Terwijl de MPU haar nieuwe kantoor betrekt, inclusief de nieuwe baas, inspecteur Hollis Braun, komt er een telefoontje binnen waarin melding wordt gemaakt van de verdwijning van een hele stadsbus vol studenten die op excursie waren. Het team maakt gebruik van een vader die de ontvoering probeerde te stoppen, terwijl Jason contact opneemt met een oude collega voor hulp bij de zoektocht.

De MPU zoekt naar een Benjamin Franklin-liefhebber nadat hij verdacht verdwijnt tijdens een van zijn rondleidingen door de stad. Ondertussen wordt een nieuwe forensisch wetenschapper aangenomen en probeert het team haar overijverige werkstijl onder controle te krijgen. Jason en Mike proberen een band te krijgen als nieuwe partners.

Een jonge zwangere vrouw wordt een dag voor haar spoedkeizersnede vermist en de adoptiemoeder wendt zich tot de MPU om haar te lokaliseren voordat het leven van de baby in gevaar komt. Ondertussen graaft Jason dieper in de autobomzaak en ontmoet hij een afkeurende Braun.

De MPU zoekt naar een dakloze vrouwelijke tiener die verdween nadat ze van huis was weggelopen en in Philly's Gayborhood had gewoond. Kemi wordt bijzonder zwaar getroffen terwijl het team zich haast om de vermiste tiener te vinden en te redden. Jason en Nikki sparren over zijn voortdurende onderzoek naar de autobomaanslag.

De MPU gaat op zoek naar een ontvoerde, keiharde buurtwachtkapitein. Jason roept Wayne's hulp in bij het onderzoeken van de autobomaanslag. Mike is bezorgd dat Nikki geheimen voor hem heeft.

Mike wordt meegenomen naar zijn eerste onopgeloste zaak wanneer zeven jaar na zijn moord de stoffelijke resten van een Amish-man aan de oppervlakte komen. Nadat hij opnieuw contact heeft gemaakt met de familie van de man, wordt de vrouw van de man op mysterieuze wijze vermist, wat aanleiding geeft tot een grootschalige zoektocht en een web van bedrog blootlegt.

Een populaire reisbeïnvloeder wordt vermist en de MPU race om haar te vinden terwijl een orkaan woedt en de noodtoestand wordt uitgeroepen. Mike en Wayne komen dichter bij elkaar als Helen onverwacht contact maakt met iemand in de nasleep van Nikki's vrijgezellenfeest.

De MPU is op de zaak wanneer een jonge hockeyspeler vermist raakt tijdens een gevecht met een tegenstander op het ijs. Kemi wordt onverwacht herenigd met een gezicht uit het verleden; Nikki bemoeit zich met Braun wanneer Jason dieper in de moorden op autobombardementen duikt.

De MPU is bezig met de zaak wanneer een jonge jongen beweert dat zijn vader door buitenaardse wezens is ontvoerd terwijl ze naar de sterren keken op een afgelegen camping. Jason en Nikki roepen de hulp van Mike in om toegang te krijgen tot de computerbestanden van Braun. Kemi en Helen werken samen en gaan het veld in.