Na een schokkende ontdekking in de woestijn stemt Sydney in met een experimentele procedure van een excentrieke arts om haar verloren herinneringen terug te halen. Lauren brengt een groot offer om haar alibi geloofwaardig te maken voor Lindsey, nadat ze Sydney heeft bevrijd uit handen van de NSC. Sloane wordt ingesloten door een onwaarschijnlijke vijand die voorgoed wil afrekenen met Sydney Bristow.

After making a shocking discovery in the desert, Sydney agrees to submit to an experimental procedure conducted by an eccentric doctor, designed to retrieve her lost memories. But while Jack and Vaughn look on, Sydney's mind proves surprisingly resistant to letting her remember her missing time -- and the process of recovering it could end up killing her. Meanwhile, Lauren makes a great sacrifice in order to make her alibi believable to Lindsey after breaking Sydney out of NSC custody, and Sloane finds himself boxed in by an unlikely enemy -- one who wants to see Sydney Bristow eliminated permanently

Sydney, toujours entre les mains de Lindsay, leur livre sous la torture de fausses informations puis l'équipe réunie par Jack réussit son extraction juste avant l'opération fatale ... Maintenant fugitive, Sydney part avec son père sur le lieu des coordonnées décodées. Ils y découvrent une main humaine avec un symbole deRambaldi dessus ... Pendant ce temps, Dixon est arrêté devant sa famille par le FBI pourobstruction à une enquête fédérale. De plus, une autre piste pourrait permettre à Sydney de retrouver la mémoire avec une thérapie non-chirurgicale développée par le Dr Brezzel ...

Sydney wagt ein gefährliches Experiment, von dem sie hofft, ihr Gedächtnis endlich wiederzubekommen. Während der Prozedur, die Jack und Vaughn genau beobachten, wird klar, dass sich Sydneys Unterbewusstsein massiv dagegen sträubt. Währenddessen engagiert Lindsey einen Schläger, der sich Sloane vornehmen soll.

לאחר חילוצה של סידני מהכלא, היא מגיעה אל מדען המצליח לעורר בה זכרונות נשכחים המזעזעים אותה, ומסתבר שלא ייתכן שסידני רצחה את לזרה. לינדסי מבקשת מסלואן לרצוח את סידני.

Juntos en el refugio, Jack, Sloane, Vaughn, Lauren y Sydney elaboran un plan para culpar a la Coalición del rescate de Sydney. Mientras, con los datos obtenidos, Jack y Sydney viajan al desierto para desenterrar una caja, cuyo contenido es una mano con el símbolo de Rambaldi y en estado de descomposición. Los Bristow deciden enviar la mano a Marshall para que pueda identificar a su dueño.

Lauren será una pieza clave en el plan del falso rescate, ya que habrá que fingir que ella misma ha sido secuestrada, torturada y posteriormente liberada. Lindsley no se termina de creer del todo la farsa, pero Lauren consigue más tiempo para el grupo.

El tiempo lo invierten en visitar al doctor Brezzel, un excéntrico neurólogo que puede ayudar a Sydney a recuperar su memoria perdida a través de cócteles de drogas, una terapia muy peligrosa para la agente, pero parece que es el método menos agresivo para su cerebro. Ninguno de los tres confía en Brezzel tras ver su comportamiento, pero saben que no hay alternativa.

Sydney consigue entrar en el sueño y hacerse consciente dentro de él, reconstruyendo con partes de su memoria y de su imaginación pasajes que parecen ser más alegóricos que reales, incluyendo una pelea a muerte con Lauren. También ve a Lazarey y es ella, pero en la fiesta de su séptimo cumpleaños, quien le corta la mano. Además, en su estado onírico se repiten dos palabras: St. Aidan.

Marshall no consigue indentificar al dueño de la mano pero dice que su mutilación fue hace cuatro meses. Tras el sueño, Jack está convencido de que se trata de Lazarey y de que su muerte, la que vieron en el vídeo, fue sólo un montaje. Eso significaría que Sydney es inocente de demostrarse que Lazarey estaba vivo al menos hasta hace cuatro meses. Marshall comprueba el ADN y constata que, efectivamente, la mano pertenecía a Lazarey.

Lindsey se reúne con Sloane y le propone un intercambio de información sobre Rambaldi a cambio de que elimine a Sydney cuando se produzca el canje del objeto de Rambaldi que sustrajeron de las instalaciones de la NSC. Pobre Lindsey, jugando con Sloane:)

Sydney, de nuevo inducida por las drogas, está soñando de nuevo, esta vez con la intención de entrar en la habitación 47, cuyo intento anterior fue frustrado. Tras pasar por una serie de visiones extrañas con gente familiar en su vida, finalmente vuelve a la zona de la habitación y pelea de nuevo con Lauren, que se acaba transformando en la propia Sydney. La Sydney oscura cae en la pelea frente a nuestra Syd y finalmente abre la puerta 47...

Sydney accetta di sottoporsi ad una terapia sperimentale condotta da un eccentrico dottore. Ma la mente di Sydney si dimostra molto resistente alle sollecitazioni. Lindsey fa un accordo con Sloane: il suo silenzio in cambio della morte di Sydney Brystow.

팀은 커버넌트가 시드니를 구출한 것처럼 꾸미기 위한 계획을 세운다.

Sloane és Lauren segítségével Jack és Vaughn megszöktetik Sydneyt. Hogy Lindsay gyanakvását eloszlassák, mindenféle álbizonyítékot gyártanak arra nézve, hogy éppen hol jártak. Lauren, hogy hiteles legyen a beszámolója, azt kéri Sydneytől, hogy üsse meg. Sydneynek nem esik nehezére a dolog. Sloane azt találja ki, hogy a Társaság nevében Sydney-ért cserébe kérjék el a Rambaldi szerkezetet. Sloane tanácsára Sydney felkeres egy tudóst, aki egy saját fejlesztésű eljárással képes visszahozni az emlékeit.

Sloane ví o vědci, který umí obnovit paměť. Sydney se k němu vydá, ale její vzpomínky jsou zmatené, Lauren se ji pokouší zabít, Sydney neví, co je pravda a co se jí jen zdálo. Jack s Vaugnem vyšlou Lauren k Lindseyovi a ta mu řekne, že Dohoda je ochotna Sydney vyměnit za Rambaldiho přístroj. Lindsey ale žádá Sloana, aby mu při výměně pomohl Sydney zabít.