סידני מתחילה לתהות האם יחסיה האישיים והמקצועיים עם האיש שהכירה בשם "מייקל ווהן" היו שקר אחד גדול, לאחר שהיא מגלה שהוא נחקר בחשד שהוא סוכן כפול.

סידני חוברת לרנה, פושעת נמלטת המבוקשת ע"י ה-סי-איי-איי, במטרה לאתר רוצח מסוכן לפני שירצח שוב. ג'ק נעזר בשירותי סוכן חדש בשם תומס גרייס.

סידני נאלצת לצאת למשימה עם תומס גרייס והשניים מגלים שלרייצ'ל גיבסון, מרגלת החשודה בפעילות נגד ארה"ב, יש משהו במשותף עם סידני.

בזמן שסלואן ממתין לגזר-הדין במשפטו, חייה של סידני עומדים בסכנת-נפשות כשגורדון דין מגלה שרייצ'ל עדיין חיה.

סיד וטום יוצאים בעקבות כימיקל רב עוצמה שרנה גנבה, ומוצאים עצמם תחת מצור של חבורת שכירי חרב המעוניינים בו. סלואן ממשיך בנסיונותיו לחזור לשורות ה-איי-פי-או ולמצוא תרופה עבור נדיה.

סידני והיחידה מנסים לגלות עבור מי גורדון דין עובד ומה מטרתם. בינתיים, סלואן מנהל מאבקי מוחות עם קבוצה שטוענת שהיא מחזיקה בתרופה עבור נאדיה.

רייצ'ל וסידני נאלצות לשתף פעולה עם ג'וליאן סארק כדי למנוע מפצצת מיקרו-פולס קטלנית ליפול לידיו של שכיר-חרב מסוכן.

סידני משתפת פעולה עם ווהן לאחר שהיא נחטפת ומוחזקת במצב היפנוטי. מה שסידני לא יודעת זה שהחוטף/ת הוא/היא פרצוף מוכר עם עניין לא ברור בתינוק שטרם נולד.

יחידת ה-איי-פי-או מוצאת עצמה לכודה במשרדי ה-סי-איי-איי, עד שווייס מציל אותה. למרות זאת, וייס לא חוזר לשורות ה-איי-פי-או, אלא רק מסייע להם במשימתם להשיג מידע בנוגע לסידני.

מעשיו של טום מעוררים חשד שיש לו מניע נסתר. אירינה דרבקו חוברת במפתיע לג'ק. סידני, הנמצאת בהיריון מתקדם, יוצאת למשימה חשאית כשנאמנותה עדיין מוטלת בספק.

חודש לאחר לידת התינוקת, סידני לוקחת חופש מהעבודה. וויל הוא מה שמחזיר אותה לשטח בזמן שהיא נמצאת בחופשת לידה. האויבים מבינים שהדרך הכי טובה לפגוע בסידני היא דרך חבריה. אנה אספינוזה גם היא חוזרת לתמונה.

סלואן נחרד לגלות שהמרפא ש-"פרופט פייב" מכינים לנאדיה עלול גם לגרום למותה. בינתיים, דוולין חוזר, והחיפוש אחר אנה אספינוזה נמשך.

סידני מוכרחה להקדים את האויבת המושבעת שלה, אנה אספינוזה, כאשר מתגלה הקשר בין שבב מסתורי שהיה מושתל בגופה של רנה לבין ווהן. בינתיים, סלואן נאבק עם חזיונות.

סידני מוכרחה להישאר תחת מעטה חשאי וחוברת לסארק במטרה לגלות את הרמז הסופי של רמבלדי, לפני ש-'פרופיט 5' יגלו אותו. ווהן פוגש לראשונה את בתו, איזבל. רייצ'ל חושפת את סודו של טום.

סלואן לוקח את מרשל ורייצ'ל כבני ערובה, במטרה לגלות רמז חיוני הנוגע לתכניתו של רמבלדי. במקביל, סידני, ווהן וה-איי-פי-או יוצאים למירוץ נגד הזמן כדי לעצור בעדו.

בחלק השני והאחרון, סידני וג'ק מוכרחים למצוא דרך למנוע מסלואן ואירינה להפעיל את תכניתם הקטלנית. הפרק האחרון לסדרה.