Кит Уокер-младший, студент Университета Меттропии, встречает старого друга своего отца, Гурана, который сообщает ему о своем наследии и пытается убедить его стать следующим Фантомом.

Первый героический акт Кита в роли Фантома заключается в том, чтобы помешать корпорации «Максимум» использовать игру виртуальной реальности для промывания мозгов молодым гражданам для устроения беспорядков.

Максвелл Мэдисон-младший создает первый стабильный «фрактальный биот», автомат, изменяющий форму, которому Максим приказывает выдать себя за Фантома и подставить его. Тем временем Джек Арчер, один из профессоров Кита, обнаруживает его подлинную личность.

Фантом и Гуран взламывают виртуальную реальность проекции Кибервилля, планируемой крепости Ребекки Мэдисон. Незаметно для них, Графт нашел способ точно определить местоположение Пещеры Черепа, отслеживая их виртуальный сигнал. Однако осиротевший подросток-кибер-серфер по прозвищу Спаркс также находит способ проникнуть в систему Максимума, и Графт принимает его за Фантома.

Обученная звездная певица Максима, Вайнглория, использует свои гипнотические зеркала, чтобы «промыть мозги» детям городских советников по предложению Ребекки Мэдисон подделать голосование по Сайбервиллу. Кит и Сэган Круз вынуждены отменить свое свидание.

Королева Ниа, свергнутая наследницей престола Египта, выслеживает Фантома, чтобы отомстить за его объединение Африки, но Гуран поражен ее ядовитыми дротиками в места Фантома.

Гуран дарит Киту другое кольцо Фантома, называемое Доброй Меткой, в то время как Графт заманивает Фантома в ловушку, используя поддельные файлы данных об инциденте с нулевым сектором. Но когда Графт обнаруживает, что Ребекка скрывает реальные файлы Сектора Ноль, он крадет их, пытаясь ослабить железную хватку Ребекки над ним.

Ребекке удается частично оживить Максвелла Мэдисона-старшего в теле биота, но, не в силах вспомнить свою смерть, Максвелл похищает своего сына и намеревается восстановить свои воспоминания.

Шон Первый с помощью австралийского криминального авторитета Горды совершает набег на грузовые корабли «Максимум» для получения химикатов, необходимых для его платформы Дамокл, смертельной орбитальной лазерной пушки, которую он планирует использовать, чтобы заставить Землю признать независимость Орбитальных Колоний.

Фантом объединяется с Графтом и Максвеллом-младшим, чтобы не дать Горде и Шону запустить лазерную пушку на платформе Дамокл нацеленную на Метропию.

Спасаясь от Фантома, Максвелл-младший скрывает файл важных данных, украденный у Шона Первого, но свободный фрактальный биот. Хайзенберг натыкается на него и ищет Фантома.

Спаркс узнает правду о том, что случилось с его родителями, в то время как Гуран и Фантом исследуют новую опасную систему безопасности в Сайбервилле: изменяющую форму разумную структуру под названием «Перчатка».

По-видимому, без причины три мирных жителя становятся связанным, сверхмощным сознанием, и у Полиции нет другого выбора, кроме как попросить Фанитома остановить трио от уничтожения Метропии. Для этого Фанитом должен узнать правду об экспериментальном проекте Триады.

Кит потрясен, обнаружив, что люди маскируются под биороботов в попытке получить работу, но еще больше потрясен открытием скрытого ядерного реактора в Сайбервилле, который пропускает радиацию и вредит замаскированным людям. Фантом должен объединиться с Хайзенберг, чтобы остановить неисправный реактор, прежде чем он расплавится.

Пытаясь воссоединиться со своими друзьями в университете, Кит натыкается на заговор Максима, чтобы проверить опасные наноботы, повышающие производительность, на студенческих спортсменах, и узнает, что один из его друзей стал одним из испытуемых Максима.

Графт возглавляет вооруженный рейд по призрачным джунглям, чтобы найти скрытое логово Фантома, и вынужден взять с собой Вэйнглорию.

В пещере черепа получают странное послание из будущего: Фантом 2157 года умоляет Фантома нарушить свое обещание и убить Ребекку Мэдисон на благо всего мира.

Ребекка Мэдисон решает протестировать новый метод передачи мозговых волн на трансплантате, в результате чего Фантом натыкается на некоторые из старых воспоминаний Графта, о его времени в качестве солдата во время ресурсных войнах и его неповиновении Максимуму.

Максвелл Мэдисон-младший оказываются запертым в виртуальной реальности после того, как его неторопливая прогулка через здание «Максимум» выводит Ребекку из себя, и теперь Фантом должен вытащить его, прежде чем он неосознанно уничтожит Метропию со своей несокрушимой, практически контролируемой армией боевых биотов.