Suite à une mission déplorable à Shanghaï, Sydney est accusée d'avoir violé le protocole à plusieurs reprises. Son supérieur, la directrice Chase, estime que le comportement de la jeune espionne met en péril la CIA. Elle décide alors de la transférer en Virginie au service du courrier ... Weiss rend visite à Vaughn. Ce dernier n'est plus en service depuis qu'il a mis le feu à sa maison pour faire table rase sur les terribles événements de l'année écoulée et son mariage foireux avec Lauren ...

Après un douloureux face à face avec son père, Sydney confie à Vaughn ce qu'elle a découvert dans le coffre à Wittenberg grâce aux indications données par Lauren ... Nadia apprend à Sydney que le meilleur moyen de trouver Vadik est de passer par Tamazaki, son bras droit. Sachant que celui-ci a tenté, 5 ans auparavant, de dérober un sabre au musée de Londres, l'équipe de APO décide de voler le sabre pour avoir une bonne raison d'entrer en contact avec Tamazaki. Pour les aider à pénétrer dans l'un des musées les mieux gardés au monde, ils font appel aux services du brillant Marshall ...

L'équipe de APO a pour mission de récupérer le valta, un ordinateur à la pointe de la technologie qui a été dérobé il y a 10 jours alors qu'il était transféré aux quartiers généraux de la NSA. Un tel outil, qui devrait révolutionner la collecte d'informations depuis les réseaux de satellites, serait un véritable désastre dans de mauvaises mains. Sydney et ses amis doivent retrouver le Valta avant qu'il soit livré aux Badenliga, un nouveau réseau terroriste d'Allemagne ... Récemment intégrée à l'équipe, Nadia ne partira pas sur le terrain avec ses collègues. En effet, Jack Bristow a suggéré de lui faire passer une série de tests psychologiques afin de voir comment elle réagit à une situation de fort stress ...

Derek Modell est entré en contact avec la CIA pour leur vendre un nouvel agent biologique appelée Cryo 5 qu'il a volé à un trafiquant d'armes du Monténégro. Mais l'échange ne se déroule pas comme prévu. Sydney infiltre alors un hôpital du Monténégro où Modell y travaillait en tant que secouriste pour mettre la main sur un échantillon viable de Cryo 5 ... Vaughn est troublé car il semble voir Lauren partout. Et Nadia s'interroge en découvrant une photo montrant sa mère en train de tenir un bébé autre que Sydney ...

Une arme électromagnétique capable d'altérer les circuits électriques dans un rayon de 15 km a été volée dans un entrepôt en Russie. Le voleur, Yuri Kurelko, un ancien du KGB, fait partie d'un groupe extrémiste connu sous le nom de October Contingent. Sydney et Vaughn sont envoyés en mission pour infiltrer le groupe afin de connaître leurs intentions et de récupérer cette arme électromagnétique susceptible de causer d'immenses pertes dans une ville en neutralisant tous les systèmes électriques et informatiques ...

Nancy Cahill, agent infiltrée depuis 3 ans en tant que professeur à l'université d'Amsterdam, se tire une balle devant l'une de ses étudiantes. Sydney se rend aux Pays-Bas pour retrouver le mari. Elle tombe sur un homme qui vit enfermé depuis des semaines et semble atteint de paranoïa. D'après les analyses, le couple, spécialisé dans le développement de nouvelles molécules, est entré en contact avec une drogue qui affecte le système nerveux et peut provoquer des comportements inhabituels menant jusqu'à des actes d'une grande violence. Sydney, mordue par Jason Cahill, serait-elle infectée ?

Sydney est très contrariée lorsqu'en rentrant de mission, elle trouve Sloane chez elle en train de dicuter avec Nadia ... Une fiole de thorine noire, un explosif très puissant, a été volée en Russie. Une piste amène l'APO sur les traces de Boris Tambor, un magnat du pétrole russe. Sydney et sa soeur font équipe pour cette délicate mission ...

Ancienne agent du K-Directorate, Anna Espinosa refait surface. APO a intercepté une communication révélant qu'elle doit retrouver un contact à Bruxelles. Alors que Sydney s'apprête à partir pour la Belgique pour l'appréhender, Anna kidnappe Nadia pour obliger sa rivale à suivre ses consignes ...

Grièvement blessée par Anna Espinosa, Nadia est dans un état critique. Les médecins l'ont plongée dans un coma pour lui permettre de retrouver un minimum de ses fonctions métaboliques ... Sark accepte de négocier avec APO à condition d'avoir Sloane pour interlocuteur. Selon lui, le seul moyen de mettre la main sur la bombe est de retrouver Ushek San'ko, le dirigeant du Cadmus Revolutionary Front pour lequel travaille Anna. Mais avant de les mener jusqu'à San'ko, Sark a des exigences ...

Vaughn prend quelques jours pour se rendre au chevet de son oncle souffrant ... Autrefois entre les mains de l'Alliance, l'index Blackwell vient d'être volé à la CIA. Encodée dans un terminal mobile, cette liste rassemblent des renseignements incriminant des chefs de groupes, des membres de gouvernements, et autres criminels ordinaires. Personne n'avait jusqu'à présent pu décoder cette liste. Mais les autorités françaises sont depuis peu, sans le savoir, en possession du décodeur. N'ayant pas le temps de procéder par les voies officielles, Sloane charge Sydney de dérober le mini-disc ...

Un dispositif de ciblage biométrique couplé à un système d'armement a été développé par le réseau d'un certain Korjev. Pendant que Sydney part en mission en Autriche pour mettre la main sur cette arme perfectionnée, Jack Bristow se porte volontaire pour retrouver la trace de Sasha Korjev et le neutraliser ... Vaughn, de son côté, requiert l'aide de Weiss pour trouver des informations pouvant l'amener à en savoir plus sur son père ...

Vaughn met Sydney au courant des découvertes récentes qu'il a faites au sujet de son père ... Parallèlement, APO a pour mission de retrouver un dispositif optique capable d'amplifier une impulsion laser susceptible de causer d'énormes dégâts. L'affaire confronte Nadia à son passé puisqu'un argentin du nom de César Martinez est également sur la piste du verre amplificateur. Nadia et César ont un passé commun trouble ...

Sydney est à Cuba pour rencontrer un informateur. Celui-ci permet à APO d'accéder à un disque dur contenant des données cruciales sur un attentat de grande ampleur susceptible de causer la mort de nombreux civils. Mais le disque dur libère une bactérie mortelle dans les conduites d'aération des locaux d'APO ... Pendant ce temps, Sydney tombeentre de mauvaises mains ...

Hanté par les récentes découvertes entourant la mort de son père, Vaughn poursuit son enquête sans beaucoup de résultat. Notamment sur la signification de Nightingale ! Malgré le refus de Michael, Sydney demande l'aide de son père pour accéder plus facilement à des informations. Pour cela, elle est obligée de le mettre au courant de la situation. Et Jack s'empresse de prévenir Sloane que Sydney et Vaughn cherchent des renseignements sur Nightingale ...

A la suite de sa dernière mission, Vaughn disparaît avec la bobine de conversion. N'ayant pas confiance en Sloane, il préfère faire cavalier seul et utiliser l'engin pour obtenir des informations sur son père. Il retrouve son contact à Paris ... Nadia rend visite à sa tante, Katya, emprisonnée au centre de détention de Quantico. Celle-ci se sert de sa jeune nièce pour obliger Sydney à lui parler ... Sloane tente de convaincre Sydney de prévenir APO dès qu'elle saura où se trouve Vaughn ...

Une nouvelle organisation terroriste a orchestré un attentat à l'ambassade indonésienne de Copenhague. Il s'agit déjà de leur 4ème attaque. Un agent placé sous couverture dans l'organisation n'ayant plus donné signe de vie, Dixon et Vaughn sont envoyés en mission sur le terrain ... Nadia reçoit la visite surprise de Sophia, celle qui a toujours veillé sur elle lorsqu'elle était enfant. Les deux femmes ne se sont pas revues depuis dix ans ... Et Jack, sous surveillance médicale suite à son exposition aux radiations, tient à ce que ses problèmes de santé restent confidentiels ... jusqu'à l'apparition des premiers symptômes ?

A Vienne, Sydney, Vaughn et Dixon tentent d'intercepter l'hydrosec. Mais l'intervention d'un troisième homme manque de faire échouer la mission. Sophia profite de l'hospitalité de Nadia pour essayer d'obtenir des infos et reprendre l'hydrosec à la CIA ... Sydney s'inquiète de ne pas avoir de nouvelles de son père. En inspectant son appartement, elle comprend que Jack a des ennuis de santé ...

Dans un monastère situé au Mont Inferno, le clone de Arvin Sloane tente de s'emparer de la molécule de l'orchidée de Rambaldi. Cette molécule utilisée pour réguler l'agressivité des abeilles aurait des propriétés chimiques qui renforceraient les sensibilités des récepteurs nerveux. Appliquée sur des humains à l'aide du dispositif de Mueller, les conséquences seraient catastrophiques. APO se lance donc à la recherche du double de Sloane ...

Vaughn fait part à Jack de son intention de demander sa fille en mariage. Mais ils sont interrompus par une fouille officielle dans les locaux d'APO. Suite à plusieurs incidents tracés sur l'ordinateur portable de l'Agent Santos, Chase fait confisquer tous les documents importants et s'apprête à arrêter Nadia. Mais en découvrant un micro émetteur dans le médaillon offert par Sophia à la jeune femme, ils comprennent qu'ils se sont trompés de cible. Bouleversée d'avoir été flouée, Nadia est déterminée à retrouver Sophia ...

Hospitalisé dans un état critique, Dixon confie à Sydney qu'il a vu sa mère retenue prisonnière par Sophia alias Elena Derevko. La jeune femme ne peut croire que sa mère soit en vie. Elle pense plutôt à un piège. Mais Jack semble déterminé à explorer toutes les pistes. L'une des pistes mène vers Lucien Nisard, un ancien du Covenant, identifié comme étant un des associés d'Elena. Quant à Nadia, elle apprend enfin la vérité sur l'assassinat de sa mère ...

La famille Bristow a deux heures pour désactiver le dispositif avant que les frappes aériennes russes ne tentent de le détruire. Sa destruction libèrera des toxines capables de causer de terribles dégâts pour la planète. Ils doivent alors se dépêcher de localiser le dispositif que seule Irina peut désactiver... Associé à Elena, Sloane part diriger l'équipe d'assaut sur le terrain pour empêcher l'équipe d'APO de leur mettre des bâtons dans les roues ...