V Mnichově byli uneseni dva agenti CIA, kteří pracovali jako rezidenti v letecko-kosmonautické firmě. K jejich únosu se přihlásila nejmenovaná organizace. Vyzvala CIA, aby si seznam jejich požadavků vyzvedla v obskurním mnichovském kině. CIA se domnívá, že únos provedla dosud málo známá skupina ruských nacionalistů, zvaná Dohoda. Sydney odjíždí na vlastní žádost do Mnichova a na určeném místě najde krabici s hlavou jednoho z agentů a požadavky únosců. Dohoda chce vyměnit druhého agenta CIA Rottera za Sarka, který je už dlouho v americkém vězení. Lindsey odlétá provést výměnu do Mexika.

Sydney is op zoek naar de waarheid over haar twee gemiste jaren en confronteert Sark, die wordt vastgehouden door de CIA. Maar als een nieuwe terroristische organisatie, het Convenant, Sark wil ruilen voor twee wetenschappers die zij hebben ontvoerd, moet Sydney tegen haar wil aan een gevangenenruil deelnemen. Daarbij ontdekt ze een verband met haar verloren tijd. Ondertussen confronteert Jack Sloane over diens mogelijke rol bij zijn dochters verdwijning.

Sydney's search for her past leads to a jailed Sark, but their Q&A is cut short when he becomes the ransom for a pair of abducted CIA scientists, whose kidnappers may be tied to the murder of his father. Jack contacts an old friend of sorts for info on Sloane's new world-peace project, and Vaughn makes a decision about his future as an operative.

Après avoir visionné une vidéo sur laquelle on la voit tuer un diplôme russe, Sydney est plus que jamais décidée à élucider le mystère qui plane sur ces deux années de sa vie. Elle se replonge immédiatement dans le travail et apprend que la Convention, une bande de nationalistes russes anciennement membres du KGB, réclame la libération de Sark contre un de leurs agents...Vaughn avoue à Sydney qu'après sa prétendue mort, il était tellement désespéré qu'il a failli mettre fin à ses jours... Jack soupçonne Sloane d'être lié à la disparition de Sydney et pense que les infos qu'il donne pour démanteler des cellules terroristes ne sont qu'une façade ...

Sydneys Suche nach ihrer Vergangenheit führt sie zu Sark, der mittlerweile im Gefängnis sitzt. Währenddessen versucht Jack etwas über Sloanes neues Projekt herauszufinden. Vaughn trifft eine weit reichende Entscheidung über seine Zukunft bei der CIA.

ארגון האמנה מצליח לשחרר את סארק מידי ה-סי-איי-איי. מתברר שסארק הוא בנו של דיפלומט שסידני חיסלה, שירש הון עתק אותו הוא מעביר לאמנה. ווהן חוזר לעבוד ב-סי-איי-איי. סידני פוגשת את אישתו של ווהן.

Amint Sydney apja kiszabadul, egy rejtett kamerás felvételt mutat a lánynak, melyen Sydney meggyilkol egy férfit. Jack megígéri, hogy a felvétel nem kerül a CIA kezébe. A Társaság nevű szervezet elrabolja a CIA két emberét Németországban. Egyiküket megölik, a másikat Sarkra akarják kicserélni. A túszcsere a Sonora sivatagban zajlik, de balul üt ki, és a Társaság magával viszi Sarkot és a CIA emberét is. Sydney feladata, hogy kiszabadítsa a túszt.

Syd va ad abitare in un appartamento vicino a quello di Weiss e decide di non rivelare quanto ha scoperto sul suo conto. Dixon le consiglia di entrare in terapia. A Monaco, Brystow recupera un pacco contenente la testa di un agente CIA. La Convenzione vuole scambiare un prigioniero con Sark. Vaughn torna all'agenzia.

잭은 슬론이 시드니의 실종에 책임이 있다고 생각한다.

Weiss y Sydney están en la nueva casa de esta, abriendo cajas y poniéndolo todo en orden. Sydney se lamenta de que Will y Francie, sus mejores amigos, hayan desaparecido del mapa pero Weiss le asegura que no está sola y que sí le quedan amigos. Amigos como él. Weiss le cuenta cómo Vaughn conoció a Lauren, su mujer, y como esta le ayudó de nuevo a ser feliz.

Mientras, un par de científicos en la nómina de la CIA son secuestrados por la Coalición. El grupo terrorista pide la liberación de Sark como rescate para que puedan ejecutarlo, según les ha contado Sloane. Lindsey está dispuesto a entregarlo, a pesar de las reservas de Sydney.

Dixon le dice a Sydney que hay una terapia especial para agentes en su mismo caso (que parece ser muchos) y ella le dice que quizá acuda, pero aún está aturdida por el paso del tiempo, cuyo agujero de dos años está investigando junto a su padre.

En Zúrich, Jack visita a Sloane y este le dice que realmente es una persona cambiada después de que la máquina de Rambaldi, una vez ensamblada, diera una sola respuesta, una palabra: paz. Para ganarse aún más la confianza de Jack, Sloane le ofrece un disco con toda la información que ha reunido sobre la desaparición de Sydney. Jack lo coge y se marcha de la oficina.

En el desierto, Sark y Sydney están listos para el intercambio, pero el NSC se interpone, creando confusión, que permite a Sark escapar con la Coalición y dejando a la CIA sin los científicos. De vuelta en Los Angeles, Sydney y Lindsey tienen una fuerte discusión a este respecto.

La Coalición habla con Sark y le exigen que les dé una gran suma de dinero del que Sark dispone para financiar sus operaciones y hacerle parte de sus dirigentes. Sark no sabe de qué dinero están hablando así que le explican que es el hijo de un diplomático ruso muy rico y fallecido hace meses, lo cual le convierte en su único heredero. El diplomático es Lazarey, la persona que Sydney asesinó, aunque nadie sabe esta cuestión aún.

Sydney comenta a Jack que estos datos son demasiado precisos para ser casuales, así que la Coalición quizá esté detrás del asesinato de Lazarey y de la desaparición de Sydney durante dos años. Ambos estarán atentos a los movimientos de la Coalición y buscarán información sobre Lazarey.

De nuevo en misión, Sydney acude a una discoteca para contactar con un traficante de drogas, lo cual les permitirá un acceso al científico secuestrado. Sydney accede a un sótano donde un doctor está torturando al científico y le dispara en defensa propia. Cuando este está muriendo, le susurra que sabía que al final ella le mataría, cumpliendo su palabra. Claramente, este científico sabe algo de Sydney y de su desaparición pero muere al instante y a Syd se le escapa esta importante pista.

Entre este fracaso y una infructuosa reunión con su grupo de terapia, Sydney va a ver a Dixon y se derrumba en su despacho, diciendo que todo esto es mucho para ella y que, además, quizá sienta algo aún por Vaughn. Dixon se muestra comprensivo, pero ha de interrumpirla para presentarle a una tercera persona que estaba en la habitación y en la que Sydney no había reparado. La mujer se presenta como Lauren Reed, agregada del NSC. Pero Lauren resulta ser también la esposa de Michael Vaughn.