Sydney odjíždí do Argentiny za agentkou Nadiou, která odešla ze služby. Nadia je Sloanova dcera a zároveň nevlastní sestra Sydney. Sydney ji ale nedokáže přesvědčit, aby se vrátila do služby. Získá tam však informaci, že zločinec Vadik je pravou rukou teroristy Tamazakiho, což potřebuje pro svou další akci.

Sloane předloží svůj plán jak Tamazakiho dostat. Agenti ukradnou z jednoho londýnského muzea samurajský meč, po kterém terorista již dlouhou dobu touží, a nabídnou mu ho ke koupi. Terorista zareaguje a Sydney se vydává na místo schůzky. Tomazaki však Sydney unese a mučí ji, aby z ní dostal patřičné informace.

Naštěstí Nadine Sydney zachrání. Pak dojde k souboji mezi Tomazakim a Sydney, v němž je Tomazaki probodnut samurajským mečem. Než však zemře, sdělí Sydney, že měl na přání Iriny Derevkové (matka Sydney a Nadine) Sydney zabít. Syd konečně pochopí, že když otec zabil její matku, udělal to proto, aby ji ochránil.

Deel twee van de openingsaflevering van seizoen vier. Sydney, Vaughn, Jack en Dixon zijn verbaasd als CIA-directeur Hayden Chase hun nieuwe baas wordt. Een mogelijke verzoening tussen Sydney en Vaughn staat op losse schroeven en Sydney hoort een vreselijk geheim over Jake dat hun relatie kapot kan maken. Ondanks Sydneys bezwaren moet ze van haar nieuwe baas samen met Jack achter een moderne samoerai aan.

Sydney unwillingly teams up with her father to hunt down a modern-day samurai. Meanwhile, Nadia doesn't want to go back to the spy business, but is forced to when Sydney's life is jeopardized. Sydney finds out the reason behind Jack's misdeed and Nadia makes an unsettling promise.

Après un douloureux face à face avec son père, Sydney confie à Vaughn ce qu'elle a découvert dans le coffre à Wittenberg grâce aux indications données par Lauren ... Nadia apprend à Sydney que le meilleur moyen de trouver Vadik est de passer par Tamazaki, son bras droit. Sachant que celui-ci a tenté, 5 ans auparavant, de dérober un sabre au musée de Londres, l'équipe de APO décide de voler le sabre pour avoir une bonne raison d'entrer en contact avec Tamazaki. Pour les aider à pénétrer dans l'un des musées les mieux gardés au monde, ils font appel aux services du brillant Marshall ...

Nur widerwillig arbeitet Sydney mit ihrem Vater Jack zusammen. Doch dies ist die einzige Möglichkeit, um den modernen Samurai Kazu Tamazaki zu fassen. Währenddessen will Nadia ihren Job als Spionin endgültig aufgeben. Da wird Sydney von Tamazaki gefangen genommen und schwebt in Lebensgefahr. Nadia bleibt nichts anderes übrig, als ihre Entscheidung noch einmal zu überdenken.

דני, ווהן, ג'ק ודיקסון מקבלים בוס חדש. ווהן וסידני תוהים האם הם יצליחו להתפייס. סידני לומדת סוד נורא על אביה. נדיה לא מתלהבת לחזור לעולם הריגול.

Miután Vaughn hamis anyagot adott el a vonaton Vadik emberének, megindul a hajsza a bűnöző elfogásáért. Sloane lánya, Nadia, egykor beépült Vadik környezetébe. Sydney tőle kér segítséget. A vonaton elfogott testőr vallomása szerint Vadik nem létezik, a cserét lebonyolító Tamazaki maga Vadik. Sydney megöli Tamazakit, de mielőtt a férfi meghal, bevallja, hogy Irina Derevko felbérelte, ölje meg a lányát.

Nonostante l'opposizione di Sydney, Sloane manda la ragazza e suo padre in missione per fermare una sorta di moderno samurai. Nadia è riluttante sul fatto di accettare o meno di tornare nei servizi segreti. Syd rivela a Vaughn di aver scoperto che Jack ha fatto uccidere Irina.

시드니는 비텐베르크에서 잭에 대해 알게 된 사실을 본에게 털어놓는다.

Pero el mayor problema de Sydney es hacer frente a los sentimientos de rencor que guarda a su padre. En los papeles que encontró en Wittemberg, se detallaba mucha información sobre su madre, Irina Derevko, y al final del informe se adjuntaba una petición formal de Jack Bristow para eliminarla dado el peligro que suponía para la seguridad. El permiso fue aprobado y el propio Jack fue el encargado de asesinar a la madre de Sydney.

Problemas personales al margen, la SPA tiene que intervenir en una nueva organización terrorista que planea un inminente ataque importante. Para ello, cuentan con una nueva incorporación a la SPA: Marshall, bastante aburrido e intimidado ahora que está casi solo junto a Weiss en la CIA.

En la búsqueda de los líderes de esa nueva organización terrorista, Sydney se cruza con Kazu Tamazaki, un peligroso oriental que se considera a sí mismo un samurai moderno y que estaba relacionado con el antiguo amor de Nadia.

Cuando este captura a Sydney y amenaza con matarla debido a un contrato que ha de cumplir, Nadia entra de nuevo en el juego del espionaje para salvar a su hermana. Momentos antes de morir, Tamazaki confiesa a Sydney el nombre de la persona que le contrató para matarla: Irina Derevko.

Confusa, Sydney habla con Jack y este le cuenta que eliminó a Irina para poder librar a Syd de este peligro. Pero no todo es lo que parece cuando Sloane, ya a solas con Jack, le pregunta si "le ha contado toda la verdad".

Con APO ya en marcha, Sloane anuncia una nueva incorporación oficial al grupo: Nadia, que ha reconsiderado su opinión y regresa al mundo de la inteligencia.