Sydney je konfrontována se svou matkou, která ji postřelí. Sydney se však podaří utéct. Do Tchaj-peje je vyslán pátrací tým, který má najít zmizelého Vaughna, ale po tom se slehla zem. Ukáže se, že se dokázal zachránit před utopením, ale vzápětí byl Kasinovem zajat a odvezen do Francie. Tam však shodou okolností míří také Sydney při plnění dalšího úkolu. Objevuje Vaughna a podaří se jí ho osvobodit. Pro záchranu Willa vymýšlí Jack složitý plán. Will je přistižen v narkomanském doupěti pod vlivem drog. Před novináři prohlásí, že má s drogami problémy už tři roky a že všechno, co za tu dobu napsal, včetně článku, kde se zmínil o SD-6, si vymyslel. Sloanea to upokojí a přestane mu usilovat o život.

Sydney weet niet of Vaughn levend uit het water is gekomen, maar ze krijgt het nog moeilijker als haar dood gewaande moeder weer op het toneel verschijnt. Ze is de leider van een schurkenorganisatie die onderdelen van een mysterieuze Rambaldi-apparaat verzamelt en heeft een plan dat het leven van haar dochter in gevaar brengt. Wills hele leven verandert als hij achter SD-6 en Sydney's dubbelleven komt. Dixon twijfelt of hij Sloane moet vertellen over het verdachte gedrag van Sydney.

Sydney finds herself face-to-face with her mother, whose intentions for her daughter are made chillingly clear. Meanwhile Sydney continues her search for Vaughn, not knowing if he is dead or alive after being swept away by a wall of water in Taipei. Will's life is forever changed when he learns the truth about SD-6 and Sydney's life as a double agent. Dixon must decide whether or not to inform Sloane of Sydney's suspicious activities.

Sydney récapitule sa mission la plus récente à un psychiatre de la CIA : attachée à une chaise quelque part dans Taipei, Khasinau lui présente son supérieur : Irina Derevko. Celle-ci n'est autre que la mère de Sydney qu'elle croyait morte ...

Sydney wird noch immer in Taipeh gefangen gehalten, wo sie auf ihre tot geglaubte Mutter Laura Bristow alias Irina Derevko trifft. Als sie sich weigert, ihren Auftraggeber zu nennen, zögert Laura nicht und schießt ihrer Tochter in die Schulter. Zwar kann sich Sydney kurz darauf befreien, schwebt aber noch immer in Gefahr: Dixon hat Sloane berichtet, er halte sie für eine Doppelagentin, weil sie einen fremden Codenamen benutzt hat und in ein SD-6-Labor eingebrochen ist …

בפרק פתיחת העונה השנייה, הפסיכולוגית של הסי-איי-איי מנסה לדובב את סידני בריסטו על ענייניה האישיים. סידני נזכרת בהרפתקאותיה ומספרת לה שאמה הסגירה את עצמה ושהיא מוכנה לשתף פעולה.

Sydney fogságba esik. Kiderül, hogy az Emberként emlegetett titokzatos ellenség nem más, mint a saját anyja, a volt KGB-ügynök, Irina Derevko, akit Sydney 20 éven át halottnak hitt. Irina nem bánik kesztyűs kézzel a lányával. Sydneynek végül sikerül kiszabadulnia, Irina pedig váratlanul feladja magát a CIA-nál.

Laura spara contro la figlia. Dixon rivela a Sloane di essere certo del fatto che Syd sta facendo il doppiogioco. Quest'ultima deve scoprire se Vaughn è ancora vivo. Dopo la morte della moglie, Sloane entra a far parte dell'alleanza. Will ritratta quanto scritto sulla SD-6. Laura / Irina si arrende alla CIA.

시드니는 어머니와 대면하게 된다.

Sydney Bristow contempla perpleja al misterioso hombre cuya identidad no es otra que Irina Derevko, la madre de Sydney que fue dada por muerta hace más de veinte años bajo el alias de Laura Bristow. Aún no recuperada de la sorpresa, Syd es disparada en el hombro por su madre.

A pesar de ello, consigue escapar y contactar con su padre, el cual consigue extraerla de Taiwán. Junto a padre e hija se encuentra Will, que aún no puede comprender el tipo de vida que llevan las personas a las que cree conocer. Pero Will no tiene tiempo de reflexionar sobre esos temas debido a que se encuentra en peligro mortal; su investigación sobre el SD-6 ha salido a la luz y ahora Sloane no parará hasta asesinarle. Sin embargo, Jack argumenta ante Sloane que matar al periodista disparará las especulaciones y dará más credibilidad a su historia. Sloane concede y deja que Jack se encargue del problema.

De este modo, Jack inyecta drogas a Will y le sitúa en un fumadero, asegurando su detención en una redada policial premeditada. Como consecuencia, Will es condenado a realizar trabajos sociales y comparece ante las cámaras para asegurar que la historia del SD-6 fue producto de su imaginación y las drogas.

Sloane envía a Sydney a Francia, donde ha de pinchar un teléfono de un cercano colaborador de Khasinau. El micrófono ha sido modificado por Weiss para que la CIA decida lo que deja escuchar o no al SD-6. En Francia, descubre un laboratorio lleno de cuerpos con los que Khasinau está experimentando y entre ellos encuentra a un moribundo Vaughn, al cual consigue salvar y ambos escapan con vida del lugar.

El pinchazo del teléfono cumple su fin y la CIA organiza una misión a Barcelona donde va a tener lugar un intercambio de unos documentos conocidos como "La Biblia" cuyo conocimiento por parte de la CIA podría ayudar mucho a poner fin al grupo liderado por Irina. Se produce un cruce de disparos y Weiss es herido gravemente en el cuello. Sydney queda a merced de Khasinau. Cuando este está a punto de matarla, Irina dispara a Khasinau salvando a Sydney, coge la Biblia y huye diciendo a su hija "La verdad lleva tiempo".

Días después, Irina entra por su propio pie en el edificio central de la CIA y se entrega voluntariamente...