Season 0 of 機動戰士高達SEED premiered on March 25, 2004.

Season 1 of 機動戰士高達SEED premiered on October 3, 2002.

C.E.70年，由於「血腥情人節」慘劇的發生，地球方面與P.L.A.N.T.爆發了持續近一年的戰爭。主角基拉·大和所在的中立國奧布所屬殖民衞星「希奈波里斯」（Heliopolis）突遭兒時好友亞斯蘭·察拉（Athrun Zala）所屬的Z.A.F.T.進攻，二位男主角的重遇成為故事的開端。

P.L.A.N.T.在「血腥情人節」後發動的獨立戰爭，其戰略為先將「中子干擾器」散佈至地底下，使得地球無法使用核能，引發世界性的能源危機，再以新型兵器MS逐步攻下在赤道附近的質量投射器，以期將地球聯合軍封鎖在地球內，再也無法威脅P.L.A.N.T.。由於此情況貌似神話中自食其尾的大蛇，故命名為Operation Ouroboros作戰。戰爭爆發初期，誰也未曾懷疑過聯合軍將以壓倒性的兵力和資源迅速結束戰爭，然而戰爭膠着了十一個月，戰況卻是對聯合軍愈來愈不利；其主要原因之一就是聯合軍拿Z.A.F.T.的新型兵器MS一點辦法也沒有。

為了挽救戰局，聯合軍早已嘗試開發屬於自己的MS，代號「G」的機動戰士，並秘密地委託中立國奧布的軍事企業曙光社在「希奈波里斯」進行製造，Z.A.F.T.的古魯謝隊掌握了此一情報，派遣特殊部隊襲擊「希奈波里斯」，更強奪了「G」五機中的四機。在一片混亂的街道上，工業大學的高材生基拉·大和為了保護朋友們，乘上了碩果僅存的「G」開始戰鬥，看着電腦螢幕上顯示「G」一長串的全寫名稱，基拉脫口：「GUN…DAM…！」

戰爭後期，Operation Ouroboros作戰的最後目標原為地球聯合軍所剩唯一的質量投射器所在地巴拿馬宇宙港，但由於P.L.A.N.T.最高評議會議長由主和的希捷爾·古蘭爾改為主戰的柏德·察拉，故目標被改為聯合軍位於阿拉斯加的總部JOSH-A。雖然最後成功攻陷JOSH-A，但Z.A.F.T.卻也中了埋伏失去過半兵力。後來Z.A.F.T.以少數兵力強行攻陷巴拿馬，但最終仍被已建立了MS部隊的聯合軍奪回質量投射器重上宇宙。

回到宇宙的聯合軍以核武攻陷P.L.A.N.T.的前線要塞波亞茲，即將直取P.L.A.N.T.首都。而Z.A.F.T.亦在最後的宙域「亞金‧杜威」投入剩餘兵力展開防衞戰，這場最終決戰的結果是……

Season 2 of 機動戰士高達SEED premiered on October 7, 2004.

C.E.70年，由於「血腥情人節」的慘劇，地球聯合與P.L.A.N.T.爆發了全面的武裝衝突，被稱為「雅金‧杜威戰役（或稱血腥情人節戰爭）」。在這場戰爭中，真·飛鳥家族被捲入大西洋聯邦對奧布的侵攻，撤離途中受到流彈波及，其雙親和胞妹葬身在自己眼前。緊握著唯一的遺物‧妹妹的流動電話，抬頭望着呼嘯飛去的自由高達，真對於戰爭的憎惡以及自身的無力發出悲痛欲絕的嘶吼，失意的他隨後被遣送P.L.A.N.T.。

為時一年半的戰爭直至第二次揚京·杜埃攻防戰落幕，雙方締結「尤尼烏斯條約」後方才平息；然而，一紙停戰條約並無法消除自然人與新人類之間紛爭的火種。停戰後兩年，C.E.73年10月2日。為了和P.L.A.N.T.最高評議會議長基巴杜·戴蘭達的非正式會談，以及Z.A.F.T.新造艦智慧女神號的下水儀式，奧布聯合首長國代表首長卡嘉蓮·尤拉·阿斯巴與其護衛亞斯蘭·察拉一行參訪P.L.A.N.T.位於L7的資源衛星殖民地。然而突如其來地，Z.A.F.T.位於軍械庫一號的新型MS三機遭身分不明者強奪，周圍陷入一片混亂。最後從天而降阻止這一切的是一台全新的高達，其駕駛員見到陷入火海的四周，憤怒地大喊：「又想要挑起戰爭了嗎！？你們這些人！！」他正是成為了Z.A.F.T.戰士的真·飛鳥……！