Descubriendo que ambos son similares durante un robo del museo, Catwoman y El Pingüino forman una sociedad para robar dos reliquias valiosas de Egipto. Batman intenta detener a ambos, solo para que el Pingüino venda a Catwoman antes de que ella pueda hacer lo mismo con él. Batman encuentra que las reliquias funcionan con cualquier forma de luz para crear un poderoso arma de haz, lo que le lleva a detener al Pingüino antes de que pueda usar el poder de Ra para nivelar un edificio ocupado en Ciudad Gótica.

Batman y la detective Yin ponen en riesgo su alianza secreta cuando tienen que trabajar juntos para resolver una serie de enigmas que han sido esparcidos por toda Ciudad Gótica por el Acertijo, temiendo que el villano cumpla con su amenaza de destruir la ciudad.

El Sr. Frío contrata al mercenario Firefly para que le ayude a poner su malvado plan en acción: generar en Ciudad Gótica un invierno sin fin. Una vez que toda la policía ha sido congelada dentro de la gala benéfica, todo queda en manos de Batman, el único problema es que Bruce Wayne también se encuentra dentro de esa gala.

Un nuevo Batman protege a Ciudad Gótica, pero a diferencia del Batman original, este castiga hasta los crímenes más insignificantes. Detrás de toda esa locura se encuentra el Guason, que después de un tiempo de funcionar como el Caballero oscuro decidirá que necesita a su propio Príncipe payaso del crimen ¿Estará Batman dispuesto a aceptar ese papel?

Hay un nuevo villano en la ciudad. Killer croc ha creado un pequeño equipo de ladrones que tratará de robar todos los bancos de Ciudad Gótica sumergiéndola en el agua. Solo Batman podrá detener a este nuevo enemigo, pero le será necesario usar un nuevo traje para combatirlo.

Cuando las aves de el Pingüino intentan robar un dispositivo que controla a las aves, terminan llevándole en su lugar uno que controla a los murciélagos. Cuando el Pingüino descubre que el dispositivo le permite convertir a Man-Bat en su esclavo personal, lo utiliza para robar a varios bancos en la ciudad. Mientras tanto, Alfred debe hacerle frente a un mapache que ha encontrado un camino hacia la Baticueva y está causando estragos en los equipos eléctricos.

A pesar de una rehabilitación intensiva, Ethan Bennett vuelve a tomar la forma de Cara de Barro con el fin de buscar la venganza contra el Guason, el hombre que lo convirtió en ese monstruo. Ethan Bennett se había sometido a una extensa rehabilitación a cargo del psiquiatra en jefe de Arkham, el Profesor Hugo Strange, para curar su aflicción. Pero Ethan tiene una pequeña debilidad con convertirse, lo que le catapulta a volver a una vida de crimen. Su debilidad es la venganza contra el hombre responsable de su condición. El Guason vuelve a andar libre y ahora es perseguido tanto por Batman como por el ex-detective.

El Guason piratea la señal de tv de Ciudad Gótica con el fin de difundir sus crímenes por televisión como entretenimiento. Cuando el nuevo compañero de la detective Ellen Yin, Cash Tankinson trata de atrapar al Príncipe Payaso del Crimen, cae en una trampa y se convierte en la nueva víctima del Guason. Batman deberá encontrar desde dónde el Guason está transmitiendo antes de que pueda llevar a cabo su plan para hacer que Ciudad Gótica se muera de la risa.

Ragdoll, un contorsionista ultra articulado, y Gatubela cruzan sus caminos al ver que ambos poseen los mismos intereses en varios objetos valiosos, y por culpa de esa obsesión sus caminos también se cruzan con el de Batman. Además, Selina Kyle se hace amiga de Bruce Wayne. Pero cuando Bruce revela que en su torre de reloj se encuentran escondidos los ojos de gato (un par de esmeraldas), Selina capta su nuevo objetivo al igual que Ragdoll, pero todo forma parte de un plan de Batman para detener a ambos villanos.

La leyenda dice que el zombi del pantano Solomon Grundy volverá a Ciudad Gótica en un halloween con un eclipse lunar. Supuestamente, Grundy volverá para vengarse de los descendientes de los fundadores de la ciudad. En la noche de halloween, el eclipse comienza, y Batman deberá enfrentar al monstruo que está causando estragos en Ciudad Gótica. El héroe es escéptico acerca de la leyenda, sin embargo, él debe luchar contra este peligroso villano que está empeñado en aterrorizar a los residentes de ciertos sectores de la ciudad.

El Guason tiene a Ellen Yin como rehén y no le dirá a nadie dónde la esconde. El Prof. Hugo Strange deberá usar un dispositivo que él invento, que le permite al usuario entrar en la mente de la víctima. Batman se adentra en la cabeza del payaso, pero podrá el Caballero Oscuro atravesar la mente del Guason, sin volverse loco?

El Guason, el Pingüino y el Acertijo batallan por el control de la ciudad, hasta que finalmente deciden "resolver" sus diferencias con una competencia, siendo la recompensa el control total de la ciudad a quien logre capturar y desenmascarar a Batman.