Joe Logan mora no subúrbio com sua esposa e filho. Uma noite a sua casa é atacada por uma gangue de ladrões. Joe acorda em um hospital onde é visitado pelos agentes Mike e Emma do FBI. Eles pedem sua ajuda na investigação.

Higan, ex-Joe Logan, interroga o chefe ninja em uma casa abandonada.

Yamaji responde as perguntas de um de seus tenentes chamado Lil.

Continuando sua investigação sobre os ninjas, Mike usa informações de Emma para rastrear Jason. Ele tem uma vingança contra AUZA e concorda em ajudar a Mike rackeando um dos seus sites.

Aska resgata Higan dos escombros e trata seus ferimentos. Acontece que Aska é Emma, uma ninja que não só foi enviada para se infiltrar no escalão do FBI, mas também foi a misteriosa benfeitora que ajudou Higan.

Joseph sonha em assumir o controle total da infraestrutura energética do país e tem usado a organização ninja de Yamaji como o seu exército privado.

Mike e Jason querem divulgar ao público os dados ultrassecretos que hackearam de AUZA, mas descobrem que não podem porque o HD externo de Emma está codificado.

Joseph envia os seus mercenários para atacar o esconderijo ninja após cortar vínculos com Yamaji. No entanto, Yamaji já esperava isso e contra-ataca enviando seus ninjas para assumir o controle do quartel-general de AUZA.

Higan e Yamaji se envolvem em uma batalha final, na qual Zai também participa. Mike segue seu instinto e o rastreia. Porém, após ser encurralado, Joseph aperta o botão para explodir os reatores de AUZA.