Japan ist nach der großen Katastrophe zusammengebrochen. Kiruko wird gebeten, einen Jungen namens Maru an einen Ort namens Himmel zu bringen. Derweil leben Kinder hinter den Mauern einer Akademie in einer üppigen Grünanlage. Tokio beginnt nach einer Nachricht, an der Welt um ihn herum zu zweifeln.

Maru und Kiruko dösen in einem seltsamen Gasthaus ein. Als sie aufwachen, sehen sie im schwachen Licht des Mondes etwas Ungeheuerliches. In der Akademie wird Tokio immer misstrauischer gegenüber der Welt um ihn herum. Währenddessen erhält Shiro eine unerwartete Nachricht.

Vor fünf Jahren lebten Robin, Haruki und dessen Schwester, die Rennfahrerin Kiriko, glücklich in einem Waisenhaus in Asakusa. Während eines Elektrokart-Rennens versucht etwas Schreckliches, die Veranstaltung zu stören, und Haruki sieht sich mit einer verheerenden Situation konfrontiert.

Tokio wird zu einigen bizarr aussehenden Babys gebracht, und ihm wird klar, wie wenig er von seiner Umgebung versteht. Auf einem Boot, von dem es kein Entkommen gibt, werden Maru und Kiruko Opfer eines schrecklichen Angriffs. Als alles scheitert, ist es an Kiruko, eine neue Strategie zu entwickeln.

Maru und Kiruko kehren nach Tokio zurück und finden ein Viertel voller Zelte vor. Als Maru in eine Spielhalle geht, muss Kiruko Informationen sammeln und hört ein beängstigendes Gerücht. In der Akademie verschlechtert sich Taraos Zustand, und Dr. Sawatari entdeckt einen mysteriösen Fußabdruck.

Maru und Kiruko suchen den Unsterblichen Orden. Unterwegs übernachten sie in einem Hotel, das von einem Mädchen namens Totori geleitet wird. Als sie ihre Taschen abladen und nach sauberem Trinkwasser suchen, begegnen sie einem schwer verletzten Mann. Derweil taucht jemand Unerwartetes vor Tokio auf.

Maru und Kiruko glauben, den Arzt und den Unsterblichen Orden gefunden zu haben. Es handelt sich jedoch um eine feindliche Organisation, die die Behandlung, die der Unsterbliche Orden anbietet, strikt ablehnt. Kiruko und Maru nehmen ein Jobangebot an, aber Kiruko verliert langsam die Geduld.

Maru und Kiruko entdecken, dass Dr. Usami einen Knopf mit dem gleichen Muster wie das Logo auf dem Kiru-Strahl hatte. Sie beschließen, der Spur zu folgen, und treffen dabei auf einen geheimnisvollen Informanten. Währenddessen wird in der Akademie eine Krisensitzung abgehalten.

Maru und Kiruko machen sich auf den Weg zur Ibaraki-Einrichtung der Takahara-Akademie. Da es auf dem Weg liegt, erklären sie sich bereit, Juichi dabei zu helfen, herauszufinden, ob sein Baby noch am Leben ist. Als sie in der Ummauerten Stadt ankommen, ist die Situation eine ganz andere als erwartet.

Maru und Kiruko machen sich mit Juichis Auto auf den Weg zur Ibaraki-Einrichtung. Derweil trifft eine Gruppe neuer Fünftklässler in der Akademie ein. Mimihime hat den Eindruck, ein Kind namens Ohma wäre einsam und versuche, Freunde zu finden. Es gibt jedoch einen Grund für Ohmas Distanziertheit.

Maru und Kiruko erreichen eine wohlhabende Stadt, in der Gerüchten zufolge das Wiederaufbauamt das Sagen haben soll. Derweil wird die Akademie überraschend angegriffen, und die schutzsuchenden Kinder finden ein Loch in der Wand.

Mimihime, Shiro, Anzu und Taka gelangen durch ein Loch in der Wand in die Außenwelt, wo sie hoffen, eine Antwort auf den Test ihres Lehrers zu finden. Derweil bricht Kiruko in Tränen aus, als Robin etwas Schreckliches tut.