大地震6年后，天羽雅音带着女儿梨穗子从福利院逃出，回到东京开始新的生活。然而，福利院的樱井紧随其后找到了二人，并将梨穗子带走。雅音驱车追赶却不慎出了车祸，被关进拘留所。就在雅音不知所措之时，拘留所内关押的醉汉突然变成了一种名为X-CON的机械怪兽，而雅音的身体也在发生着变化……

自由记者斗泽佑介将梨穗子带回自己租住的奈月大厦。大厦的房东玛丽子同意梨穗子暂住一晚，第二天便联系福利院的人将她领走，梨穗子坚决不从。另一边，雅音则被濑川弘树带到了导士重工的本部。特殊机局的局长鹰山澪士向雅音说明了她便是Witch Blade的装备者，从今以后要为导士战斗。梨穗子想起和妈妈的约定，一人向东京塔跑去……

鹰山局长下令测试雅音装备Witch Blade后的战斗力。雅音变身后轻松将测试战机摧毁，等她醒来的时候已经躺在病床上。鹰山答应雅音只要她战斗，就会为她们母女的生活提供保障。为了梨穗子，雅音决定参加战斗。梨穗子在船长的帮助下来到了东京塔下，等待着雅音的到来。与此同时，X-CON也在蠢蠢欲动……

雅音与梨穗子暂时住进了宾馆套房，濑川负责监视二人。NswF的法医稣峰玲奈致电鹰山局长，试探Witch Blade的情况，鹰山称不知其下落。为了感谢奈月大厦众人对梨穗子的照顾，雅音与梨穗子来到玛丽子的店。雅音决定租住在奈月大厦，却被玛丽子驳回。另一边，EM型的X-CON已经开始行动……

雅音赶到时，利用Clone Blade变身的玲奈与志织已经将EM消灭。濑川向雅音说明了Clone Blade的事情，以及儿童福利院的真相。雅音与梨穗子搬进了奈月大厦的公寓，开始了新的生活。斗泽找到雅音，询问拘留所之夜的事情，雅音矢口否认。就在这时，X-CON出现，肆意猎杀人类。雅音将其消灭后，玲奈与志织再次出现……

雅音被志织打成重伤之时，导士的回收队及时赶到，救了雅音。志织失去理智，对雅音穷追不舍，并攻击了回收队的装甲车。在鹰山局长的指示下，回收队将雅音从车上转移到游轮上。志织还想继续追击，却被玲奈拦住。志织被送进医院看护，对于志织的失控，玲奈感到很不安……

玲奈赶到志织的病房时，护士已经被杀死，志织则处于半变身状态，浑身染满了鲜血。玲奈试图平复志织的心，然而，志织已经完全失控，打烂窗户从医院逃出。志织一心只想战斗，于是便向雅音的游轮飞去，准备与雅音一决生死……

斗泽再次追问雅音变身战斗的事情，雅音仍然不承认。斗泽带雅音到案发现场，雅音仍旧不置可否。二人准备回去之时，斗泽的仇家来寻仇。斗泽与雅音藏在海边仓库旁，才没有被发现。在车里二人谈论起来了自己的过去。就在此时，X-CON袭击他们的车子。雅音与斗泽定下了一年之约，希望他不要把自己的秘密告诉梨穗子。斗泽答应之后，雅音变身战斗……

已经连续三天发生X-CON杀人事件，但是，这次X-CON攻击的女性都是与NswF无关的。斗泽通过调查发现X-CON作案的时间都是晚上11点45分，地点在广播站附近。二人据此埋伏起来，等待X-CON出现。果然同一时间X-CON再度行凶。雅音将其击退之后，二人继续查找X-CON，却意外地发现了X-CON的真实身份……

生物局要举行庆祝研究组获得国际科学财团大奖的庆功会。然而，和铜局长却没有邀请鹰山局长。鹰山为了阻止和铜借联谊拉拢各方关系，便决定不请自去。但是，出席庆功会必须有女伴。最终，鹰山局长选定了雅音作为女伴共赴庆功会……

当鹰山局长酒醒之后，发现自己躺在雅音的房间里。梨穗子细心地照顾着尚且昏昏沉沉的局长，局长对于梨穗子的话也是言听计从。梨穗子为了煮味增汤，便上街去买葱。却在菜市场的街道上病倒，被人送进医院。得知消息的雅音冲出家门向医院奔去……

斗泽潜入NswF，恰巧看到雅音被抓往医疗室，便决定拯救雅音。与此同时，鹰山局长也下达了指使，全力营救雅音，以抢回Witch Blade最为优先。斗泽在寻找潜入通道过程中遇到了乔装成保安的濑川，濑川传授了一句咒语给斗泽。当雅音无法起来战斗之时，只要念起咒语便可令雅音燃起斗志……

DNA亲子鉴定表明雅音并不是梨穗子的亲生母亲。雅音与梨穗子都不想与对方分开，二人便在大家的帮助下逃到了船长大叔的船上避风头。就在雅音去银行取钱的时候，罗拉找到了梨穗子，并将其迷晕，准备把她带走。罗拉即将得手之际，玲奈赶来救下了梨穗子……

玲奈带梨穗子去新家，开始过母女生活。玲奈的行为显得很生硬，不像一个母亲。她实际上一边观察梨穗子，也一边观察自己的身体和精神变化。雅音不接鹰山局长的电话，局长找到家来。局长带雅音去她真正的故乡，希望能够帮她唤起回忆。然而，这给雅音带来的却是痛苦和迷茫……

玛丽亚知道了自己的妈妈是玲奈非常高兴。这天，她离开基地去找玲奈，希望得到玲奈的爱。当她到玲奈家的时候，却看到玲奈的身边已经有了梨穗子。玛丽亚的精神越来越不稳定，玲奈暂时将她缓住，便带着梨穗子逃离公寓。然而，玛丽亚已经完全失控，开始疯狂地追杀玲奈和梨穗子……

长先生在斗泽的帮助下发起了联谊旅行，夏月大厦的各位也被邀请参加。就在出发的当天早上，雅音被叫到导示重工的总部领取报酬。借此机会，鹰山局长向雅音说明了Witch Blade的装备者也面临着NEO-GIN那样的结局。濑川不小心说出如果雅音战死，那么下一个Witch Blade的装备者就是梨穗子。雅音发誓绝不允许这样的事情发生……

这天，趁着假期，雅音带着梨穗子去游乐场游玩。另一边，导示重工因为制造武器引起了民众抗议。在董事会上，和铜发布了生物局的最新研发成果——UltimateBlade，一种男性也可装备的武器，却遭到鹰山的质疑。与此同时，斗泽对教父展开了调查，并发现了教父以及NswF背后的秘密……

东京再次发生连环杀人案，警察在案发现场发现了凶手残留的军用特殊武器弹片。中田警官依此线索找上了鹰山局长，并认定导示重工与凶杀案有关。随后，中田警官收到了匿名邮件，其中的视频是关于导示重工工作人员清理案发现场的录像。这些视频同时也寄给了媒体，很快大众便知道导示重工的罪行。而作为特殊技术局局长的鹰山便成了众矢之的…

鹰山辞职后，和铜便掌握了大权，雅音迫于无奈成了他的秘书。梨穗子认为妈妈对鹰山太过无情。这天，下班回来的雅音因为鹰山的事情与梨穗子争吵了起来。前来拜访的恭子认为雅音应该改变传达母爱的方式，并告诉她鹰山现在的住处。雅音向梨穗子道歉后，便去找鹰山，二人在别墅共度了一夜。次日，UltimateBlade来袭……

玛丽亚杀死教父之后，便掌握了NswF的大权。但是，玛丽亚对权力并无兴趣，她想要的是更强的力量。雅音进行的二度变化引起了西田的注意，西田与和铜密谋抓捕雅音。鹰山决定去面对梨穗子，学习如何做一个父亲。这天，在雅音的安排下，鹰山得以与梨穗子单独相处。可是，亲子约会似乎不太顺利……

鹰山将昏迷的雅音送到了医院，医生告诉鹰山雅音将不久于人世。鹰山对梨穗子隐瞒了病情。雅音苏醒之后坚持要回家，回到夏月大厦，雅音表现的很有精神，大家也以为雅音只是劳累过度。只有斗泽心存疑虑，跟着鹰山来到导示重工的实验室。在这里，他们发现了I-Weapon自行启动，并且正威胁着雅音的生命……

浅木在玛丽亚的新人类选拔中脱颖而出，成为了第三个新型CloneBlade的装备者。经过一番努力，鹰山终于控制住了I-Weapon。和铜与西田商议后，再次派出三架I-Weapon抓捕雅音。第二天早上，雅音亲自做了便当，带着梨穗子去樱丘公园野餐，并告诉梨穗子再过不久自己就要死去。就在这时，I-Weapon来袭……

数以千计的I-Weapon登陆东京，带着众人的祝福，雅音与之展开了战斗。I-Weapon同时也向玛丽亚等人发起了进攻。鹰山指挥着实验室的I-Weapon奋力抵抗不断登陆的敌人。一时间，东京变成了战场。梨穗子从避难所逃出，向着最初的约定之所——东京塔跑去。就在雅音也要前往东京塔之时，玛丽亚等人找到了她……