Бэтмен встречается с новой воровкой — Женщиной-кошкой, и в то же время, встречает Селину Кайл, которой он явно понравился. Когда Селина пытается организовать за пределами города заповедник для диких котов, она сталкивается с террористической организацией, возглавляемой Красным когтем.

После ряда краж в фармацевтических компаниях, проводимых существом, напоминающим летучую мышь, полиция обвиняет Бэтмена в этих преступлениях. Поиск виновного приводит его к учёному Кирку Лэнгстрому, специализирующемуся на летучих мышах.

Учёный Виктор Фриз совершает набеги на компанию «Готкорп», похищая ценное оборудование. Идя по его следу, Бэтмен узнаёт трагическую историю Фриза. Погрузив свою больную жену Нору в криогенный сон, чтобы она смогла дожить до времён, когда будет найдено лекарство, Виктор сталкивается с управляющим Феррисом Бойлом, решившим отключить оборудование. В результате схватки криогенная камера Норы была разбита, а Фриз прошёл криогенную обработку, превратившую его в существо, способное жить лишь при температуре ниже нуля.

После изуродовавшего его несчастного случая киноактёр Мэтт Хейген становится жертвой Роланда Даггетта, предложившего ему крем, с помощью которого можно лепить своё лицо, как глину. Однако действие крема прекращается через 24 часа, и Хейген попадает к нему в зависимость, вовлекающей на путь преступлений. Когда актёр перестаёт быть полезным, бизнесмен приказывает убрать его, и двое подручных вливают Мэтту в глотку большую дозу раскалённой мази. Это не убивает Хейгена, а превращает в глиноподобного монстра.

Хейген, выжив после покушения, заплатил слишком большую цену за это: его тело может принимать любую форму, хотя подобные трансформации быстро истощают его. Со своими новыми силами он, называя себя «Глиноликий», решает убить Даггетта.

Война за территории между преступными боссами Арнольдом Стромвеллом и Рупертом Торном принимает новый оборот после исчезновения родного сына Стромвелла. Пытаясь найти его, Арнольд приходит на встречу с Торном, где тот подготовил для него ловушку. Пожилого гангстера спасает Бэтмен, который показывает Стромвеллу, в сколь многих вещах он заблуждался.

После того, как клерк Чарли Коллинз сталкивается на дороге и конфликтует с Джокером, тот оставляет его в живых в обмен на услугу в будущем. Спустя 2 года Джокер наконец решает как использовать своего должника: невольно помочь занести бомбу в университет Готэма, где комиссар Гордон должен произнести речь среди полицейских на торжественном мероприятии. Чарли неохотно соглашается — под угрозой жизнь семьи.

Террористы выкрадывают с военной базы вирус чумы, угрожая выпустить его, если им не заплатят выкуп. В то же самое время Красный Коготь и Бэтмен обнаруживают, что Женщина-кошка и Селина Кайл — один и тот же человек.

Когда окружной прокурор Харви Дент решает построить новую тюрьму «Стоунгейт» на месте посадок редкого вида роз, Памела Айсли отравляет его. Бэтмен должен найти противоядие до того, как время Дента уйдёт.

Бэтмен сталкивается со злодеем, терроризирующим Готэмский университет, называющим себя Пугало. В схватке с ним Тёмный Рыцарь отравляется газом страха.

Сыну мэра Гамильтона Хилла, Джордану, становится грустно из-за использования своего дня рождения отцом для политической рекламы. Но его похищает выступавший там цирковой артист, оказавшийся Джокером.

Ролланд Даггетт, с помощью подручного Крокера и мастера по взрывам по кличке «Нитро», планирует уничтожить известную Преступную аллею, для получения новой земли для своей бизнес-империи.

Проваленая полицейская операция приводит к приостановке полномочий её участников: рядового Уилкеса, офицера Рене Монтойя и детектива Харви Буллока. Каждый из них вынужден рассказать о том, что случилось той ночью.

После банкротства своей компании (без права апелляции), Тэмпл Фугейт становится «Королём часов» и стремится только к одному: отомстить мэру Хиллу, чей совет 7 лет назад и привёл к его краху.

Джокер выпускает на улицы города «веселящий газ», требуя у властей громадный выкуп, который они не смогут заплатить, и устраивает западню Бэтмену.

Несколько миллионеров, приехавших отдохнуть на модном курорте «Вечная юность», бесследно исчезают. Брюс Уэйн тоже получает приглашение, но посылает вместо себя Альфреда и его подругу Мэгги Пейдж. Проникнув на курорт, он узнаёт, что Ядовитый Плющ мстит вредящим природе, превращая их в деревья с помощью разработанной ею новой формы хлорофилла.

Харви Дент участвует в переизбрании и готовится арестовать преступного главаря Руперта Торна. Однако тому удаётся найти его историю болезни и узнать об альтер-эго: Страшный Харви. Торн начинает шантажировать окружного прокурора, и Бэтмен пытается спасти Харви.

Харви Дент, выживший после тяжёлого ранения, превратился в Двуликого, поставив себе цель уничтожить Торна и его бизнес. Теперь единственный и неповторимый закон — подброшенная монета.

Несколько спортсменов получают странные письма и страдают от галлюцинаций на следующих играх. В то же время один человек получает большие деньги, ставя против их победы. Бэтмен и Робин (к которому пришло последнее письмо) начинают собственное расследование и обнаруживают, что кто-то продолжает преступления Пугала с того момента, как он находится в Аркхэме.

Преследуя похитившего яйцо Фаберже Пингвина, Бэтмен получает в лицо газовую гранату и оказывается спасённым двумя детьми, играющими в детективов — Шерманом и Робертой, укрывшим его в подвале своего дома. Но Пингвин не оставляет попыток найти Бэтмена.

Когда полицейский катер, доставлявший свидетеля по делу, связанному с Рупертом Торном, взрывается, главным подозреваемым становится Харви Буллок, пару лет назад обвинённый в получении взяток от Торна. Бэтмен, которому тоже не нравится Буллок, узнаёт имя истинного преступника Убийцы Крока, который начал вендетту против лейтенанта, однажды его поймавшего.

Итан Кларк, миллионер и друг Брюса Уэйна, как и целый ряд его знакомых, попадают под влияние прорицателя-экстрасенса Ностромоса, пугающего их предсказаниями грядущего экономического кризиса. Бэтмен выясняет, что Ностромос и его ассистент Лукас — чистой воды мошенники, и пытается внедриться в организованное ими братство, чтобы подробнее узнать об их планах.

Расследуя исчезновения бездомного Гасэма, Брюс Уэйн был похищен неизвестными. Заключённый в тюрьму вместе с другими каторжниками, сможет ли он сбежать оттуда и освободить заключённых?

Учёный «Уэйн Индастриз» Джервис Тетч влюблён в секретаршу Алису, но не может заговорить с ней. Узнав, что ту бросил бойфренд, Тетч изо всех сил пытается завоевать её сердце. Но когда парень Алисы возвращается и делает ей предложение, возмущённый Джервис, назвавшись «Безумным Шляпником», решает исправить ситуацию с помощью своего изобретения — чипов, контролирующих сознание.

Выслеживая Йозиа Вормвуда, опасного наёмника, который добывает информацию у своих жертв, завлекая их в смертельные ловушки, Бэтмен публично унижает и затем допрашивает связанного с Вормвудом европейского мошенника-аристократа, барона Вацлава Йозека. Взбешённый Йозек обращается к Вормвуду, обещая крупное вознаграждение за бэтменовские плащ и маску.

Проснувшись однажды утром, Брюс обнаруживает, что его родители живы, через неделю он женится на Селине Кайл. В костюме Бэтмена действует кто-то другой. Уэйна ждёт счастливая жизнь, и всё же он чувствует, что всё не так (в книгах и газетах ничего нельзя прочесть).

Преследуя укравшего у женщины сумочку «лепрекона», Бэтмен обнаруживает, что это бездомный мальчик, а затем находит целое подземное общество таких маленьких нищих, которым правит Подземный король.

Когда загадочный преступник, грабящий все предприятия Брюса Уэйна, оказывается воином ниндзя, герой понимает, что это его соперник по школе боевых искусств — Кьодай Кен, изгнанный в своё время из-за того, что Брюс обнаружил его за кражей мечей.

Идя по следу загадочного шантажиста, Брюс Уэйн приезжает в дом отдыха и попадает на приём к доктору Хьюго Стрэнджу. С помощью хитроумной машины Стрэйндж видит мысли своих богатых пациентов и затем вымогает у них деньги, угрожая раскрыть самые мрачные тайны. Узнав истинную сущность Бэтмена, доктор организует аукцион для криминальных боссов.

Безумный специалист по генетике доктор Эмиль Дориан похищает Селину Кайл и превращает её в кошачьего оборотня, чтобы у его создания, получеловека-полузверя Тигриса, была подруга. Пробравшийся на остров Дориана Бэтмен пытается спасти Селину, но для этого ему надо победить могучего Тигриса. История отсылает к роману «Остров доктора Моро», рассказу Ричарда Коннелла «Самая опасная игра», а фамилия Дориан — к герою произведения «Портрет Дориана Грея».

Пытаясь остановить организованное Пугалом отравление готэмской воды, Бэтмен получает ударную дозу газа, вызывающего бесконечные кошмары и галлюцинации. Не в состоянии больше отличать реальность от иллюзий, он вскоре попадает в Аркхэм в качестве пациента, а времени на предотвращение катастрофы практически не остаётся.

Когда город начинает терроризировать загадочный Безумный Подрывник, Бэтмен понимает, что он сильно похож на одноимённого злодея из старого сериала о Сером Призраке, который Брюс обожал в детстве. Он обращается за помощью к Саймону Тренту, игравшему главную роль, однако тот не хочет иметь ничего общего с Серым Призраком.

За участие в спасении Готэма Селину Кайл освобождают из тюрьмы с условием забыть о кошачьем костюме. Но ей всё же приходится вспомнить о своём альтер-эго, чтобы найти пропавшую кошку Айзис. Попутно Кэтвумен узнаёт о злодейском плане бизнесмена Роланда Даггетта и чуть было не становится жертвой созданного им вируса.

Бэтмен впадает в депрессию, которая усугубляется тем, что он не успел вовремя попасть на место задержания преступной шайки, когда во время перестрелки был тяжело ранен комиссар Гордон. Тем временем одержимый местью Гордону свирепый гангстер Джимми Пик по кличке Джазмен сбегает из тюрьмы, чтобы добить комиссара.

Джокер, Убийца Крок, Пингвин, Двуликий и Ядовитый Плющ встречаются вместе за покером и рассказывают друг другу истории о том, как почти поймали Бэтмена.

Расследуя дело о нападениях загадочного человека-волка, Бэтмен не догадывается, что им является друг Брюса Уэйна, олимпийский чемпион Энтони Ромулус. Пытаясь подстраховаться во время соревнований, талантливый спортсмен использовал разработанный профессором Майло препарат, со временем превративший его в оборотня. Теперь Ромулус вынужден исполнять все приказы учёного в надежде получить лекарство от ликантропии.

Когда чудовищная летучая мышь размером с человека возвращается, Бэтмен требует объяснений у Кирка Лэнгстрома, но вскоре выясняет, что истинный виновник вовсе не он. Тем временем жена Кирка, Франсин, садится в самолёт, чтобы сбежать от мужа-оборотня.

После побега из Аркхэма в Рождество Джокер начинает терроризировать город. В ритме знакомой всем песни.

HARDAC продолжает заменять влиятельных готэмцев их механическими двойниками, включая своего создателя Россума. Вот-вот настанет черёд Брюса Уэйна.

Эдварда Нигму — создателя популярнейшей компьютерной игры «Загадка Минотавра», увольняет его алчный начальник Дэниел Мокридж, который благодаря ловко составленному контракту становится обладателем авторских прав на «Минотавра». Через два года несправедливо уволенный работник даёт о себе знать бывшему боссу, делая ему деловое предложение, а на самом деле заманивая в смертельную ловушку. Но при этом он случайно привлекает внимание Брюса Уэйна, который быстро вычисляет, кем является новый суперзлодей. Теперь цель Нигмы-Загадочника — уничтожить Бэтмена и Робина, заставив их искать Мокриджа в огромном лабиринте, полном роботов-убийц.

Когда миллионер Кэмерон Кайзер использует для своего нового казино Джокеровский дизайн, разъярённый Клоун — Принц Преступного Мира воспринимает это как личное оскорбление и сбегает из Аркхэма.

Вломившись на склад, шайка воров обнаруживает робота-двойника, уверенного, что он — Бэтмен. На самом деле это изделие является частью резервного плана компьютера HARDAC, одержимого идеей замены людей более совершенными копиями.

Пытаясь предотвратить похищение смертоносного акустического оружия, а затем преследуя грабителей, возглавляемых графом Вертиго, Бэтмен сталкивается с леди в чёрном. Они оба попадают в плен, и, очнувшись, герой видит, что новая знакомая сняла с него маску. Красавица, которая представляется как Талия, говорит, что остановить «Общество Теней» и Вертиго её послал отец. Рыцарь Ночи объединяет с ней силы, чтобы победить террориста — пока не выясняется, что у них не совсем одинаковые цели. Вертиго — это отсылка к фильму «Головокружение».

Загадочник возвращается в Готэм, выводит из строя все городские компьютерные системы и уничтожает полицейские досье на себя. Для того, чтобы стать недосягаемым для закона, ему остаётся расправиться с Бэтменом и Робином, двумя свидетелями его прошлых деяний. Злодей заманивает в созданную им «виртуальную реальность» комиссара Гордона и делает его своим заложником

Решив заработать деньги честным способом, Джокер высыпает свои химикаты в готэмские озера, вследствие чего вся рыба в городе приобретает его великолепную улыбку. Но когда сумасшедший пытается зарегистрировать патент на «смеющихся рыб», на его пути возникают неожиданные препятствия.

Когда Джокер бросает Харли, та идёт своим путём, объединившись с Ядовитым Плющом. Они становятся Королевами криминального Готэма к ярости Джокера.

Почти случайно Пингвин выходит на след мастерской, которую Тёмный Мститель использует для починки Бэтмобиля. Он берёт в заложницы дочь Эрла Купера, личного механика Бэтмена, и заставляет его превратить машину Летучей Мыши в смертельную ловушку…

По Готэму распространяется новость, что Бэтмен погиб. После взрыва от него остались только плащ и маска. И убил Тёмного Рыцаря мелкий воришка Сидней Дебри по прозвищу Сид Кальмар, привлёкший этим внимание бандитов и крупных криминальных боссов.

Дающая гастроли в Готэме фокусница Затанна оказывается под арестом, когда, во время исполнения одного из её номеров, бесследно исчезает огромная сумма денег. Бэтмен не может не прийти на помощь Затанне, так как много лет назад учился искусству побега из ловушек у её отца, знаменитого Джованни Затары.

Во время борьбы с гангстерами на строительной площадке Бэтмен и Робин узнают имя их босса: Билли Мэрин. Однако это псевдоним рэкетира Тони Зукко, человека, который убил родителей Дика Грейсона.

В поисках возможности придать оригинальность своей очередной вечеринке для готэмской знати, миллионерша Вероника Вриланд решает пригласить выпущенного из тюрьмы Пингвина — в качестве развлечения для публики. Злодей становится доволен, получив наконец внимание и уважение, которых он давно ждал, и с ходу влюбляется в Веронику.

Наказание преступников почти дошло до самосуда, но Бэтмен смог помешать этому. Робин понимает, что есть разница между правосудием и местью. Зукко арестовывают.

Пингвин крадёт новейший боевой вертолёт и ослепляет Бэтмена. Городским властям предъявлен ультиматум о выдаче 100 000 000 долларов.

Кьодай Кен похищает Каири, дочь Ёри Сэнсея, обучавшего его и Брюса Уэйна боевым искусствам.

Преследуя невидимого преступника, Бэтмен вспоминает об одной из разработок его компании, связанной с созданием иллюзии невидимости. След приводит его к ассистенту учёного, занимавшегося разработкой, — недавно вышедшему на свободу Ллойду Вентриксу. Тем временем невидимый Вентрикс пытается похитить собственную дочь.

Вскоре после загадочного похищения Робина Брюс обнаруживает в Бэтпещере Ра’с аль Гула, главу Общества Теней, который заявляет, что его дочь захвачена теми же людьми. Вместе они отправляются в путешествие по земному шару.

Спасшись из ловушки Ра’са, Бэтмен и Робин разыскивают его базу с целью встать на пути его планов по уничтожению большей части человечества.

Готэм захлёстывает волна отлично спланированных ограблений. Выйдя на след новой банды, Бэтмен узнает, что ей командует чревовещатель с раздвоением личности, одна из которых считает себя боссом.

Считая себя реинкарнацией Зевса, магнат судоперевозок Макси Зевс крадёт экспериментальную электронную пушку. Установив её в своём дворце, он решает напомнить простым смертным о своей силе