amigo y la suya.

Batman tiene su primer encuentro con El Espantapájaros cuando este intenta incendiar la Universidad de Gotham buscando venganza, pero en la pelea Batman inhala el gas del miedo y empieza a tener pesadillas que lo inducen a creer que él es el culpable del asesinato de sus padres y que ha deshonrado el apellido de su padre.

El hijo del alcalde Hamilton Hill, odia e ignora su propia fiesta de cumpleaños, que es más un evento político que una verdadera celebración. Mientras tanto el Guasón se infiltra en la fiesta disfrazado de payaso con el fin de colocar una bomba. El hijo del alcalde, un incipiente mago; se enamora de los trucos del payaso hasta el punto de esconderse en la camioneta de este para huir con él. Cuando Batman sigue el rastro del niño llega a un parque de diversiones abandonado. El astuto villano usa la ingenuidad del niño para atrapar a Batman.

Cada año a la misma hora Batman cumple una cita con la Dra. Leslie Thompkins. Pero esta vez una serie de peligrosas distracciones mantienen ocupado a Batman, impidiéndole acudir a su cita.

Cuando Bullock estropea una operación policial; él, la Oficial Montoya y el novato Wilkes; son investigados por Asuntos Internos. Bullock pretende salvarse dando una versión contradictoria a los hechos, terminando esto con la suspensión de los tres. Ansiosa por limpiar su nombre, Montoya sigue algunas pistas que la conducen a la guarida de los criminales detrás de este incidente.

Tras perder millones en su compañía por un juicio, Temple Fugate se autodenomina como «El Rey Reloj» y persigue a quien considera el único responsable de su pérdida: el Alcalde Hill, quien en el pasado simplemente había sugerido a Fugate de no ser tan rígido con el tiempo lo cual llevó a Fugate a cometer su único error en su ex trabajo.

Joker emplea un gas letal que altera la mente para convertir a los ciudadanos de Gotham en unos completos tontos. Si Batman no detiene al Príncipe Payaso del Crimen, pronto todo el mundo estará completamente loco, incluyendo a su amigo y mayordomo, Alfred.

Varios ricos industriales son invitados a un balneario que anuncia el «regreso a lo natural», y ahí es donde se ven por última vez antes de desaparecer. La única conexión: tenían algo que ver con la muerte de las plantas. Bruce Wayne también recibe una invitación (aunque fue uno de sus codiciosos directores quienes casi hicieron el trato de destruir una selva tropical antes de que Bruce lo obligara a cerrar la operación), pero Alfred y su «amiga», Maggie, van en su lugar. Cuando no regresan, Batman se ve obligado a investigar, descubriendo que el spa está dirigido por Hiedra Venenosa, y que ha estado usando una fórmula para convertir a las personas en árboles, incluyendo a Alfred y Maggie.

El fiscal de distrito Harvey Dent esconde un gran secreto. Él posee una doble personalidad: el Gran Harvey Malo. Cuando Rupert Thorne se entera de la condición de Dent, intenta chantajearlo. Lamentablemente, el Dent malo sale a flote y el accidente que sufre hace de esta su personalidad dominante.

Dos Caras emprende una agresiva campaña de venganza contra Ruphert Thorne; quien ofrece una recompensa de dos millones de dólares para aquel que lo halle. Batman desea encontrarlo antes que Thorne, pero sus hombres le tienden una trampa usando a su amada Grace como carnada.

Varias estrellas deportivas reciben unos extraños telegramas y tienen alucinaciones en su siguiente partido. Al mismo tiempo, un hombre está ganando mucho dinero con las situaciones acaecidas. Batman y Robin (quien más tarde será infectado) comienzan su propia investigación y llegan a la conclusión de que alguien está imitando los crímenes del Espantapájaros ya que este está recluido en Arkham Asylum.

Al intentar recuperar un Huevo de Fabergé robado por El Pingüino, Batman es rociado con gas nervioso. Ahora inconsciente, Batman es rescatado por unos niños de doce años, aspirantes a detectives; que lo esconden en su sótano. De estos niños depende averiguar el modo de despertarlo antes que El Pingüino lo encuentre.

El Detective Bullock es arrestado por secuestro y asesinato. Batman, a quien Bullock le desagrada pero cree que es un buen hombre, investiga y descubre la identidad del verdadero criminal: Killer Croc, como venganza por su captura en los muelles hace tiempo.

Batman investiga al culto denominado La Hermandad de la Sangre, fundada por el “místico” Nostromos tras escuchar varias historias entre sus colegas sobre su habilidad para predecir el futuro. Batman averigua que Nostromos es un timador que amañaba los hechos para simular los accidentes y así ganarse la confianza de las clases altas de Ciudad Gótica.

Cuando hombres indigentes empiezan a desaparecer de la calle Dock; Bruce acude encubierto como Gaff Morgan para investigar. Pronto termina con amnesia y víctima de trabajos forzados en un remoto y traicionero campamento minero.

El Sombrerero Loco desarrolla una forma de control mental mediante la ubicación de un dispositivo en los sombreros de las personas. Haciendo uso de esto, intenta impresionar a Alicia, una mujer de la cual está enamorado. Cuando descubre que ella tiene otro amor el celoso Sombrero Loco utilizara su poder en su contra.

Batman investiga a un especialista en trampas quien, con sus trampas y acertijos, logró robar un fondo de caridad. Por otra parte el barón Waclaw Jozek le ha ofrecido al llamado Wormwood una recompensa por traer la capa y la capucha de Batman.

Bruce Wayne despierta para encontrar que su sueño anhelado se ha hecho realidad: sus padres no están muertos y el no es ni ha sido Batman. No solo eso sino que está comprometido con Selina Kyle. En principio está sorprendido, pero una serie de pistas le llevan a la conclusión de que de alguna manera todo es una elaborada farsa.

Batman encuentra misteriosos "duendecillos" cometiendo delitos menores. Tomando bajo su tutela uno de estos "duendes" pronto descubre que pertenece a un grupo de niños abandonados que viven olvidados en las profundidades del sistema de alcantarillado. Su líder, el loco Rey del Alcantarillado; obliga a los niños a robar alimentos y suministros para él. Batman deberá luchar contra enormes cocodrilos y las trampas del Rey del Alcantarillado.

Kyodai Ken, un disciplinado artista marcial y ladrón, fue alguna vez compañero de artes marciales de Bruce Wayne. Sus días en el templo acabaron cuando Bruce lo delato de robar una valiosa katana, desde ese día juro venganza contra Bruce Wayne y su empresa enfrentándose a Batman bajo el manto del Ninja.

Tras un intento de chantaje perpetrado por matones a una Jueza, Batman sospecha que el lugar en donde ella acaba de llegar de vacaciones, dirigido por el Dr. Hugo Strange, está detrás de todo. Bruce Wayne arregla una cita con el doctor quien, con su máquina de los recuerdos, descubre la identidad de Batman y planea rematarla al mejor postor entre el Joker, Dos Caras y el Pingüino.

Selina Kyle se encuentra en un zoológico observando un tigre cuando es secuestrada por Garth el hombre-mono. Es llevada a la guarida del Doctor Emile Dorian y su hijo y creación maestra Tygrus donde, con un derivado del suero de Man-Bat, Selina es transformada en un híbrido Mujer-Gato.

Cuando Batman intenta frustrar el plan del Espantapájaros de envenenar el abastecimiento de agua con una sustancia química que induce pesadillas y alucinaciones; el Caballero Oscuro se infecta. No pudiendo distinguir la fantasía de la realidad es internado en el Manicomio Arkham. Él deberá encontrar la forma de escapar y detener la pesadilla sin fin que sume al pueblo de Gotham.

Cuando niño, Bruce Wayne disfrutaba ver con su padre en televisión al Fantasma Gris. Hoy en día nadie lo recuerda hasta que un enemigo del héroe de su infancia: El Saboteador amenaza dinamitar Gotham, Batman deberá recurrir a la ayuda del Fantasma Gris quien sufre una terrible depresión.

Batman debe detener el plan de Roland Daggett para liberar una plaga viral diseñada por el profesor Milo en Gotham por medio de su población de gatos callejeros. El caso gana una nueva urgencia cuando Catwoman se infecta con el virus durante su búsqueda de su gato desaparecido, Isis. Ahora, Batman debe encontrar un antídoto para salvar a la mujer que más lo ama. Pr otro lado Catwoman es condenada a cinco años con libertad condicional por robo, vuelve a casa solo para descubrir que su gato fue raptado por Ronald Dagget, quien planea una conspiración para envenenar Gótica utilizando animales como traspodarores.

Batman se encuentra frustrado sintiendo que está perdiendo su guerra contra el crimen. A su vez, mientras él se encontraba en su reunión anual con la Dra. Leslie Thompkins dejando un par de rosas en el callejón del crimen, el Comisario Jim Gordon resulta gravemente herido en un peligroso allanamiento en el cual Batman había prometido estar. Esto hará que Batman se replantee sobre si continuar o no con su cruzada.

Hiedra Venenosa se refugia de la policía en un bar coincidiendo con El Joker, Dos-Caras, el Pingüino y Killer Croc, quienes jugaban Blackjack. Hiedra se une a la partida y todos empiezan a contar sus encuentros con Batman al mismo tiempo que se pone en marcha un plan del Joker, el cual consiste en convertir a Catwoman en comida para gatos por estropear su plan para acabar con el murciélago.

Batman investiga la apariencia de una criatura parecida a un Hombre lobo en Gótica, sin darse cuenta de que el monstruo pasa a ser uno de los asociados de Bruce Wayne - Anthony Romulus, ex campeón olímpico quien está siendo chantajeado a cumplir órdenes para así poder tener el antídoto de una fórmula que ha tomado y que le convierte en un "Hombre Lobo", solo Batman puede detener al desdichado.

Cuando un murciélago de tamaño gigante saquea el puerto de Gótica, Batman sospecha que el Dr. Kirk Langstrom está a la altura de sus viejos trucos, tomando de nuevo la fórmula de Man-Bat. Batman no es el único. La esposa de Kirk, Francine, esta tan desconfiada de su marido que decide dejarlo. Después de una investigación más profunda, Batman descubre que este Man-Bat no es Kirk, si no alguien más.

Luego de escapar del Asilo Arkam, el Joker toma el control de la TV de Gotham City para aterrorizarla en Navidad; tomando como rehenes al Comisionado James Gordon, el Detective Bullock y la reportera Summer Gleason retando a Batman y Robin a que los encuentren y liberen antes de medianoche o él les deseara una muy triste Navidad.

Varios robos ocurren en compañías importantes, incluyendo Wayne Enterprises a quienes roban un microchips de alta inteligencia artificial, y Bruce Wayne, como Batman, descubre que el ladrón es un maletín mecánico. Bruce se encuentra con su viejo amigo, Karl Rossum, un experto en robótica que perdió a su hija en un accidente de vehículo años atrás. También conoce a la asistente de Rossum, Randa Duane, y la última creación de Rossum: un prototipo A.I. Conocido como ordenador analógico holográfico alternativo digital (H.A.R.D.A.C.) Bruce invita a Duane a cenar, y alrededor del mismo tiempo, ciertos civiles comienzan a actuar extrañamente. Lo más sorprendente es cuando Duane sale inesperadamente mientras Bruce está en el teléfono y toda la Baticueva lo ataca.

Batman logra liberarse de la Baticueva, y la devuelve a su control, aunque no logra controlar a Duane. Barbara Gordon se acerca a Batman para informarle del cambio repentino de comportamiento de su padre. Una batalla brutal entre Batman y el detective Bullock se produce, durante la cual Batman empuja a Bullock en la señal del murciélago, y revela que él es realmente un androide, significando que el Bullock verdadero y James Gordon han desaparecido, y Batman sabe quién es el culpable: H.A.R.D.A.C.

Cuando Edward Nygma, el genio detrás del exitoso juego de computadora "El Acertijo del Minotauro", demanda su parte de las ganancias al codicioso y manipulativo dueño de la empresa Daniel Mockridge, es injustamente despedido. Dos años después, cuando Mockridge intenta vender su compañía a Empresas Wayne, Nygma empieza su venganza con una nueva identidad. Entonces secuestra a Mockridge atrayendo a Batman y a Robin a un laberinto gigante, en donde para salvar a Mockdridge deberán resolver una serie de acertijos mortales.

El Joker observa por la televisión la inauguración del casino "El Joker Salvaje", fundado por Cameron Kaiser, este escapa de Arkham con el objetivo de explotar el casino con toda la gente, con Kaiser y con Batman dentro. El Joker ignora que él es solo el detonante de un plan ejecutado por el propio Kaiser, que pretende cobrar la póliza de seguro del casino para evitar la quiebra.

Un último robot fue creado por inteligencia artificial; un robot de Bruce Wayne/Batman. Este robot se activa por accidente creyendo de verdad ser Bruce Wayne/Batman y actuando como tal.

En New York, Batman sigue la pista de una misteriosa organización terrorista llamada La Liga De Las Sombras. Esta posee muchos miembros y asociados, y uno de ellos, conocido como Vértigo, descubre su propio potencial criminal y abandona la organización. Ya en Gótica, Vértigo roba un aparato de WayneTech con el que planea provocar un caos sísmico. Mientras sigue el rastro del Conde Vértigo, Batman encuentra a Talia, hija del jefe de la Liga de las Sombras, quien fue enviada por su padre para impedir la captura del taladro sónico que el Conde robó. Batman junto a una nueva aliada acudirán a la captura del ladrón, permaneciendo fuera de balance en cuanto a donde se encuentra su verdadera lealtad.

Edward Nigma regresa con su identidad de "El Acertijo", armando un caos en el sistema computacional de Gotham, borrando archivos y expedientes, y luego creando un computador con misterioso programa de realidad virtual que hará llegar a la oficina del Comisionado Gordon para atraer a batman hacia él.

Unos pescadores se aborrecen al recoger lo que parecen ser peces con la cara del Joker. La policía realiza una meticulosa investigación para descubrir el extraño plan del villano. El Joker crea una toxina que afecta solo a los peces, transformándolos en peces Joker. Entonces, se dirige a hombres inocentes que se niegan a proteger sus peces Joker. El Joker también captura a Harvey Bullock, y Batman debe rescatarlo y frustrar el esquema insano del Príncipe payaso del crimen.

Harley es expulsada de la banda por el Joker, ante esto decide robar en solitario. Mientras se encuentra robando conoce a Poison Ivy, con quien formará una amistad de tipo feminista al estilo del film "Thelma & Louise".

Sinopsis: un vendedor de repuestos de automóvil descubre, gracias a uno de sus pedidos, al mecánico que ayuda a mantener el Batmovil. Entonces intenta vender el secreto al Pingüino, para que este extorsione al mecánico y transformar el vehículo en un arma mortal contra Batman y Robin.

Sidney el calamar es un matón tímido de Rupert Thorne cuyo sueño es ser respetado en el mundo criminal. Dos sicarios lo invitan a formar parte de un negocio (en realidad es la carnada para Batman) y el acepta. Batman llega y lo encuentra, Sid pelea tímidamente pero tropieza y Batman lo salva cayéndose el a una cámara de gas que explota. Sid baja del tejado con la capucha del murciélago; Sidney el calamar es ahora conocido como "El hombre que mató a Batman".

Una antigua amiga de Bruce Wayne llamada Zatanna (hija de un afamado mago que enseñó a un joven Bruce, las técnicas y secretos del escapismo Zatara) es actualmente implicada en un multimillonario robo. Batman deberá ayudar a Zatanna a salir del caso que se le imputa, y a su vez se reencontrará con su amiga.

Batman y Robin atrapan a un matón que trabaja para un tal Billy Marin. Batman investiga el asunto mientras Robin es forzado a quedarse en la Baticueva. En el Baticomputador descubre que el Sr. Marin no es otro que Tony Zucco, quien saboteó el espectáculo que condujo a los padres de Robin a la muerte.

El pingüino se ha reformado recientemente, es puesto en libertad y es invitado por una mujer a una fiesta solo para ser objeto de burlas de la alta sociedad, al enterarse decide vengarse de quienes quisieron burlarse de él.

Batman continua en su investigación de Zucco mientras Robin, desobedeciendo a Batman, se dispone a vengar la muerte de sus padres. Paralelamente a la Historia se cuenta el Origen de Robin, desde sus primeros lazos con Bruce Wayne hasta su primer encuentro con Zucco.

El Pingüino ha robado un helicóptero militar sumamente peligroso. Con él se encuentra volando sobre Gotham demandando 100 millones de dólares a cambio o atacará cualquier parte de Gotham que desee. En el primer ataque que hizo Bruce Wayne se encontraba presente y resultó herido quedando temporalmente ciego. Ahora como Batman deberá ingeniárselas para detener al Pingüino sin importar su condición.

El Ninja Kyodai Ken regresa al templo japonés en donde entrenaron junto a Bruce Wayne. Allí secuestra a la joven mejor alumna del antiguo sensei de ambos. Esto como parte de un plan para robarles técnicas mortales al sensei y, a su vez, vengarse de Batman.

Lloyd "Eddie" Ventrix está a punto de perder a su hija Kimberly y a su exmujer Helen por su pasado como timador. Con la intención de no perder a Kimberly (aunque ella le rechace), Ventrix se pone un traje robado con el que solía trabajar durante la libertad condicional, que otorga la invisibilidad del usuario, pero también se convierte en altamente tóxico, y se hace pasar por amigo imaginario de Kimberly, Mojo, mientras que él roba joyas para ella.

Robin es secuestrado, y al mismo tiempo Ra's al Ghul recurre a Batman pues también a su hija Talia la han secuestrado los mismos que a Robin. Entonces Ra's y Batman emprenderán una búsqueda internacional que los llevará a liberar a sus seres queridos.

Ra's se sincera con Batman contándole que él es el único a quien considera como posible heredero de su imperio e ideales. Ante la negativa de Batman de asumir el puesto, Ra's lo encerrará e intentará llevar a cabo sus planes en solitario, aunque sin contar con que su hija Talia se ha enamorado de Batman y le ayudará a detener los planes de Ra's.

La policía de Gotham esta desconcertada por una serie de crímenes ejecutados con la precisión de un reloj. Batman descubre que los crímenes fueron planeados por el jefe de una pandilla conocido como Scarface.

Creyéndose a sí mismo la reencarnación del dios griego Zeus, loco de remate Maxie Zeus roba un cañón experimental de electrones. Montándolo sobre su ático pretende crear una "lluvia de relámpagos" sobre Ciudad Gótica.