Sydney Bristowová poznává pravou tvář tajné organizace SD-6 a svého otce, který je dvojitým agentem vedeným CIA.

Sydney má za úkol v Moskvě překazit prodej kradených souborů týkající se sovětských a amerických zbraní. Zjistí, že kdesi v USA je ukryto jaderné zařízení. Poté co ho najde a předá SD-6, to ho obratem prodá egyptskému dealerovi zbraní Ineni Hassanovi. Sydney musí do Káhiry demontovat jadernou bombu...

Sydney spolu s Dixonem odlétá do Madridu vyzvednout kufřík obsahující skicu, která vypadá jako digitální kód, jenže nakreslenou vizionářem Milo Rambaldim v 15 století. Existují pouze dvě skici s tím, že tu první už SD-6 má a k rozluštění kódu potřebuje skicu z Madridu. O ní má zájem i konkurenční ruská agentura K-Direktoriát. Sydney se poprvé setkává, nikoliv naposled, s jejich agentkou Annou Espinosovou. Problém nastane v okamžiku, kdy SD-6 má kufřík, od něhož nemá klíč k otevření, který má zase K-Direktoriát. Sloan se dohodne s K-Direktoriátem na střetnutí jejich agentek v Berlíně ke společnému otevření kufříku...

Sydney s Annou otevřely kufřík, zapojila se však sekvence zničení jeho obsahu. Je to 500 let starý binární kód, který si musí Sydney před jeho zničením zapamatovat. Kód představuje zeměpisné souřadnice kostela v Malage ve Španělsku. V kostele se nachází zlatý okrouhlý krystal. Marshall provede jeho analýzu a zjistí, že se jedná o syntetický polymer, který vymyslel sám Rambaldi. Pokrokové vynálezy proroka z 15 století se najednou stávají součástí větší záhady...

Sydney a Dixon mají za úkol bezpečně dostat do USA Jeroena Schillera, který má informace o vakcíně proti biologické válce. Mezitím CIA připraví plán, aby do SD-6 dorazil jeho dvojník a Jeroen je exportován rovnou do CIA. Dixon o ničem samozřejmě na rozdíl od Sydney neví.

Sloan se však od Jeroenova dvojníka dozví místo v Německu, kde se nachází továrna na výrobu vakcíny. Sloan vyšle Sydney s Dixonem do Německa získat vakcínu a vyhodit továrnu do povětří. CIA o operací ví a demontuje Dixonem nastražené bomby, ale přesto nastane komplikace v okamžiku, kdy se Dixonovi nepodaří na poprvé odpálit bomby a použije záložní detonátor, o které zase pro změnu nevěděla Sydney.

Budova továrny vybuchuje i se všemi agenty CIA uvnitř...

Sydney je otřesena po tragédii v Německu. Chce svou pravou identitu říci Dixonovi, ale Vaughn ji přesvědčí, že by tím ohrozila jeho život. Mezitím se CIA nabourá do počítačového systému SD-6. Marshall na to však přijde a upozorní Sloana. Sloanovi je jasné, že má uvnitř SD-6 krtka.

Další mise Sydney a Dixona směřuje do Londýna. Musí získat jeden z FTL genetických zabezpečovacích zařízení - velmi důmyslnou součást kryptografického zařízení – od člověka jménem Smythe, který vlastní v Londýně galerii. Zařízení je však nastavené na jednu konkrétní DNA, a to od Garetha Parkashoffa. Ten je však mrtvý a místo jeho hrobu zná pouze jeho vrah, který je zavřený v ústavu v Bukurešti. Sydney pod maskou pacienta proniká do ústavu. Mise v Rumunsku je však složitější než se zdá, protože ředitelem ústavu je člen K-Direktoriátu...

Sydney je zavřená v ústavu v Bukurešti. Agent, který měl být její spojkou je nalezen s podřezaným hrdlem. Sydney je omráčena a probírá se v elektrošokové vaně. Vyslýchá jí agent K-Direktoriátu Dr. Kreshnik. Sydney ho přesvědčí, že jí musí nechat na živu, aby mohla získat polohu Parkashoffova těla. Kreshnik ji pustí, ale to byla chyba, protože Sydney přemůže jak jeho, tak i jeho gorily a utíká spolu se Shepardem do konspiračního domu CIA v Bukurešti.

FTL si hrála s pamětí Sheparda a jeho zrak je poškozený, vidí černobíle a nemůže si pořádně vzpomenout na místo, kde pohřbil Parkashoffa. Přesto se Sydney podaří z něj informaci dostat a najít jeho hrob. Pomocí jeho DNA se podaří v SD-6 dekódovat přístroj. Zjišťují, že další Rambaldiho artefakt se nachází v Oxfordu. Sydney tam jede, ale Dixon jí varuje, že by se tam mohla setkat s Annou Espinosovou...

Sydney jede do Oxfordu vyzvednout další Rambaldiho artefakt - staré hodiny. Anna je jí však v patách.

Další mise Sydney směřuje do Positanu v Itálii, aby dala hodiny opravit. Hodiny byly navrženy Rambaldim, ale sestaveny řemeslníkem jménem Giovanni Donato v roce 1503. Jeden z Donatových potomků sa stále věnuje rodinnému řemeslu a může artefakt opravit.

Donato vysvětlí Sydney, že symbol na hodinách <0> je znak Velkolepého Rambaldiho řádu. Když se Sydney zeptá na vyleptaný datum na hodinách, Donato odpoví, že Rambaldi mu nikdy neřekl, co to znamená!?! Co tím onen starý muž myslel? Není možné, aby byl současníkem Rambaldiho a žil několik století. Nebo snad ano? Navíc řekne ještě něco záhadnějšího a to, že Sydney očekával a to co se stane vzápětí je nevyhnutelné. Než může Sydney zjistit více, umírá Donato zasažen kulkou ostřelovače K-Direktoriátu, která však byla určena jí. Hodiny naštěstí stačí opravit.

Marshall přijde na to, že disk nalezený v kostele ve Španělsku zapadá do hodin a když jsou oba artefakty spolu ukazují mapu hvězdné oblohy. Jedná se o místo na hranicích Chile a Argentiny, pohoří Aconcaqua. Sydney s Dixonem odjíždí do míst, jejichž polohu ukázaly hodiny. Nachází tam jeskyni a v ní další Rambaldiho artefakt - knihu s jeho náčrty. Než jí však stačí Sydney vzít, objevuje se Anna a knihu jí bere. Při pronásledování padá Sydney do propasti...

Sydney se dostane z propasti ven. Před jeskyní najde zraněného Dixona v bezvědomí. Zavolá CIA a helikoptéra ho převeze do blízké nemocnice. Mezitím dostane Sloan zprávu, že oním krtkem v SD-6 má být Sydney. Nechce tomu však věřit, ale prověří si ji.

Sydneyina další mise směřuje do Toskánska ukrást informace od účetního Ineniho Hassana. Ten kdysi spolupracoval s SD-6, ale nyní se stal jejím nepřítelem a Sloan chce zmrazit jeho konta. Sydney nalezne pouze jméno specifické Švýcarské banky. Sydney a Russak cestují do Ženevy, aby získali čísla jeho kont. Veškeré údaje, které Sydney posílá do SD-6 se dostávají i do CIA.

Sloan vyšle přes nezabezpečený server informaci o chytaném atentátu na Sydney, aby vylákal agenty CIA a tím potvrdil, že Sydney je krtek. CIA však jeho past prohlédne a nezasáhne. Sloan uvěří, že Sydney je loajální.

Dixon se probírá z bezvědomí v nemocnici, ale naštěstí si nic nepamatuje...

Sydney směřuje do Keni. SD-6 se pokouší vystopovat Hassana a v Keni se nachází dealer zbraní, který měl Hassanovi vytvořit novou identitu. Sydney se dozví, že Hassan podstoupil plastickou operaci a nyní vystupuje pod jménem Nebseni Saad.

SD-6 zjistí, že Hassan/Saad se nachází na Kubě. Sloan vyšle Jacka, aby Hassana zabil. Jack však vymyslí spolu se CIA plán jak přesvědčit Hassana, aby spolupracoval se CIA a předal jim jeho seznam klientů.

Sydney se dozvídá, že její otec Jack byl Hassanem na Kubě zadržen. Jede ho zachránit. Sama je však také zadržena a přivedena před Hassana, zrovna v okamžiku kdy se Jack snaží Hassana přesvědčit ke spolupráci se CIA. Jack má potvrdit svou loajálnost tím, že zastřelí chycenou agentku - svou dceru Sydney...

Sydney musí řešit, zda udá svého otce řediteli CIA. Podle jasných důkazů byl agentem KGB a před 25 lety na jejich rozkaz zabil mnoho agentů CIA. Pravda je však ještě krutější.

Sydney chce odejít z SD-6. Jack ji varuje, že je to sebevražda a ohrozí tím všechny, které zná. Než Sydney stačí něco udělat, přepadne SD-6 skupina neznámých vetřelců v čele s bývalým agentem McKenasem Colem a drží všechny jako rukojmí. Jack a Sydney jsou jediní, kteří jim v tom mohou zabránit...

Drama v SD-6 pokračuje. Cole mučí personál SD-6, aby získal přístup k Sloanovu trezoru. Dixon odešle tajný kód Vaughnovi do CIA. Agenti v naprostém utajení pomohou a získají z trezoru lahvičku s neznámou tekutinou. Sydney ještě popřemýšlí o svém záměru opustit SD-6...

Sydney s Dixonem musí získat informace o místě a času tajné schůzky mezi K-direktorátem a tajemnou skupinou Prvního. Jejich cesta proto vede přes Las Vegas do Ruska.

SD-6 vysílá Sydney do Tuniska, kde má získat Rambaldiho rukopis, ještě než ho K-Direktoriát předá zástupci záhadné organizace panu Sarkovi. To se jí skutečně podaří. Celou knihu ofotografuje pro CIA a předá SD-6. Ukáže se, že stránka 47 je prázdná a že v dosud probádaném Rambaldiho díle měla právě tato stránka velkou důležitost. Když se kniha na jednu noc dostane do Sloaneova osobního trezoru, Sydney dostává od Vaughna za úkol kritickou stránku vyměnit. Úkol při večeři u Sloaneových splní, ale Sloane zřejmě pojme podezření. Technikům CIA se podaří oživit tajný inkoust stránky 47. Když ji Vaughn ukazuje Sydney, ta s hrůzou zjistí, že je na ní její portrét...

SD-6 odhalila totožnost Prvního, ale Aliance s ním chce vyjednávat. Sloane by chtěl radikální řešení. Sydney musí podstoupit řadu testů, aby se zjistilo, zda odpovídá proroctví z Rambaldiho rukopisu. Vše se shoduje a Sydney je zatčena...

Jackovi a Vaughnovi se povedlo dostat Sydney ze spárů FBI díky odvedení pozornosti. Ona a Dixon se ale musí vypravit do Vídně a získat data na ruské ambasádě, aby znovu vystopovali muže známého jako Kasinov. Sydney se však na misi setkává se starou láskou. Vydá se s ním znovu na Sibiř, aby získala zařízení, které může poskytnout vodítka, které je dostanou blíže k úhlavnímu nepříteli SD-6.

CIA zjišťuje, že K-direktorát si najal muže jménem Sněhulák, aby zabil Kazinova. Zatímco Vaughn jede do Kolumbie pro získání informací o Sněhulákovi, Sydney a Noah jedou do Kapského Města získat údaje o některých ilegálních bankovních převodech. Noah chce začít nový život a chce, aby Sydney utekla s ním. Sloane Noahovi už nevěří, ale nechá ho odjet na další misi do Baku.

Sydney je v depresi. Vaughn jí zvedne náladu ukázkou, jak se jim i s její pomocí daří pomalu ničit SD-6. To ji přivede k plánu, jak vylákat Kazinova. Aby bylo možné chytit Kazinova, musí najít jeho matku. Mezitím Sydney a Vaughn zinscenují tajné transakce s Rambaldiho artefaktem se zástupcem Kazinova, panem Sarkem. Ale krytí Sydney může být ohroženo, protože SD-6 posílá agenta, aby zmařil prodej. Tím není nikdo jiný než Dixon...

Týmu CIA se v Denpasaru podaří Sarkovi ukrást ampulku s roztokem, který má zviditelnit Rambaldiho inkoust, ale Sarka nechávají na místě. Časem se podaří dostat Sarka SD-6 a Sloane chce, aby je dovedl ke Kasinovovi. Proto posílá do Paříže Sydney s Dixonem, kteří se mají vetřít do Kasinovova klubu a vyměnit z jeho trezoru jednu stránku Rambaldiho rukopisu za padělek. Do Paříže jede shodou okolností i Will, kterého tam pozve na schůzku jeho kontakt, tajemný muž s hlubokým hrdelním hlasem. Will se připlete (nebo je vmanipulován) do Kasinovova klubu, odkud ho musí zachraňovat Sydney...

Sloane musí přijmout těžké rozhodnutí, aby se dostal do Rady Aliance. Poté, co je zajat Will Tippin Sarkem, je mučen tchajvanským rádoby zubařem, aby z něj dostali utajované informace. Sydney je zdrcená z únosu Willa a hodlá ho na vlastní pěst zachránit. Musí si však dávat pozor na kolegu Dixona. Otec Jack jí pomáhá. Přidá se i Vaughn, jehož život je vážně ohrožen. Na konci je čeká nemilé překvapení...