En el primer episodio de esta nueva temporada, el mayor de los hermanos Wilkerson deserta de la Armada y se disfraza como una mujer afgana. Pero, Lois viaja a Kabul en su busca.

Lois saca a Dewey de la clase especial, y todos los especiales lo extrañan por lo que se escapan escondiéndose en árboles, hasta que él regrese. Hal conoce a un grupo de fisicoculturistas, a los que les ayuda con asesoría básica. Gracias a los fortachones, los niños son recuperados. Dewey actúa berrinchudamente para poder regresar con el grupo especial.

Hal recibe toneladas de basura en su jardín después de que él haya tirado un poco en la casa del basurero, después de que este se negó de llevarse una caja refugiadora de gatos. Craig pone un anuncio de un conserje negro y Lois lo quita porque le parece ofensivo. Dewey se imagina que ha nevado.

Hal decide festejar el día de Pearl Harbor junto con Dewey, pero su vecino le hace rivalidad, así que Hal tiene una sorpresa para él. Jessica les hace creer a Malcolm y a Reese que uno de los dos es gay.

Kitty, la mamá de Stevie regresa diciendo que «quiere volver» y comenta que vivió una vida loca y que llegó a ser estrella porno, pero Lois la rechaza, pero todos se sorprenden al ver que Stevie y su padre la aceptan y tratan a Lois como la villana. Reese se quema la piel y después empieza a quitársela hasta el punto de obsesionarse y decir que es el sueño de su vida. Stevie dará un discurso por ganar un premio pero Reese lo arruina todo por que no le prestan atención. Francis viene de visita para el cumpleaños de Dewey, donde aprovecha la ocasión para iniciarlo en la "Hermandad Completa", que únicamente trata de hacer cosas asquerosas como beber hormigas o comer desperdicios del refrigerador, solo para darle gusto a él. Dewey, tarde, se da cuenta de esto y se enoja con Francis.

Toda la familia le da un regalo de Navidad casero a Hal, pero él no tiene un regalo de Navidad que darle a su familia, así que los saca a dar varias vueltas por la ciudad para pensar en lo que les va a regalar. Malcolm descubre que es el menos apreciado de sus hermanos por sus padres y trata de arreglarlo, pero Dewey descubre que compró los regalos de Navidad con su tarjeta de crédito. Hal logra quitársela e invita a toda la familia a esquiar en nieve.

Hal camina dormido por preocupación a comprarle el regalo de aniversario a su esposa, cosa que Reese aprovechará. Malcom compra una guitarra eléctrica para poder dominarla, solo para saber que aprendió la tonada de un comercial de televisión. Los compañeros de la clase especial de Dewey, Hanson y Zoey, son nominados por objeto de burla a presidente de la clase. Dewey se da cuenta de eso, y nomina también al chico que quería burlarse de ellos.

Lois tiene problemas por el comportamiento de Jamie, está fuera de control. Los chicos meten un trampolín para piscina al patio de su casa, y a ninguno se les ocurre què hacer con èl. Lois piensa que ha fracasado en su forma de ser madre y junto a Hal, llaman a Francis para que con sus recuerdos de infancia le ayude a volver a ser la misma. Al final lo consigue, y Francis queda perturbado al recordar que Lois quemó al "Señor Peluche", su osito favorito. La razón por la que Jamie se portara así es porque Reese le daba en el biberón bebida energética.

Con el dinero que ha ganado junto a Reese, por hacer apuestas ilegales en el hipódromo, Malcolm compra un auto usado y en muy mal estado, al que le dedica mucho tiempo y dinero. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal descubre que tiene habilidades para el cabello, por lo que abre una estética en la casa, completamente gratuita.

Después de que Lois sorprendiera a los muchachos vandalizando con aerosol un anuncio de lencería, ellos fingen defender los derechos de las mujeres y se vuelve un escándalo, y Lois tratará de jugarles varias trampas para que bajen de ahí. Una artimaña de Lois arruinará sus planes. Mientras, Hal esquiva a una mujer que le reclama una deuda.

Hal se enoja con Lois por haber comprado un colchón nuevo por ser muy grande. Lois le confiesa que sufre de gases. Dewey toma ventaja de la pelea y compone una ópera sobre la pelea que hay entre sus padres. Stevie tiene una revista de deportes extremos, Reese le quita la revista diciendo que es triste porque no le sirve a Stevie por ser invalido, mira un trineo callejero y se anima a construir uno con Malcolm ocultándoselo piadosamente a Stevie. Este último juega en las calles y siempre es desestabilizado por alguien que cree que es un millonario, sin saber que se trata de Stevie. Al final hace una apuesta con el y justo antes de empezar la carrera, se da cuenta de que es Stevie y se atrasa un poco en su salida, perdiendo con el la apuesta. Al final de la carrera, Stevie pasa por una rampa y se estrella contra un árbol, después de volar un poco.

Por medio de un testamento, Hal se convierte en la albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío lo que lo deja completamente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Hal y Lois descubren que no tienen tiempo para contarse nada, por lo que Hal y sus hijos les construyen una cabaña tiki. Pero después de pasar tanto tiempo solos ellos dos, Lois le confiesa a Hal que no cree en el cielo, lo que desconcierta a Hal que pensaba que estarían juntos por toda la "eternidad". Malcolm es extorsionado por Herkabe para unirse a un club de adolescentes que realizan obras de beneficencia. A Malcolm le encargan organizar una subasta, donde solo se subastan cosas sin valor, pero él se encarga de hacerla màs interesante para demostrar que no es flojo ni egoísta. Reese se convence que Jamie es tonto al igual que él, pero es exactamente todo lo contrario.

Después de salvar a Dewey de ser atropellado por un camión, Ida pierde una pierna. Incentivados por una noticia graciosa en el periódico, Malcolm y Reese tratan de pegarse la cabeza, el uno al otro, con un líquido adhesivo súper fuerte. Dewey tiene la conciencia intranquila por no poder hacer nada por la abuela, así que le hace un funeral a su pierna, pero Hal le compra un perro que termina comiéndosela. Mientras tanto, Lois trata de convencer a Francis de que se quede unos días cuidando a la detestable de Ida.

Dewey invita a Chad a dormir en su casa haciendo que Hal se oponga a que él venga, por otra parte Hal le oculta a Lois el repugnante secreto de que le tomó una foto de ella totalmente desnuda después una noche de fiesta en donde estaban totalmente ebrios, pero como Chad tiene la extraña obsesión de "ordenar las cosas iguales", toma el sobre donde está escondida la foto y la pega sobre la espalda de Lois. Hal revela su trastorno obsesivo-compulsivo a Dewey.

Francis viene a casa a celebrar su cumpleaños, para que Hal cumpla su promesa de llevarlo a pasear en moto cuando cumpla 21, lo cual Lois no le permite pero lo descubre cuando pasean en la casa y luego se escapan. Hal le sugiere a Francis que lo golpee para que no sepan a dónde fueron. Lois se pone a beber con Piama, y hablan mal de los hombres. Malcolm, Dewey y Reese descubren que Randy los busca para golpearlos, pero Malcolm es el único que termina ileso porque Randy buscaba a otro chico. Por venganza, Reese y Dewey golpean a Malcolm.

Mientras toma junto a Lois los turnos de madrugada en el Lucky Aide, Malcolm descubre que allí vive un hombre hace tres años, le promete no revelar su secreto si lo ayuda a conquistar a una chica linda que trabaja con el en el supermercado. Reese trabaja con un exterminador de insectos, el cual le da una caja llena de orugas para que las reparta en todos los jardines de su vecindario, pero le da lástima dejarlas, así que las guarda en su casa y Lois tratará de tirarlas a la basura. Al final, las orugas se convierten en mariposas y Reese se trauma con el sonido de sus aleteos, por lo que Dewey aprovechará para jugarle bromas. Dewey, después de varios días ocupando la cama que comparte con Malcolm, se queja con Hal de que ya no es el más pequeño de la familia, solo se sintiò asì porque siempre compartió la cama con Malcolm.

Lois visita a Ida, pero sus amigas la obligan a preparar una tarta gigantesca, la cual nunca termina por que no logra prepararla correctamente, provocando que Lois se enoje con su madre. Ida hace su baile tradicional junto con Lois. Malcolm le pide ayuda a Dewey para su curso de apreciación musical de la escuela, pero en una riña, provoca que Dewey quede sordo por escuchar música con volumen alto. Dewey se venga de él haciéndole lo mismo.

Hal es obligado a tomar un seminario motivacional en su trabajo, donde a todos los desmotivan, pero todo cambia cuando se hace el líder. Como historia secundaria, Reese juega con una jauría de perros y se hace el líder.

Malcolm es obligado a usar zancos para poder repartir volantes del Lucky Aide, después de que despidieran a Sam un empleado que últimamente estaba ebrio y usaba anteriormente los zancos, pero éste se vengará de Malcolm armando sus propios zancos y retando a Malcolm en un duelo para poder recuperar su trabajo. Reese empieza a tomar pastillas experimentales y termina robando un caballo de la policía montada. Dewey descubre que Jamie encontró el collar de perlas de Lois que Francis escondió antes de irse a la escuela militarizada, y se alía con él.

La clase de especiales toma de rehén a su profesor cuando amenaza a Chad por morderlo. Dewey no los puede ayudar por estar divirtiéndose con Francis. Reese estudia para sus exámenes. Hal se hace presidente del vecindario y Malcolm es su asistente. Estrella invitada: Jennette McCurdy.

Los muchachos inscriben accidentalmente a Lois en un concurso de belleza y Hal empieza a preocuparse por eso. Todas las participantes odian a Lois. Malcolm es nuevamente chantajeado por su maestro de la escuela, el profesor Herkabe, que es jurado en el concurso, obligándolo a enviarle notas amorosas a una de las concursantes. Al final Lois gana en primer lugar, gracias a su gran talento para silbar. Mientras que Reese, que había robado el libro de las reglas del concurso de belleza, se convence por lo que ha leído que es hermoso. Pero se pone triste cuando le revelan que "es hermoso" porque tenía dotes de una mujer de 40 años.