Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators aufgrund ihrer Überlegenheit in vielen Bereichen hassen. Der Konflikt eskaliert mit der Vernichtung einer Raumkolonie mittels einer Atombombe durch die Erdallianz. Anfangs zweifelte man nicht an dem Sieg der zahlenmäßig überlegenen Erdallianz, doch die überlegene Technologie der Coordinators macht sie zu ebenbürtigen Gegnern und so stehen seit nunmehr 11 Monaten die Fronten fest und keine der beiden Parteien kann einen Vorteil erlangen.

在人工卫星生活的新人类“COORDINATOR”，在认知世间开始了数十年后…C.E.70.02.11…地球联合与Z.A.F.T.因为经济的摩擦而引起对立，正处于胶着状态，两者试图循外交手段来解决纠纷，但种种问题把两方塞在岔道中，最后终于宣布开战。两派的战与和在所谓的“血染情人节”事件后变成了彻底的战争，情人节期间，人类利用核弹攻击了新人类的卫星，造成大量伤亡。两方势力的全面开战直接导致了一些事件的发生，比如将第三方中立势力拖入战斗，也把一些少年卷入战争的旋涡。基拉·大和是一名的工业大学学生，曾与新人类势力的最高权利人士萨拉议长的儿子阿斯兰是非常要好的朋友，阿斯兰回国后，基拉过着平静的日子。一直到有一天与一帮朋友去学校，却碰到ZAFT军来这里抢夺高达，基拉便因此得以进入高达内部开始驾驶高达，并与自己儿时的好朋友阿斯兰作战。

本作首次將鋼彈系列的舞台放到了名為「宇宙紀元」的世界中，在這個時空下，人類分為在地球土生土長的「自然人」以及被稱為「調整者」的基因改造人類。故事劇情的主要矛盾衝突由自然人對調整者的能力的嫉妒和憎惡派生，進而產生仇恨，最終幾乎所有調整者都移民到了外太空，在由他們自己設計名為P.L.A.N.T的巨大軌道空間殖民地內，自號為「P.L.A.N.T」並過著田園詩般的生活。但是地球和P.L.A.N.T之間最終還是爆發了戰爭。

SEED，全寫為Superior Evolutionary Element Destined-factor，即「高度進化要素遺傳因子」。

C.E.70年2月，由於「血腥情人節」的慘劇，地球方面與P.L.A.N.T.之間的紛爭一口氣升級為正式的武裝衝突。開戰十一個月後，主人翁基拉·大和（Kira Yamato）所在的中立國‧奧布所屬資源衛星殖民地「海利歐波里斯（Heliopolis）」突遭兒時好友阿斯蘭·薩拉（Athrun Zala）所屬的Z.A.F.T.襲擊，他們的重逢成為故事的開端。

P.L.A.N.T.在血腥情人節後發動獨立戰爭，其軍事組織Z.A.F.T.的戰略為散布大量「中子干擾器」至地底下，使地球上多數地區無法使用核能，引發世界性的能源危機。再以新型兵器逐步攻下在赤道附近的質量投射器，以期將地球聯合軍封鎖在地球圈內，再也無法威脅P.L.A.N.T.；由於貌似神話中自食其尾的大蛇，故命名為「Operation Ouroboros」作戰。大戰爆發初期，誰也未曾懷疑過地球軍將以壓倒性的兵力和資源迅速結束戰爭。然而戰爭膠著了近一年，戰況卻是對聯合軍愈發不利，其主要原因之一就是地球軍對Z.A.F.T.的新型兵器‧機動戰士（MS）一籌莫展。

為了挽救戰局，地球聯合中最強大的成員國‧大西洋聯邦早已開發代號「G兵器」的MS，並秘密地委託奧布的國營軍需企業「曙光社」在海利歐波里斯協助建造。Z.A.F.T.的克魯澤隊掌握了此情報，派遣特殊部隊襲擊海利歐波里斯，強奪了正進行出廠作業的「G兵器」五機中之四機。意外被捲入這場戰鬥的工業大學高材生基拉·大和竟遭遇已成為Z.A.F.T.精英的兒時好友阿斯蘭·薩拉。在一片混亂的街道上，基拉意外地乘上了碩果僅存的GAT-X105 Strike。注視著座艙顯示器上的G兵器系統的全寫名稱，基拉不自覺地脫口而出：「GUN…DAM…！」。

C.E (Cosmic Era) 70년. 중립자원위성 헬리오폴리스에서 평화로운 나날을 보내던 키라. 하지만 그곳에서는 지구군 비밀 병기인 ‘G’ 가 만들어지고 있었다. 이것을 눈치챈 자프트군이 ‘G’를 노리고 공격해오고, 키라는 공장으로 피신한다. 그리고 그곳에서 우연히 Z.A.F.T(자프트)군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란을 만나면서 새로운 갈등이 전개된다.

가공의 시대인 코즈믹 이라(Cosmic Era, C.E) 70년대에 일어난 내츄럴(자연 인류)을 대표하는 지구연합군(O.M.N.I.Enforcer)과 코디네이터(유전자 조작을 통한 신인류)를 대표하는 자유조약 황도동맹(Zodiac Alliance of Freedom Treaty, Z.A.F.T)간의 전쟁을 배경으로 소년, 소녀들이 전쟁에 휘말려 들어가는 모습을 그리고 있다.

En el año 70 de la era cósmica, la colonia espacial de Junius 7 es destruida por un ataque nuclear. Es así como empieza la guerra entre ZAFT (Zodiac Alliance for Fredom Treaty) un ejercito compuesto por los habitantes de las colonias, conocidos como coordinadores, humanos mejorados genéticamente, siendo más fuertes e inteligentes; y la alianza terrestre. Un año después los naturales, humanos sin modificaciones genéticas, inician la creación de Mobile Suits capaces de vencer a los Mobiles Suits de ZAFT, sin embargo son descubiertos. Kira un joven coordinador que vive en una colonia espacial de la nación neutral de ORB, vive la invasión y destrucción de su hogar por parte de ZAFT y descubriendo que su mejor amigo de la infancia, Athrun, se convirtió en un soldado de ZAFT. Kira decide proteger a sus amigos piloteando el Gundam, sin embargo eso significaría una cosa: tendrá que pelear contra los coordinadores, entre los cuales se encuentra Athrun.

Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…

Cosmic Era 71. Mankind has developed into two subspecies: Naturals, who reside on Earth, and Coordinators, genetically enhanced humans capable of withstanding the rigors of space who inhabit orbital colonies known as PLANTs. The story revolves around a young Coordinator named Kira Yamato, who becomes involved in the war between the two races after a neutral space colony secretly developing mobile suits for the Earth Alliance is attacked by the PLANTs' military force, ZAFT.

C.E. (Cosmic Era) 70.02.11

Lo scontro tra l'Alleanza Terrestre (Naturals) e Zaft (Coordinators), originata da contrasti economici, ha raggiunto una situazione critica. Infine, i due contendenti hanno optato per l'ultima risorsa della diplomazia: in altre parole, la guerra. La nostra storia inizia circa un anno dopo.

Heliopolis, un satellite appartenente ad una nazione neutrale, viene improvvisamente attaccato dai Mobile Suit dell'esercito di Zaft. L'obiettivo è distruggere i nuovi Mobile Suit "Gundam" dell'Alleanza Terrestre, costruiti in totale segretezza. Il raid ha successo, e Zaft cattura quattro Gundam. Kira Yamato, studente in un college industriale, viene coinvolto nel conflitto quando ritrova il suo vecchio amico Aslan Zara. Tragicamente, Kira scopre che il suo compagno Aslan e gli altri Coordinators sono diventati suoi nemici. Per amor di patriottismo, Kira decide di sconfiggere Aslan. Uno contro quattro... la battaglia dei Gundam inizia!

C.E.71、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトはナチュラルの友人達に囲まれ、中立国オーブの資源衛星ヘリオポリスで平和に暮らしていた。

しかし中立のはずのヘリオポリスでは地球連合軍による新型MSの開発が秘密裏に行われており、その情報を掴んだプラントの国軍・ザフトによりヘリオポリスは強襲を受ける。

悲鳴と兵士や技術者たちの血が飛び交う中を逃げ惑い、思いがけずMS工場に辿り着いたキラは、ザフトの軍人となり新型MS強奪の命を受けたかつての親友アスラン・ザラと再会する。

In dit tijdperk heeft de mensheid zich ontwikkeld tot twee ondersoorten: Naturals, die op aarde verblijven, en Coördinatoren, genetisch verbeterde mensen die in staat zijn de ontberingen van de ruimte te weerstaan ​​en die orbitale kolonies bewonen. Het verhaal draait om een ​​jonge coördinator Kira Yamato die betrokken raakt bij de oorlog tussen de twee rassen nadat een neutrale ruimtekolonie is binnengevallen door de coördinatoren.

W roku Cosmic Era 0071 kosmiczna kolonia Heliopolis pozostaje neutralna w wielkiej wojnie szalejącej w całej galaktyce pomiędzy Koordynatorami, istotami ludzkimi, których cechy biologiczne zostały zmienione przed narodzinami, i Naturals, niezmienionymi ludźmi, którzy pozostają na planecie Ziemia. Głęboka nienawiść Naturals do Koordynatorów wypędziła zaawansowane istoty w kosmos, szukając schronienia w stworzonych przez człowieka koloniach.

Kira Yamato jest koordynatorem i studentem uniwersytetu w Heliopolis, kiedy jego życie zostaje zniszczone, gdy ZAFT, organizacja wojskowa złożona z buntowniczych koordynatorów, atakuje kolonię, próbując ukraść zestaw pięciu najnowocześniejszych wojskowych kombinezonów bojowych znanych jako Gundamy.

A série se passa na "Cosmic Era" (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrestre e do outro ZAFT representando, respectivamente, Terra e PLANT (colônias). Nesta era, a humanidade está dividida entre Naturais, humanos sem qualquer manipulação genética e os Coordinators, humanos alterados geneticamente para alcançar patamares mais altos de desempenho. O ódio entre alguns representantes de ambas as nações é enorme e, assim, uma nova guerra acontece.

Научные достижения позволили человеку досконально изучить генный уровень и научиться его доводить до совершенства. У тех, на ком ставили опыты, появлялись на свет умные дети, обладающие высокими физическими показателями, более сильные, ловкие. Но у других людей они начали вызывать зависть, ведь общество не терпит, когда кто –то отличается от большинства. Между людьми с усовершенствованными генами – Координаторами и Натуралами – обычными людьми, которых генами наделила сама природа, начинается противостояние. Юноша Кира Ямато оказался вовлеченным в эту войну, он пытается спасти себя и своих приятелей, он не занимает ничьей стороны, он намерен помочь выжить тем, кого любит и ценит, и ему все равно будь тот человек Координатор, или же Натурал. Противостояние кажется ему совершенно не нужным, а жертвы бессмысленными, и Кира намерен положить конец этой войне…