Sydney récapitule sa mission la plus récente à un psychiatre de la CIA : attachée à une chaise quelque part dans Taipei, Khasinau lui présente son supérieur : Irina Derevko. Celle-ci n'est autre que la mère de Sydney qu'elle croyait morte ...

Sous la surveillance de l'assistant du Directeur Kendall, Irina est conduite enchaînée dans une cellule d'une prison secrète de la CIA. Jack doute de la sincérité d'Irina envers Sydney. De son côté, Sydney confie à Vaughn qu'elle soupçonne Sloane d'avoir tué sa femme ...

Sydney apprend que la caméra qu'elle a volée est seulement un prototype, la vraie caméra est sur le point d'être lancée dans l'espace à partir d'un site au Sri Lanka dans 72 heures. Cette caméra permet de voir sous la croûte terrestre ...

Alors que Sydney nage entre deux eaux, elle prend l'arme d'un collègue noyé et tire à travers la glace. Dixon l'aide à se hisser dehors. Dans les bureaux du SD-6, Sydney dit à Sloane que Sark s'est enfui avec la boîte à musique qui était rouillée de toute façon. Sloane se demande pourquoi Rambaldi a placé l'objet dans la glace ...

Sydney informe les membres de la CIA que Jack l'a sauvée du piège tendu par sa mère Irina. Le SD6 est à présent sur les traces d'une nouvelle arme ...

Sloane informe Sydney que Richter a été infecté par le virus d'ebola que Sark a mis au point. Jack laisse entendre à Sydney que bien qu'il lui ait fait passer les tests, enfant, il n'a jamais voulu la forcer à devenir une espionne. Le procès d'Irina approche ...

Vaughn enveloppe ses ongles en sang et se dirige vers la cellule d'Irina. Elle le remercie d'avoir prouvé l'engagement de Jack à Madagascar. Vaughn admets qu'il est malade et demande à Irina ce que Khasinau a appris de son expérience sur les gens exposés à la «balle rouge» ...

Sydney dit à Sark que s'il la dénonce, elle fera de même. Sark essaye de la rassurer, lui disant qu'il doit aussi se taire pour sa propre sécurité. Plus tard, Sydney, inquiète, demande à Irina si elle a dit à Sark qu'elle était un agent double. Irina lui assure qu'elle a su se taire mais que cela ne veut pas dire qu'elle n'est pas en danger ...

Sydney dit à Sark que s'il la dénonce, elle fera de même. Sark essaye de la rassurer, lui disant qu'il doit aussi se taire pour sa propre sécurité. Plus tard, Sydney, inquiète, demande à Irina si elle a dit à Sark qu'elle était un agent double. Irina lui assure qu'elle a su se taire mais que cela ne veut pas dire qu'elle n'est pas en danger ...

Sydney dit à Will que Delvin approuverait qu'il fasse des recherches, s'il surmonte un test d'évaluation psychologique. Francie entre dans leur conversation et leur demande pourquoi il y a tant de secrets entre eux. Plus tard, Irina essaye d'expliquer à Syd pourquoi elle a travaillé avec le KGB, et lui dit qu'elle a été folle d'abandonner sa fille ...

Sydney révèle sa mission sur le système Echelon à Will et croit que Marshall est en sécurité avec la CIA. Marshall est en fait en train d'être torturé par Suit et Glasses, qui demande à savoir où le système Echelon est localisé. Terrorisé par la mort, Marshall accepte plus tard d'utiliser sa mémoire photographique pour réécrire le code d'Echelon ...

Jack est attaqué lors sa rencontre avec un contact dans un sombre cinéma. Alors qu'il prend la fuite, Sydney arrive et le secours. Il lui explique que l'Alliance est après lui parce qu'elle le suspecte d'avoir extorqué 100 millions de dollars à Sloane. Sydney est déçue qu'il ne lui ai pas dit avant. De retour à la CIA, Jack explique à Sydney le scénario du chantage qui va impliquer Sloane et Emily ...

Dans un confortable 747, Sydney joue les call-girls pour un homme. Elle se rapproche de lui et l'oblige à lui révéler l'endroit où se trouve le serveur 47. Ayant eu l'info, elle le frappe et court télécharger les données du terminal. Avant de partir, elle doit maîtriser un garde. Mais le type de tout à l'heure braque une arme sur elle ...

Sydney et Vaughn se réveillent dans les bras l'un de l'autre. Syd l'informe qu'elle souhaite quitter la CIA et changer de vie. Kendall, son supérieur hiérarchique, ne veut pas la laisser partir et l'informe que si elle décide de quitter l'agence elle ne pourrait plus voir sa mère. Sark kidnappe Caplan, un brillant mathématicien, pour le compte de Sloane, pour qu'il l'aide à décrypter un manuscrit de Rambaldi ...

Sydney et Sloane partent de la banque pendant que Vaughn désarme la bombe dans le sous-sol de la banque. Sloane parvient une de fois de plus à échapper à la CIA. Vaughn et Sydney découvrent que son appartement est sous écoute. Marshall les informe qu'il a fabriqué ce matériel d'écoutes alors qu'il était encore au SD-6. Sloane est à la recherche d'une nouvelle arme destructrice de grande envergure ...

Un ascenseur tombe de 40 étages tuant ses trois occupants. Sark récupère sur l'un d'entre eux, Karpachev, une clef dans son portefeuille. Irina dit a Jack que Karpachev avait un manuscrit de Rambaldi dans son coffre. Sydney apprend qu'une enquête est ouverte sur Vaughn car il est soupçonné de travailler pour l'ennemi ...

Tandis que Vaughn est mis hors jeu en raison de l'enquête dont il fait l'objet, Sydney apprend que sa mère a trahi la CIA en volant le manuscrit de Rambaldi et rejoignant Sloane. Irian et Sloane doivent être retrouvé et Jack est officiellement nommé pour diriger la mission ...

Dixon s'excuse auprès de Sydney pour avoir tiré sur Emily et l'informe qu'il a demandé à être réévalué. Avide de vengeance, Sloane, en a oublié sa quête Rambaldi et dit à Irina qu'il veut à tout prix connaître l'assassin de sa femme ...

Aux funérailles de Diane, Vaughn observe un Dixon affligé avalant secrètement des pilules. Plus tard, il dit à Sydney que Dixon est sous calmants et devrait prendre un peu de repos avant de retourner travailler. Sark suggère que Sloane se rende à Panama City. Bouleversé, Sloane refuse et lui donne un numéro à appeler pour obtenir ce dont il a besoin pendant l'absence d'Irina. Sloane réalise que tuer Diane ne le console pas pour autant de la mort de son épouse. Il continue de baisser les bras et passe les rênes à Sark ...

Francine dit à Sark que la CIA pense que Will a été démasqué. Irina, mise au courant par Sark, refuse de permettre à Francine de tuer Will mais soutient son plan afin de le sortir des griffes de la CIA. Sydney refuse de croire que son ami Will est un agent double et décide de tout faire pour prouver son innocence ...

Irina envoie à Sydney l'ADN du double. Ce qui permet de laver Will de tout soupçon. Sloane, ayant réussi à voler les 24 pièces de Rambaldi appartenant à la CIA, s'apprête à construire grâce aux 47 pièces «l'arme» qui pourrait changer le monde comme le prédisait Rambaldi ...