Sydney ist immer noch mit dem Fall von Neil Caplan beschäftigt. Ihr fallen in der Akte einige ungewöhnliche Telefonate auf. Prompt gesteht Elsa Caplan, dass der KGB sie auf ihren Mann angesetzt hat. Angeblich hat man ihm eine Zyanidkapsel implantiert, womit ihm nur noch 42 Stunden zu leben bleiben. Sydney glaubt Elsa und will etwas unternehmen.

Sydney defies her father in her attempt to rescue a kidnapped scientist, while Sloane, seeking revenge, becomes more dangerous than ever. Meanwhile, Francie manipulates an unsuspecting Will for his agency connections.

Dixon s'excuse auprès de Sydney pour avoir tiré sur Emily et l'informe qu'il a demandé à être réévalué. Avide de vengeance, Sloane, en a oublié sa quête Rambaldi et dit à Irina qu'il veut à tout prix connaître l'assassin de sa femme ...

סידני מתריסה נגד אביה בנסיונה להציל את ניל קפלן, המדען אותו חטף סלואן, בזמן שסלואן בעצמו שמחפש נקמה על מות אשתו נעשה מסוכן יותר מתמיד. בינתיים, פראנסי מפעילה מניפולציות על וויל, שאינו חושד בכלום, כדי להשיג מידע על קשריו ב-סי-איי-איי.

Dopo che ha accidentalmente ucciso Emily, Dixon chiede di essere riassegnato, mentre Sloane medita vendetta. Irina consegna a Neil Caplan i dati del DNA per individuarne uno specifico. Syd scopre che la moglie di Caplan è un'agente SVR. Sloane contatta Francie ed individua l'assassino di Emily.

복수심에 사로잡힌 슬론은 누가 아내를 살해했는지 알고 싶어 한다.

Sydney gaat tegen haar vader in als ze probeert een gegijzelde wetenschapper te redden, terwijl de wraakzuchtige Sloane steeds gevaarlijker wordt. Francie manipuleert een nietsvermoedende Will om zijn connecties bij de dienst van hem los te krijgen.

Caplan, aún en poder de Sloane, continúa desarrollando modelos matemáticos así como resolviendo las misiones que le encargan. La que lleva el grupo de Sloane es Irina, dado que este no desea continuar con su gesta Rambaldi, sólo descubrir quién ha matado a su mujer.

La CIA no tiene ninguna pista para localizar a Caplan y su esposa se enfrenta a Sydney, diciendo que no están haciendo todo lo que deberían. Sydney intenta encontrar varias pistas más y termina descubriendo que Elsa Caplan es en realidad una agente rusa cuya misión fue seducir y casarse con Caplan para extraer información. Elsa asegura que quiere a su marido y que hará todo lo posible por encontrarlo. Además, Elsa les dice que sus jefes han activado una píldora mortal que ella implantó a su marido y que si no es desactivada, en 42 horas morirá. Jack no cree ni una sola palabra, puesto la historia de Caplan y su esposa le recuerda mucho a la suya con Laura/Irina, pero Sydney cree que los sentimientos de Elsa son verdaderos y acuerda secretamente con ella la obtención de un dispositivo que permitiría encontrar a Caplan, siempre que pudiera ser activado por el código secreto que sólo Elsa conoce. Como la CIA la tiene prisionera, Elsa le da el código a Syd y ésta en secreto viaja para obtener el dispositivo.

Sloane salva a Irina de un ataque de Caplan y poco después contacta con Francie para hacerle obtener una serie de informaciones importantes para él. Se trata de la obtención de una foto por satélite del ataque a su villa de Toscana, para averiguar quién apretó el gatillo. Francie lo hace a través de Will, el cual no sabe que su teléfono móvil tiene un dispositivo que permite a Francie entrar en los servidores de la CIA. De este modo, Fran obtiene la información pero el registro queda a nombre del ordenador de Will.

Sydney y Vaughn se encuentran en Soria, donde Sloane tiene apresado a Caplan. Vaughn va tras Sark, pero éste escapa de nuevo, mientras Sydney extrae la píldora del cuerpo del matemático. De regreso, Jack concede el estado oficial de "desertora" a Elsa, dado que sus accciones le han convencido, y el matrimonio Caplan pueden salir por su propio pie de la CIA. Marshall detecta la obtención de la foto de la Toscana, aunque por ahora no puede determinar desde donde se ha hecho pero sí que la descarga se realizó desde Operaciones Conjuntas.

Fuera del trabajo, Syd, Vaughn y el matrimonio Dixon cenan tranquilamente. Diane se disculpa con Sydney por haberla tratado mal tras enterarse de su filiación a la CIA. Finalmente reconoce que lo mejor es que Marcus siga en la CIA por el bien que hacen. A la salida, Diane se separa de ellos y coge otro coche, diciendo que va a buscar a sus hijos, y cuando ha conducido unos metros, el coche explota en una gran bola de fuego, matándola. La encargada ha sido Francie, que desde lejos guarda el detonador a distancia al ver que ha cumplido su misión.

Sydney v poslední minutě zachrání Caplana před smrtí. Francie zneužila Willa k získání snímků ze satelitu, z nichž se Sloane dozví, že Dixon zastřelil Emily a postará se o to, aby zemřela i Dixonova žena.

A meggyilkolt Francie hasonmása mindvégig adatokat szolgáltat Sloane-nak Sydneyről, és az alvó Willből hipnózissal titkos információkat csal ki. Sydney arra gyanakszik, hogy nem jártak el elég körültekintően, amikor a Sloane által elrabolt matematikus feleségét kikérdezték. Kiderül, hogy Caplan felesége, Elsa, a KGB ügynöke, és parancsba kapta, hogy csábítsa el a matematikust. Elmondja, hogy Caplanba egy ciánkapszulát ültettek, amit ha távirányítással aktiválnak, a méreg szétárad a szervezetében, és meghal. Sydney és Vaughn az utolsó pillanatban kiszabadítja Caplant. Sloane a műholdfelvételen meglátja, hogy Dixon találta el Emilyt, és bosszút esküszik. Az ál-Francie felrobbantja Diane kocsiját Dixon szeme láttára...