潘政遭遇襲擊，被施龍抓獲。

Will Tippin je nakonec zproštěn všech obvinění. Irina pošle Sydney s Jackem do Zurichu s tím, že tam Sloane ukrývá Rambaldiho artefakty. Je to však past a Jack je Sloanem zajat. Mezitím Vaughn a Sydney letí do Stockholmu chytit Sarka. Will zjistí, že Francie je ve skutečnosti dvojník Allison a celou dobu ho jen využívala.

Sydney zet uiteindelijk haar moeder voor het blok, die haar vertelt wat haar ware drijfveer is. Jack wordt aangevallen en ontvoerd door Sloane, die vertelt dat de laatste Rambaldi-machine, genaamd 'De Vertelling', over 24 uur voltooid zal zijn. Will probeert erachter te komen wie achter de valstrik zit en Marshall is verliefd.

Sydney finally confronts her mother, who reveals her true motivation. Sloane, for his part, begins to execute his new grand plan and Will struggles to figure out who's behind his set-up.

Irina envoie à Sydney l'ADN du double. Ce qui permet de laver Will de tout soupçon. Sloane, ayant réussi à voler les 24 pièces de Rambaldi appartenant à la CIA, s'apprête à construire grâce aux 47 pièces «l'arme» qui pourrait changer le monde comme le prédisait Rambaldi ...

In Stockholm können Sydney und Vaughn endlich Sark festnehmen. Der teilt ihnen sogleich bereitwillig Sloanes Aufenthaltsort mit: Mexico City. Dort hat Sloane hat in der Zwischenzeit Jack entführt. Die CIA kann ihn zwar befreien, doch der Schurke entkommt. Während Vaughn sich an seine Fersen heftet, jagt Sydney ihrer Mutter hinterher.

בפרק האחרון לעונה, סלואן מתחיל להוציא לפועל את תוכניתו הגדולה, וויל מנסה להבין מי הוא הסוכן המשוכפל השני, ומרשל מוצא אהבה.

Irina információi alapján Sydney és Vaughn egy zürichi raktárba megy Sloane összegyűjtött Rambaldi-műveiért. A ládákban csupán használt háztartási gépeket találnak. Időközben Sloane elrabolja a szívet, és Jacket is foglyul ejti. Irina egy e-mailben tisztázza Willt, aki nyomozni kezd a második hasonmás kiléte után. Irina elárulja a lányának, hogy Rambaldi jóslatának beteljesítésére ő az egyik kiválasztott. Sydney a rögzítőjéről értesül Willtől, hogy Francie a hasonmás. Dulakodnak, Sydney lelövi Francie-t, és elájul. Két év múlva tér magához Hongkongban...

Will indaga su Doren e scopre che si tratta di Francie. Sloane cattura Jack e lo informa che la macchina di Rambaldi è quasi pronta. Syd neutralizza la falsa Francie, subito dopo si risveglia in una strada di Hong Kong, dove Vaughn le annuncia che era stata data per morta, dispersa in azione da ormai due anni.

잭이 슬론에게 공격당해 붙잡힌다.

Irina no mentía y en la CIA reciben la información que prometió a Sydney, el ADN original del doble. Éste pertenece a una tal H.E. Doren. Will descubre a una joven dada por muerta hace años llamada Allison Georgia Doren. Tras seguir otras pistas concluye que la muerte de Doren fue fingida y que se la reclutó como parte del Proyecto Navidad.

Irina aparece de repente ante Sydney y aunque esta la ataca, Irina se zafa de ella y la inmoviliza para contarle su plan. El gran invento de Rambaldi se compone de 47 piezas, inventos más pequeños. Ella y Sloane tienen 23 y la CIA posee el resto y que trabajó junto a Sloane para destruir la Alianza y hacerse con los artefactos de la CIA. A cambio de revelarle su plan, Irina le pide a Sydney que dirija una operación en la que roben un almacén donde Sloane tiene sus artefactos Rambaldi. Sydney accede y dirige la misión pero al llegar, ven que el almacén sólo contienen objetos de teletienda y cosas así.

Sark se encuentra con Francie y le llama Allison. Entristecido le dice que no pueden volver a darle su aspecto anterior porque el laboratorio ha sido destruido pero que hará todo lo posible para conseguirlo y ambos se besan.

Jack es capturado por Sloane, para robarle el corazón de Di Regno. Según Sloane, es la pieza que falta en la máquina Rambaldi, llamada "La Revelación". Sloane parece mucho más calmado y le dice a Jack que no importa lo que haya sucedido entre ellos, y que siempre le considerará un buen amigo.

Sydney recibe una llamada de su madre donde le dice que Sloane fue el que intercambió el material, que ella no quiso traicionarla. Aunque no sabe donde están, Sark si lo sabe y aunque no confían en ella, deciden hacerle caso porque no tienen otra pista sobre Sloane ni Jack. La información de Irina es correcta y Sark se rinde con facilidad, revelando la localización de Sloane. La CIA envía un equipo a por él, tratando de buscar a Jack, Irina y Sloane. Jack es hallado por Dixon, Vaughn va tras Sloane y Syd persigue a su madre la cual es acorralada en lo alto de un edificio. Irina le dice a Syd que sólo ella puede parar a Sloane porque Sydney es la mujer del manuscrito. Y diciendo "te quiero", Irina salta al vacío ayudada por un arnés y huye de su hija.

En casa, Will encuentra una medicina que toman los dobles (él lo sabe porque ha elaborado parte de la investigación para la CIA) y concluye que la doble es Francie. Pero Allison/Francie descubre los papeles que tiene Will sobre Allison y coge un gran cuchillo. Will deja un mensaje en el móvil de Sydney donde expone su hallazgo aunque Francie le apuñala, lanzando tras eso un grito de horror por haberlo hecho.

Sydney regresa a casa sin haber escuchado sus mensajes y saluda a Francie con toda naturalidad. A los pocos segundos escucha el mensaje de Will (que Allison no sabe que envió) y con una actitud realmente fría le ofrece a Francie helado de café. Allison lo acepta con una sonrisa, pero Sydney sabe que a Francie no le gustaba el helado de café, cosa que Allison descubre enseguida, de modo que ambas agentes tienen una espectacular pelea. Finalmente Sydney pega dos tiros a Allison y, exhausta, se derrumba en el suelo...

...para despertarse en Hong Kong con unas ropas completamente distintas y absolutamente desorientada. Sydney observa una cicatriz en su abdomen mientras busca una cabina a través de la cual llama a Kendall y se identifica. Kendall le indica la posición del refugio de la CIA más cercano. Al llegar allí, aún confusa, se sienta y poco después lleva Vaughn, con una cara desencajada y aún más confuso que ella. Vaughn lleva un anillo de matrimonio y apenas es capaz de pronunciar palabra. Con mucha dificultad, Vaughn le informa de que lleva desaparecida dos años...