Descubriendo que ambos son similares durante un robo del museo, Catwoman y El Pingüino forman una sociedad para robar dos reliquias valiosas de Egipto. Batman intenta detener a ambos, solo para que el Pingüino venda a Catwoman antes de que ella pueda hacer lo mismo con él. Batman encuentra que las reliquias funcionan con cualquier forma de luz para crear un poderoso arma de haz, lo que le lleva a detener al Pingüino antes de que pueda usar el poder de Ra para nivelar un edificio ocupado en Ciudad Gótica.

Yin y Batman se enfrentan a un nuevo criminal llamado Acertijo, un sujeto que coloca trampas mortales las cuales solo se pueden desarmar si resuelven un acertijo. Obligado a visitar varios lugares de la ciudad que el Acertijo ha manipulado con explosivos, rápidamente se hace evidente que Acertijo tiene un plan mucho más astuto en movimiento que el par pronto tendrá que detener.

Batman descubre que Luciérnaga y Sr. Frío se han unido para robar varias piezas de tecnología en toda la ciudad, incluyendo de Wayne Enterprises. Pronto queda claro que el Sr. Frío planea asegurar que el invierno que la ciudad está soportando sea una estación permanente cuando se pone a utilizar la tecnología y el sistema de calefacción de Gotham para congelar cada bloque de la ciudad, comenzando con el baile de gala de caridad de la policía.

La gente en Gotham se preocupa cuando el Joker decide convertirse en "Batman" e ir tras alguien, no importa quiénes son o qué crimen percibe que han hecho. Buscando un rival, Joker pronto apunta a Batman y le inyecta una nueva mezcla de su gas llamado Joker Venom. Con el veneno pronto comenzando a afectarlo y poniendo su vida en peligro, Batman debe recuperar el veneno con el fin de crear un antídoto antes de planificar la forma de acabar con el Joker, quién pronto se cruza con el Pingüino cuando este último comete un robo de banco.

Una serie de robos menores cerca de los canales de la ciudad y de Gotham Bay, lleva a Batman a encontrarse con Killer Croc, un gran cocodrilo antropomórfico quien recientemente llegó a Gotham. Se hace evidente por lo que robó que Croc planea inundar los distritos de la ciudad que se encuentran por debajo del nivel del mar usando las bombas de agua de la ciudad, con el fin de saquearlas, sin importar cuántas vidas pudieran perderse con su plan. Batman se ve obligado a enfrentar al ladrón antes de que pueda alcanzar su objetivo.

Batman está desconcertado por qué el Pingüino robó un dispositivo sónico que controla a los murciélagos, sin saber que él quería un dispositivo sónico para tener el control de un pájaro grande y raro. El Pingüino consigue más de lo que negocia cuando el dispositivo que robó atrae a Man-Bat y pronto descubre que está bajo su control. Mientras Batman trata con los dos criminales, Alfred se encuentra enfrentándose a una molestia cuando un mapache entra en la Bat-Cave, lo que pronto provoca problemas.

Después de que Batman captura a Ethan Bennett cuando entra en Manicomio Arkham para vengarse del Joker, permitiendo que el criminal payaso escape, Bruce, Yin y el Dr. Hugo Strange testifican en su nombre cuando va a juicio por sus crímenes como Cara de Barro. Bennett está encantado de haber sido puesto en libertad condicional y haber recibido un trabajo en Wayne Enterprises, pero las cosas van cuesta abajo cuando trata de ir tras Joker y se encuentra incapaz de resistir la tentación del estilo de vida criminal.

El Joker se hace cargo de las ondas de Gotham con un canal de televisión sin licencia, a fin de transmitir sus crímenes a la gente de la ciudad. Después de que el alcalde Grange es capturado para ser su primer "co-protagonista", el nuevo compañero de Yin, el sobrio y entusiasta compañero, el Detective Cash Tankinson, se convierte en su próximo objetivo. Batman pronto descubre que intenta rastrear a los rehenes y rescatarlos, pero descubre rápidamente que la señal de TV de Joker es parte de un plan mucho más grande que amenaza la ciudad, ya que su próxima transmisión activará varios dispensadores de gas Joker diseminados por la ciudad y lanzará su contenido sobre la ciudad desprevenida, a menos que pueda apagar la señal.

Batman descubre que tanto él como Catwoman tienen un nuevo problema en la forma de Muñeco de trapo, una contorsionista de triple articulación que busca robar artefactos de valor incalculable. Si bien no son sus alter egos, Selina Kyle opta por hacerse amiga de Bruce Wayne, aunque su velada juntos es efímera cuando el muñeco vuelve a aparecer. Ansioso por vencerlo, Batman decide tender una trampa para atraer tanto a él como a Catwoman, con el cebo siendo algunas gemas invaluables que un gánster escondió en una de las propiedades de la familia Wayne: una torre de reloj.

Es la noche de Halloween, pero hay verdaderos temores cuando Solomon Grundy, una leyenda zombi de Gotham, cobra vida y comienza a perseguir a los descendientes de quienes fundaron la ciudad, robándoles y destruyendo todo lo que poseen. Mientras Batman y Alfred intentan detenerlo, pronto queda claro que Grundy no es todo lo que parece ser.

Yin se encuentra como rehén de el Joker, que se niega a ceder su ubicación cuando es capturada, alegando que saldrá con un gran "pop" a menos que sea liberado. Buscando averiguar dónde está, el Dr. Hugo Strange opta por usar un dispositivo creado por Wayne Enterprises para encontrar las respuestas, pero Batman cree que tiene una mejor oportunidad, y usa el prototipo del dispositivo para entrar en la mente del Joker. Pero pronto descubre que es un lugar peligroso en el que estar, y que podría volverse loco si no tiene cuidado.

Como una forma de resolver una disputa sobre quién reclamará Gotham, El Joker, Pingüino y Acertijo tendrán un concurso para ver quién puede capturar a Batman y descubrir su verdadera identidad. Mientras Batman se prepara para detener a los tres, su aliado en la fuerza policial se ve comprometido cuando Rojas descubre que Yin lo ha estado ayudando. Pronto ella y Batman se encuentran tratando de mantenerse por delante de la policía mientras aprehenden a los tres criminales, aunque puede haber ayuda en la forma del Comisionado de Policía James Gordon, quien cree que solo Batman puede evitar que el Joker, Pingüino y el Acertijo provoquen caos en las calles de Gotham.