Alcuni uomini armati, comandati da Cole, penetrano nella SD-6. Cole è deciso a vendicarsi di Sloane, il suo ex-boss. Will inizia a temere per la propria vita, ma una donna lo sprona a proseguire con la sua indagine. Vaughn, dopo la scoperta sulla madre di Syd e sulla morte di suo padre, va in terapia.

When armed intruders take over SD-6, led by McKenas Cole, a man bent on exacting revenge on ex-boss Sloane, Sydney and Jack must work together to save their colleagues. Meanwhile, Will fears that his investigation of SD-6 and its link to the murder of Eloise Kurtz is placing his life in jeopardy.

Die Wahrheit über ihre Mutter wirft Sydney total aus der Bahn: Sie war eine KGB-Agentin! Sydney entschließt sich, ihren Dienst beim SD-6 zu quittieren. Nachdem sie Vaughn ihre Entscheidung mitgeteilt hat, kann sie das SD-6-Gebäude nicht mehr verlassen: Eine Gruppe schwer bewaffneter Terroristen hat die Gewalt über den Gebäudekomplex übernommen, und Sydney kann sich mit Jack in den Keller retten. In ihrem Versteck macht Jack seiner Tochter klar, dass sie nicht aussteigen könne …

Nadat Sydney te weten is gekomen dat haar moeder als KGB-agent verantwoordelijk is geweest voor de dood van veel CIA-agenten, wordt Sydney gekweld door verdriet en het gevoel dat ze is verraden. Ze vertelt Vaughn dat ze geen spion meer wil zijn, maar weigert om onder te duiken en deel te nemen aan een speciaal CIA-beschermingsprogramma. Een groep zwaarbewapende mannen weet het SD-6 gebouw binnen te dringen en te bezetten. Regisseur/producent/schrijver en acteur Quentin Tarantino heeft een gastrol als leider van deze schurkengroep.

Sydney nehezen tudja feldolgozni a hírt, hogy anyja KGB-ügynökként hány CIA-alkalmazott haláláért lehet felelős, és végül úgy dönt, hogy kiszáll, otthagyja a CIA-t. Jack azonban meg van arról győződve, hogy ez a lépés felérne egy öngyilkossággal. Ő már tudja, hogy a hálózat nem nyugodna bele minden szó nélkül Sydney döntésébe, hiszen a lány túl sokat tud...

Tras la revelación sobre su madre, Sydney acude al SD6 decidida a poner fin a la vida de intrigas y falsedades que tiene que aguantar día a día. Su padre acude tras ella para impedir tal hecho, que bien podría implicar que la sección de seguridad la "silenciara" para siempre.

Pero el destino les tiene reservada una sorpresa; un antiguo agente del SD-6 llamado McKenas Cole irrumpe en las instalaciones y se hace con el control de la agencia. Afortunadamente, Sloane es capaz de iniciar el proceso de bloqueo del SD-6 antes de que Cole se haga con el control total. Ese bloqueo deja a Sydney y a Jack encerrados en el ascensor, por lo que huyen por los pasadizos secretos de la agencia para reagruparse y decidir el curso de sus acciones.

Cole afirma trabajar para un nuevo grupo terrorista liderado por una persona conocida simplemente como "El Hombre". Su objetivo es abrir la cámara de seguridad del SD-6 y obtener un valioso objeto allí guardado. Sloane está dispuesto a sacrificarse para que el misterioso objeto no salga de la cámara, consciente, además, de que abrir la cámara bajo un procedimiento de cierre hará que las cargas de C4 instaladas en los bajos del edificio no deje piedra sobre piedra, sepultando al SD-6 y a todos sus integrantes de un plumazo. A través de las cámaras de seguridad, las cuales han pirateado Jack y Sydney, se enteran del plan.

Mientras tanto, Will recibe una llamada de su confidente misterioso pero el periodista le informa de que no quiere continuar la historia sobre el misterio de las muertes de Daniel Hetche y Eloise Kurtz. Sin embargo, la voz no parece dispuesto a dejar que la historia sea enterrada y facilita información a Will. Además, aparece en la palestra la hija de David McNeal, que le suplica ayuda para desenterrar a los asesinos de su madre y limpiar el nombre de su padre. Finalmente Will accede a seguir con el caso.

Tras la revelación sobre Laura Bristow, la CIA ordena a Vaughn que acuda a hablar con una terapeuta de la agencia y ésta le pregunta cómo concilia el hecho de ser el enlace de Sydney, la hija de la asesina de su propio padre. Vaughn insiste en que se encuentra perfectamente, pero Barnett le presiona, preguntándole si es cierto que le hizo un regalo a Syd por navidades y si considera apropiada la relación que tiene con su enlace.

Sydney decide avanzar por los túneles de ventilación hacia el despacho de Marshall para obtener un objeto que les permitirá cambiar las claves de seguridad de la cámara, por si se diera el caso de que Sloane revelara la clave. Sin embargo, tras cambiar las claves, Cole oye a Syd avanzar por los tubos y comienzan a disparar para detener al intruso...

סוכן של ה--אס-די-6, שנמלט מהשבי הרוסי, פורץ למשרדי ה-אס-די-6. הוא לוכד את סלואן ומוציא ממנו את הקוד של הכספת של האירגון, אך סידני וג'ק פועלים כדי לסכל את מזימתו.

Sydney chce odejít z SD-6. Jack ji varuje, že je to sebevražda a ohrozí tím všechny, které zná. Než Sydney stačí něco udělat, přepadne SD-6 skupina neznámých vetřelců v čele s bývalým agentem McKenasem Colem a drží všechny jako rukojmí. Jack a Sydney jsou jediní, kteří jim v tom mohou zabránit...

Des hommes armés prennent le commandement du SD-6. Cole McKenas est à leur tête, il prend sa revanche sur son ex-patron Sloane. Sydney et Jack s'allient pour sauver leurs collègues. De son côté, la CIA s'interroge sur les relations entre Vaughn et Sydney ...

한 무리가 SD-6에 잠입해 건물을 장악한다.