草薙号和大天使号到达宇宙，前者已顺利完成对接，机组人员为了进行补给和整备，前住因战乱而变成废墟的L4殖民卫星群。

与此同时，拉克丝继续进行秘密反抗活动，向PLANT的市民进行地下广播，影响力之大，就连萨拉议长也感到棘手，并出动MP搜索她的下落，却空手而回。

另一方面，地球上，联合军虽然没能成功夺取奥布的质量加速器，但却夺回了维多利亚基地，开通前往宇宙的途径。击破札夫特军MS部队的地球军乘胜追击，开始将以新型MS部队为主的物资，通过质量加速器逐一射上太空，准备展开大规模侵略作战。阿兹拉埃尔凭着手上三台高达的作战记录，发现自由高达和正义高达拥有的非凡动力的秘密，于是计划将其夺走。

身处大天使号的阿斯兰，坚定了自己的意志，为了问出父亲的真正心意，决定只身前往PLANT。

Cagalli, though grief striken with her father's death, confronts Kira with a mysterious photograph given to her by Lord Uzumi, of a woman with two infants and Kira and Cagalli's names written on the back. On a PLANT, Lacus is still on the run for treason, but broadcasts messages to counter PLANT Supreme Council Chairman Patrick Zala's propaganda. She soon discovers that her father has been assassinated by Patrick Zala.

Alors que le Kusanagi est enfin opérationnel, Kira et Asran tentent de consoler une Cagalli minée par le chagrin et encore sous le choc des révélations que lui a faites son père. Pressé par Mu, Asran confirme son intention de combattre aux côtés de Kira et de ses amis. Pendant ce temps, sur les PLANT, Lacus continue d'organiser la résistance.

宇宙に飛び立ったクサナギとアークエンジェル。クサナギのドッキングも完了し、クルーたちはまず補給と整備のために、戦乱で廃墟と化したＬ４コロニー群へ進路をとる。

その頃プラントではラクスが全市民に向け、地下放送による抵抗活動を密かに続けていた。その影響力にザラ議長も手を焼き、行方を追うＭＰの捜索は全て空回りに終わっていた。

一方地球では、オーブでのマスドライバー奪取に失敗した地球軍が、ビクトリア基地を奪還。宇宙へ上がる手段を手に入れることに成功していた。ザフトＭＳ部隊を破った地球軍の勢いは宇宙へと向けられ、新型ＭＳ部隊を中核に物資をマスドライバーで次々に打ち上げて大侵攻作戦を始めようとしていた。アズラエルは手駒の３機のガンダムとの戦闘記録から、フリーダムとジャスティスの尋常ではない動力の秘密に気付き、それを手に入れようと画策する。

そしてアークエンジェルにいたアスランは、己の決意を固め父に真意を問うため、単身でプラントへと飛び立とうとしていた…。

지구연합본부 달 기지에서는 아크엔젤급의 두 번째 함선, 도미니온의 전투 준비가 한창인 가운데, 나탈 바지룰이 선장으로 임명된다. 한편, 버려진 식민지에 도착한 세 함선 아크엔젤, 쿠사나기, 이터널은 앞으로의 계획에 대해 의논하는데… 마침내 멘델 항구에서 마주친 도미니온과 아크엔젤. 옛 동료들과의 슬픈 운명의 싸움이 시작된다.

Na base na cratera de Ptolomeu a Lua, Dominion, outra nave de classe Archangel, é posta em órbita e faz uma simulação de combate. A cadeira de capitão é ocupada pela tenente Natarle Badgiruel.