Sydney Bristowová zjišťuje, že má poslední dva roky života vymazané z paměti...

시드니는 2년 후 도쿄에서 깨어난다.

ווהן מספר לסידני ששרידי גופתה נמצאו לפני שנתיים, אך היא בטוחה שהוא כפיל. סידני מגלה שאביה נשלח לכלא לאחר שיצר קשר עם אמה, ויוצאת להשיג שבב יקר ערך שבעזרתו תפתח במו"מ לשחרורו.

Sydney tries to piece together the last two years of her life and discovers the fates of her friends and family. She confronts Vaughn about his marriage and learns the shocking fates of Jack and Sloane. Meanwhile, she is granted temporary CIA clearance on a case that may help her regain her memory.

Sydney vit un véritable cauchemar. Réveillée en plein coeur de Hong Kong deux ans après la bagarre avec le double de Francie, elle n'a aucun souvenir de ce qui a pu lui arriver depuis. La confrontation avec la réalité lui est des plus pénibles. Elle découvre que tout le monde la croyait morte, que Vaughn est remarié et ne travaille plus pour la CIA, que son père est en prison, que Dixon est le nouveau directeur de l'Agence et... que Sloane serait désormais dans le camp des " gentils " depuis qu'il est parvenu à monter la machine de Rambaldi !

Sydney erwacht in Hong Kong und muss feststellen, dass ihr jegliche Erinnerung an die letzten zwei Jahre fehlt. Sie kehrt nach Los Angeles zurück und macht sich auf die Suche nach ihren Freunden und ihrer Familie. Vaughn hat mittlerweile geheiratet, weil er dachte, Sydney sei tot. Nach und nach findet sie auch schockierende Neuigkeiten über Jack und Sloane heraus.

Dopo aver ricevuto alcune spiegazioni da Vaughn, Syd decide di fuggire, ma viene fermata e portata in ospedale, dove scopre che suo padre è in prigione. Per ottenere la sua scarcerazione, Syd partecipa ad una missione per recuperare un chip. Jack mostra alla figlia un filmato dove lei sta uccidendo un diplomatico russo.

Amikor Sydney magához tér, rájön, hogy két év kiesett az életéből. Semmire sem emlékszik. Megdöbbenten hallja, hogy szerelme, Vaugh megnősült, és hogy apja börtönben van, mivel felvette a kapcsolatot anyjával, hogy őt felkutassák. Dixon, aki időközben főnök lett, beveszi a csapatba. Sydney mindent elkövet, hogy apját kiszabadítsa, ezért olyan információkat szerez, melyekért cserébe visszaadják az apja szabadságát.

Sydney probeert de laatste twee jaar van haar leven in kaart te brengen en komt erachter wat er met haar vrienden en familie is gebeurd. Ze probeert in het reine te komen met een zowel vreemde als angstwekkende werkelijkheid. Voor haar herstel moet ze Vaughn met zijn huwelijk confronteren en leert ze de schokkende feiten over Jack en Sloane. Intussen heeft Sydney tijdelijke inzage van de CIA gekregen in een zaak die haar kan helpen haar geheugen terug te krijgen.

Continuando donde lo dejaron, Michael Vaughn le explica a Sydney Bristow que han pasado dos años y que la han dado por muerta, cuando uno de los cadáveres de su apartamento dio positivo en las pruebas dentales. Sydney hace un rápido movimiento y atrapa a Vaughn, creyendo que es otro doble y que todo es un plan de Sloane. Tras eso escapa por los callejones pero es el propio Vaughn el que consigue atraparla y sedarla con un dardo tranquilizante.

Syd despierta en un hospital militar y es saludada por Dixon, ahora jefe de la Fuerza de Acción Conjunta (FAC), que le confirma todo lo dicho por Vaughn. Dixon le explica que Will está vivo y bien, ahora en el programa de protección de testigos y que su padre fue hecho prisionero por el Consejo de Seguridad Nacional (CSN) por graves delitos y que no se le puede visitar.

Weiss les interrumpe y hace salir a Dixon. Un nuevo grupo llamado la Coalición anda detrás de un agente de la CIA y un chip con importante información y casi lo han atrapado. De hecho, la Coalición ya ha asesinado al agente y se ha hecho con el chip, que contiene unos planos de lo que parece un caza de avanzada tecnología.

A los pocos días, Weiss y Syd vuelven a la FAC, donde todo el mundo saluda a Syd con efusividad. Syd se reúne con Dixon y con Lindsey, el agregado del CSN, para informarles de que recuerda haber estado presa en París por el nuevo grupo terrorista y solicita ser enviada en una misión a París para obtener más información. A cambio, solicita visitar a su padre.

En la cárcel, Sydney descubre que su padre fue acusado de resistencia a la autoridad, debido a la persistente búsqueda de su hija, que no le detuvo ante nada ni ante nadie. Entre sus métodos estaba incluida una alianza con Irina, cosa que no hizo gracia al CSN y le acusaron de colaboración con el enemigo. Sydney le confiesa a Jack que no recuerda nada de los dos años y que se lo ha inventado todo para poder verle. Su padre le dice que continúe investigando su desaparición para hallar las respuestas.

En París, Weiss, Syd y su equipo caen en una emboscada enemiga y Dixon les ordena reagruparse y abortar la misión. No obstante, Syd decide recuperar el chip por su cuenta y tras confesar a Weiss sus planes y que no recuerda nada, éste la deja marchar, no sin antes aconsejarla que pida ayuda a Sloane, ahora reconvertido en un luchador por la paz mundial. De ese modo, Sydney se convierte en desertora y Lindsey ejecuta una orden que la añade a la lista de enemigos del estado, cosa que no agrada a Dixon.

Syd irrumpe en el despacho de Sloane y se produce la esperada tensión y juegos psicológicos que incluso acaban en violencia pero antes de eso, Sloane le da todos los datos que ella requiere. Parece ser que la máquina de Rambaldi, una vez completa, mostró la palabra "Paz" a Sloane y eso le transformó en una persona completamente diferente.

Sydney llama a un antiguo contacto que le pone sobre la pista de la persona que busca y la agente se enfunda en un nuevo alias para perseguirle. No le resulta muy complicado y consigue apresarle enseguida, obteniendo el chip que buscan todas las agencias gubernamentales estadounidenses. De vuelta en casa, Sydney exige a Lindsey que libere a su padre a cambio de no destruir el chip con la información. El agregado del CSN firma los papeles no sin hacer ver con sus gestos que Syd se ha ganado un enemigo.

Finalmente, Sydney dirige a Vaughn duras palabras respecto a su nueva vida, alejado de la CIA y casado. La amargura desaparece con rapidez cuando se encuentra con su padre y ambos se abrazan tras dos años. Pero la felicidad no dura mucho cuando Jack le enseña a su hija un vídeo donde esta aparece asesinando a un diplomático ruso...