Amikor Sydney magához tér, rájön, hogy két év kiesett az életéből. Semmire sem emlékszik. Megdöbbenten hallja, hogy szerelme, Vaugh megnősült, és hogy apja börtönben van, mivel felvette a kapcsolatot anyjával, hogy őt felkutassák. Dixon, aki időközben főnök lett, beveszi a csapatba. Sydney mindent elkövet, hogy apját kiszabadítsa, ezért olyan információkat szerez, melyekért cserébe visszaadják az apja szabadságát.

Amint Sydney apja kiszabadul, egy rejtett kamerás felvételt mutat a lánynak, melyen Sydney meggyilkol egy férfit. Jack megígéri, hogy a felvétel nem kerül a CIA kezébe. A Társaság nevű szervezet elrabolja a CIA két emberét Németországban. Egyiküket megölik, a másikat Sarkra akarják kicserélni. A túszcsere a Sonora sivatagban zajlik, de balul üt ki, és a Társaság magával viszi Sarkot és a CIA emberét is. Sydney feladata, hogy kiszabadítsa a túszt.

Egy moszkvai parkba becsapódik egy azonosítatlan tárgy, amiről az oroszok eleinte azt hiszik, hogy rakéta, így aktiválják a nukleáris válaszcsapás rendszerét. De kiderül, hogy csak egy pályáját tévesztett műhold zuhant le. Az Echelon rögzít egy beszélgetést Sark és Oranszki, egykori orosz ezredes között, melyben a kettes fázis elkezdéséről beszélnek. A felvétel, melyen Sydney megöli Andrian Lazarejt, a Nemzetbiztonság kezébe kerül. Marshall feladata, hogy az elmosódott képet kitisztítva azonosítsa a gyilkost. Jack mindent elkövet, hogy ez ne történjen meg.

Gyilkos vírustenyészetet rabolnak el egy laborból. Az egyik rabló megfertőződik, de mielőtt meghal, egy másik munkáról beszél. Sydney megpróbál beépülni abba a bandába, amiről azt feltételezik, hogy a második munkára készül. Vaugh és Weiss a közelből figyelik az eseményeket. Mindenki legnagyobb meglepetésére az elkövetők egyike ismerősként üdvözli Sydneyt, de Juliának nevezi. Sydney meggyőződése, hogy a memóriájából kitörlődött két év alatt már dolgoztak együtt.

Miután Sydney úgy akadályozta meg, hogy a bűnözők főbe lőjék Vaughn ügynököt, hogy ő maga szúrta le, telefonál a CIA-nak, hogy hol keressék. Vaughn-t kritikus állapotban találják. Sydney bevallja Larennek, hogy ő szúrta le a férjét. Dixon közös bevetésre küldi Laurent és Sydneyt. Lauren megfenyegeti, hogy áthelyezteti, de végül bocsánatot kér a lánytól. Jack felbéreli Simont, hogy tőrbe csalja és kifaggassa Sydney előző két évéről, de Sark lebuktatja, így kénytelen megölni Simont, még mielőtt bármit megtudna.

Dixon Sydneyt bízza meg, hogy Lauren helyett ő tartsa a kapcsolatot Sloane-nal. A döntés hátterében az áll, hogy újra felbukkant a halottnak hitt Allison, Francie hasonmása, aki megölte Sydney barátnőjét. Sydney bedrótozza Sloane-t és egy találkozóra küldi, ahol információkat kell kiszednie Sarkból. Így derül ki számára, hogy a társaság megtiltotta Allisonnak, hogy megölje őt. Sydney mindenáron ki akarja deríteni, mi történt abban a két évben, amire nem tud visszaemlékezni.

Sydney kénytelen elvállalni egy közös akciót Sloane-nal. Bár nem bízik benne, tudja, hogy a férfi is vásárra viszi a bőrét. Sanchezt elfogják Mexikóban. Hogy ne adják ki Kubának, ahol halálbüntetés várna rá, felajánlja, hogy információt szolgáltat egy CIA-s bérgyilkosról. Jack nem tudja megakadályozni, hogy Lauren Mexikóba utazzon. Útonállókat bérel fel, hogy feltartóztassák, ő közben végez Sanchezzel. Sark azonban elárulja Laurennek, hogy Sydney ölte meg az apját, Lazarejt, ő az a bizonyos Julia Thorne. Vaughn segít Sydneynek kijutni az országból.

Az olasz hatóságok az amerikai Nemzetbiztonsági Hivatal kérésére letartóztatják Sydneyt, akit egy titkos amerikai bázisra szállítanak, hogy kiszedjék belőle az emlékeit. Lindsay felmenti Dixont, és átveszi a részleg irányítását. Lauren elkíséri főnökét a vallatásra, de Sydney közelébe sem engedik. Rájön, hogy a lányt kínozzák, ezért felajánlja Vaughnnak, hogy segít megszöktetni. Jack felbérel egy csapatot, és Sloane segítségével kiszabadítja a lányát.

Sloane és Lauren segítségével Jack és Vaughn megszöktetik Sydneyt. Hogy Lindsay gyanakvását eloszlassák, mindenféle álbizonyítékot gyártanak arra nézve, hogy éppen hol jártak. Lauren, hogy hiteles legyen a beszámolója, azt kéri Sydneytől, hogy üsse meg. Sydneynek nem esik nehezére a dolog. Sloane azt találja ki, hogy a Társaság nevében Sydney-ért cserébe kérjék el a Rambaldi szerkezetet. Sloane tanácsára Sydney felkeres egy tudóst, aki egy saját fejlesztésű eljárással képes visszahozni az emlékeit.

Lindsay azzal bízza meg Sloane-t, hogy fogadjon egy bérgyilkost, és a csere pillanatában végérvényesen szabadítsa meg őt Sydneytől. Sloane valóban bérgyilkost fogad, de a célszemély egészen más lesz. Sark is felkeresi a doktort, aki segített Sydneynek visszanyerni az emlékezetét, és megtudja, mire jött rá a lány. Sydney felkeresi a tanúvédelmi program keretében új személyazonosságot kapott Willt, aki segít neki felgöngyölíteni néhány szálat. Sark egy lépéssel előttük jár.

A kocka, melyet Sark kis híján megszerzett Sydney elől, szövetmintát tartalmazott Rambalditól. Sydney ekkor jön rá, hogy a jóslat miatt kiműtötték a petesejtjeit. Kendall egy videófelvételt mutat Sydneyről, amely felvilágosítja a lányt az elmúlt két év történéseiről. A felvételt látva szembesül korábbi önmagával. Megtalálják a Társaság laborját, megsemmisítik a kísérleti anyagokat, és kiszabadítják Lazarejt. Sark megbízást ad az apja meggyilkolására. A bérgyilkos Vaughn felesége, Lauren.

Sydney és Vaughn Észak-Koreába indul, ahol a Társaság egyik embere, aki ki akar szállni a szervezetből, hajlandó információkat adni nekik. A Társaságnak ez nagy érvágás lenne, ezért Laurent utasítják, hogy iktassa ki a férjét és Sydneyt. Vaughn és Sydney gépe lezuhan Észak Korea területén, ahol fogságba esnek. Kivégzőosztag elé kerülnek, ám az utolsó percben megmenekülnek, hála Irina testvérének, aki a segítségért azt kéri cserébe, hogy Jack ölje meg Sloane-t.

A CIA meg akarja szerezni a társaság adatbázisát, ami egy franciaországi borospincében található. Az épületnek védelmi rendszere van. Telepítője szerint kijátszhatatlan. Ám Marshall megtalálja a módját, hogy Sydney és Vaughn kijátszák a savzuhanyt, az automatikus géppuskatüzet, és a többi gyilkos csapdát. Sark eközben szövetkezik Laurennel, és likvidálják a társaság néhány kulcsfontosságú emberét.

Dixon tájékoztatása szerint a Fénylő Kard nevű terrorszervezet plazmatöltethez jutott. Sydney és Vaughn feladata, hogy mindenképp szerezze vissza az óriási pusztításra alkalmas töltetet. Akciójuk során símaszkos alakok támadnak rájuk. - Egyikük Lauren, Vaughn felesége. Ám Lauren, még mielőtt Vaughn előtt lelepleződne, Sark segítségével egérutat nyer. Így Vaughn továbbra sem sejti, hogy neje kettős életet él. Csak annyit tud, hogy valaki kiadja a titkos információikat.

A Sarkot szállító repülőgép nem érkezik meg a reptérre. Sark egy segítője révén ejtőernyővel kiugrik a sivatag fölött. Dixon gyerekeit elrabolják, hogy megzsarolhassák. A Társaság egy Rambaldi műtárgyat akar megkaparintani, és tudják, hogy Dixonnak van hozzáférése. Dixon és Sydney ellopják a műtárgyat és lebonyolítják a cserét.

Dixon csapata valamint a társaság egy kristályba vésett térképet keres. Aki megtalálja, az tudja majd kinyitni a Rambaldi dobozt. Vaughn elmondja Laurennek, hogy el szeretne válni tőle. Lauren érzi, hogy ebből baj lesz. Jack rájön, hogy Lauren lehet a társaság embere. A bizonyítékokat átadja Reed szenátornak. Sark azt javasolja Laurennek, hogy ölje meg a saját apját, így talán Vaughn vele marad még egy ideig. Ráadásul így a halott apjára terelhetné a kémkedés gyanúját.

Miután Lauren képtelen volt megölni az apját, az anyja gondolkodás nélkül megtette. Dixon emberei egy számítógépes vírus kifejlesztőjére vadásznak. Cyphert, az online világ sztárját egy berlini klubban találják meg, de mikor végre a közelébe kerülnek, meggyilkolják. Sydney a pincérnőnek öltözött Laurent véli felfedezni a tömegben. Vaughn képtelenségnek találja Sydney vádjait, ám a lány felkeltette gyanakvását, és Lauren duplafenekű bőröndjében megtalálja a klub pincérnőinek egyenparókáját.

Jack kiderítette ugyan, hogy Sloane egy magas rangú kormányhivatalnokokból álló Bizalom nevű szervezet megbízásából dolgozott, de nem hajlandó segíteni abban, hogy megússza a kivégzést, mivel tudomására jut, hogy Sloane-nak viszonya volt Irinával. Vaughn rájön, hogy Lauren a társaság informátora, és Marshall segítségével hamis információkhoz juttatja a nőt. Sark elrabol Nepálból egy szerzetest. Miközben Sydney ki akarja szabadítani, Conradot halálos lövés éri, de mielőtt meghal, elárulja, hogy a keresett Utazó Sydney testvére, s hollétének titkát egy Rambaldi homokóra rejti.

Sydneyt teljesen lázba hozza, hogy van egy féltestvére, és mindenáron meg akarja keresni. Sloane kivégzésekor senki nem jön rá, hogy a férfi csupán tetszhalott. Jack egy olyan ellenszérumot adott be neki a kivégzés előtt, amely semlegesítette a méreginjekciót. Sydney, Sloane és Jack felkerekednek, hogy megkeressék Sloane lányát, Nadiát, aki Sydney féltestvére. Eközben Sark és Lauren elrabolják Vaughnt, akit megkínoznak, hogy kiszedjék belőle, hol lehet az "Utazó". Sydney kiszabadítja Nadiát egy csecsenföldi munkatáborból, de a lány Sloane-nal együtt eltűnik.

Mivel Sloane magával vitte Nadiát, a CIA kétségbeesettem próbál a nyomukra bukkanni. Sloane szerint amennyiben Nadiába egy bizonyos szérumot fecskendeznek, üzenetet képes közvetíteni Rambalditól. Nadia tönkreteszi az összes szérumot, ezért Sloane megbíz valakit, hogy egy novgorodi bunkerből utánpótlást hozzon. Mire Sydney és Vaughn Novgorodba érkeznek, valaki megelőzi őket. Kátya, Irina testvére segít nekik megszökni. Sydney és Vaughn megszöktetik Nadiát, és biztonságos helyre viszik.

Vaughn mindent alárendel annak, hogy áruló feleségén bosszút álljon. Sikerül elkapnia, és egy raktárba hurcolja, ahol végezni akar vele. Valaki hátulról leszúrja, és kórházba kerül. Mire magához tér, Sydney Olaszországba utazik, a Rambaldi műtárgy állítólagos lelőhelyére. Vaughn kiszökik a kórházból, hogy értesítse a lányt, hogy ne bízzon a nagynénjében, Kátyában, mert ő szúrta le. Vaughn épp jókor érkezik, hogy megmentse Sydney életét azzal, hogy agyonlövi az életére törő Laurent. Halála előtt Lauren egy hétpecsétes titkot árul el Sydneynek.