日常的に怪獣の脅威にさらされる日本。怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を目指していた日比野カフカは、夢をあきらめ怪獣専門清掃業で働いていた。防衛隊第3部隊隊長として活躍する幼馴染･亜白ミナとの、ともに怪獣と戦うという約束を想いやるせなさを感じる日々の中、カフカは、防衛隊員を志す後輩・市川レノと出会う。

謎の小型怪獣に寄生され自身も怪獣に変身してしまったカフカは、防衛隊に討伐されることを恐れ、レノと共に病院から逃走。その時、怪獣に襲われる親子を発見する。危険を顧みず怪獣に立ち向かうカフカは、渾身の力を込めて拳を振るう。

「怪獣８号」として追われる身となったカフカだが、レノの協力で正体を隠し、防衛隊員選抜の二次試験に挑む。会場で出会った高飛車な少女・四ノ宮キコルには大口を叩いたものの、体力審査では周囲についていけず散々な結果に。続く最終審査で巻き返そうと意気込むカフカだが、その内容はまさかの“怪獣討伐”だった！

試験早々に実力差を見せつけられたカフカはレノの助けもあり再び立ち上がるが、キコルの活躍により最終審査は瞬く間に終了。受験生たちは、キコルのすさまじい戦闘力に圧倒されるのみだった。そんな中、突如試験会場内に謎の怪獣が出現。不測の事態に、会場は混乱に陥る。

防衛隊の隊員任命式が行われるがカフカの姿はなく、表情が晴れないキコル。そこに遅れてカフカが現れた。試験には落ちたものの、第3部隊副隊長・保科の推薦で部隊の候補生となったのだった。カフカの入隊に活気づく仲間たち。しかし保科にはある思惑があった。

相模原に怪獣が発生！新人隊員たちは初任務として、部隊後方での余獣の討伐を課せられる。「３ヵ月以内に活躍を見せなければクビ」と宣告されたカフカは気負いつつも、夢だった仕事に興奮を隠せない。そんなカフカに触発され張り切るレノ。そしてついに作戦が始まった！

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