Reese è ancora nell'esercito, e Lois vuole andare a recuperarlo: la donna riuscirà a persuadere il sergente istruttore del figlio e a scoprire dove è stato spedito. Venderà l'auto di famiglia per acquistare un biglietto aereo per Kabul. Reese, tuttavia, appena toccato terra, si spaventa e scappa: tra un'avventura e l'altra (tra le altre cose si finge donna), finisce in India. Incredibilmente la madre gli si presenta davanti per riportarlo a casa. Malcolm, di contro, si sente responsabile per averlo fatto scappare e inizia un periodo di volontariato all'ospedale: anche quest'esperienza finirà male. Reese tornerà a casa e, dopo un breve abbraccio con i fratelli, si unirà a loro per l'ennesimo scherzo.

Hal deve trovare lavoro: per passare il tempo porta Jamie al parco e qui conosce un gruppo di aitanti culturisti. Subito diventa il loro capo, perché risulta il più intelligente, e li sfrutta facendosi trascinare l'auto (che è un rottame). Dewey non è più obbligato a stare nella classe differenziale, ma i compagni di classe si sentono perduti senza di lui. I bambini scapperanno andando a vivere sugli alberi, dove Dewey stesso li aiuterà con cibo e vettovaglie. Per trovare i bambini scomparsi, Hal assolda il suo gruppo di culturisti che trovano casualmente i compagni di Dewey. Quest'ultimo capisce che senza di lui sono persi, e si finge impazzito per essere riammesso nella classe speciale. Hal riceve una telefonata d'assunzione da un'azienda, e deve salutare i suoi amici "gorilloni".

Hal costruisce una struttura-gioco gigante per gatti, Lois non vuole avere un gatto e Hal è costretto a buttarla. Ma il netturbino non prende la struttura perché troppo grande. Così inizia una battaglia in cui i due si scaricano rifiuti l'uno nel giardino dell'altro, battaglia che coinvolge anche Reese. Lois è stata riassunta al Lucky Aide in prova. Viene esposta una sagoma pubblicitaria raffigurante un inserviente nero con delle birre in mano, sagoma che Lois reputa terribilmente razzista, e ordina a Malcolm di rimuoverla ma il ragazzo rifiuta, per seguire gli ordini del capo. Alla fine Lois deciderà che tenere quella sagoma è giusto (proprio mentre Malcolm voleva invece rimuoverla), dopo uno scambio di battute con una collega, la quale riteneva giusta la rimozione perché attirava troppi neri al negozio. A questo punto Malcolm va in crisi: se rimuove la sagoma, sembrerà spirito di contraddizione; se la lascia lì darebbe ragione alla madre.

Hal è in una guerra personale con un vicino, e decide di costruire una rappresentazione della battaglia di Pearl Harbor. In questo si fa aiutare da Dewey, il quale deve comporre un tema su di lui, "il mio eroe". Ma Hal scoprirà che Dewey ha riempito di menzogne il tema, perché Hal in fondo è un inetto. Così i due non collaborano più al progetto. Jessica inizia a frequentare la casa, come al solito mette zizzania tra Malcolm e Reese, tanto da convincere lois a portare tutta la famiglia a vedere "Mamma mia": inoltre dice ai due fratelli, separatamente, che l'altro è gay. Quando i due lo scoprono, passano al contrattacco e tramite un trucchetto convincono la madre che Jessica abbia una storia con Malcolm. Finirà che lei ufficialmente sarà bandita dalla casa, ma Lois già sa che, facendo così, i suoi figli faranno entrare di nascosto la ragazza.

Al compleanno di Dewey sono invitati Abe e Stevie: si parla, tanto per cambiare, di Kitty e del fatto che a quanto pare si sia data alla pornografia. Inoltre, Stevie deve vincere un premio per la gentilezza, e tutti si complimentano con lui. Quando i due amici si allontanano, Lois vede Kitty che spia dalla finestra: la donna vuole tornare dalla sua famiglia, ma Lois decide di non appoggiarla, dopo i due anni di assenza. A sera tarda arriva Francis, che vuole iniziare Dewey alla "fratellanza", una scusa per sfruttarlo e prenderlo in giro. Il giorno dopo la festa, Abe arriva adirato a casa della famiglia: Kitty è tornata a casa e lui l'ha accolta, ma non ha gradito il fatto che Lois non abbia aiutato Kitty. Malcolm aiuta Stevie con il discorso di ringraziamento: registra la voce dell'amico e taglia le parti in cui si sente il suo asma, rendendo più fluido e veloce l'ascolto.

È Natale, ma la famiglia non ha abbastanza soldi per i regali, inoltre Lois rompe l'auto, pertanto si decide di realizzare dei doni fatti in casa, a costo zero. Ai festeggiamenti partecipano anche Francis e Piama. I ragazzi regalano ai genitori oggetti bellissimi, mentre Hal ha preparato solo dei "buoni per un abbraccio". Il padre di famiglia convince gli altri che il regalo sia chissà dove, e partono tutti senza alcuna meta. Si scopre che Malcolm ha una carta di credito segreta, con la quale ha acquistato i regali: Hal si finge sorpreso e tradito e la famiglia utilizzerà la carta di Malcolm per andare in montagna. Durante il viaggio in auto si scopre, inoltre, che Francis ha perso il lavoro al Grotto.

Hanson e Zoey, due compagni della classe speciale di Dewey, ricevono la proposta di candidarsi come capo del Consiglio Studentesco da parte di Kyle, un bambino "normale": Dewey intuisce immediatamente che Kyle vuole deridere gli altri due, e propone il suo nome a un professore: Kyle dunque concorrerà per non essere battuto da due della classe speciale. Alla fine Hanson verrà acclamato dalla folla di ragazzini semplicemente per l'uso di volgarità varie. Non si sa chi vincerà, alla fine. Malcolm compra una chitarra, ma compone una canzone che si rivela essere già stata scritta anni addietro. Restituirà lo strumento dopo aver capito di non aver alcun talento musicale. Hal diventa sonnambulo per lo stress di cosa regalare alla moglie: Reese sfrutta la condizione del padre per ottenere aiuti e regali. Alla fine sarà Lois a soggerire al marito i regali perfetti.

Jamie cresce, e diventa un bambino pestifero: scappa dalla madre, non mangia, arriva addirittura a buttare addosso a Lois una credenza. I ragazzi trovano un trampolino, e Reese impazzisce per trovare qualcosa di divertente ma stupido da fare con lui. Si scopre che lui si sente crescere, e potrebbe essere l'ultima occasione per fare qualche stupidata. I genitori chiamano Francis per trovare aiuto (è sempre stato considerato il loro figlio peggiore) e tramite i suoi ricordi d'infanzia scoprono che Lois lo ha traumatizzato bruciando il suo orsacchiotto per fargli capire che il fuoco può far male (e facendosi lei stessa male a una mano). Si scopre anche che, un tempo, era Lois il genitore debole, mentre Hal era l'"orco cattivo". Malcolm e Dewey aiutano Reese trovando un gioco stupido da fare col trampolino, ma appena quest'ultimo mette piede sul primo gradino, il trampolino gli crolla addosso.

Malcolm acquista un'auto, che in realtà è un rottame: per ogni nuovo pezzo che le monta ce n'è un altro che si rompe. Arriva quasi ad esserne ossessionato, così Reese e Stevie chiamano la "Automobilisti Anonimi". Finirà che Malcolm rimarrà rinchiuso in auto nel garage, e rischia di morire soffocato dai fumi di scarico, ma verrà salvato da Stevie. Hal, per caso, scopre di essere bravissimo a tagliare i capelli e svolge questa professione in casa, ma gratuitamente. Per caso, la moglie del capo di Lois viene a farsi tagliare i capelli e si scopre che ha una relazione con Craig. Quando l'uomo si dichiarerà a lei, si scoprirà che aveva anche una seconda relazione clandestina.

Hal sgrida i ragazzi perché passano il sabato pomeriggio in casa: a loro viene in mente di salire su un cartellone pubblicitario per imbrattarlo e scriverci "Io voglio Reese" (I want Reese). Quando la madre li scopre, loro corrono ai ripari: invece che scriverci "I want Reese", scrivono "I want respect", attirando così i gruppi femministi della zona in manifestazione. Lois fa di tutto per farli scendere.

Lois e Hal litigano perché lei compra un materasso matrimoniale più grande: Dewey approfitterà di ciò per scrivere un'opera su questa storia. Malcolm e Reese costruiscono uno slittino da strada, ma vengono sempre battuti da un corridore misterioso, che si scopre essere Stevie: scommettono l'un l'altro del denaro, e vince Stevie.

All'insicuro e indeciso Hal viene assegnato un compito: un vicino ha lasciato scritto nel testamento che sarebbe toccato a lui decidere se staccare o meno la spina in caso di coma. Hal passa tutta la puntata nell'indecisione, ma alla fine trova una soluzione che non viene rivelata allo spettatore. Craig si presenta ai ragazzi chiedendo di essere "addestrato" al combattimento sporco: si scopre che gli serve da usare contro il padre, un uomo atletico e fissato con il fitness, che vuole cedergli una catena di palestre, ma a Craig non interessa. Proprio quando quest'ultimo è sul punto di cedere, Malcolm trova una foto di sua madre, grassa come Craig stesso, il che cozza con la versione datagli dal padre secondo cui anche la madre era molto atletica. Craig e suo padre si separano.

Hal e Lois scoprono di parlare pochissimo durante il giorno a causa dei numerosi impegni di entrambi. L'uomo decide quindi di creare una "ora del Tiki", in cui la coppia può rilassarsi nel garage addobbato stile hawaiano senza scocciature di sorta. Qui si scopre che, mentre Hal crede nel Paradiso, Lois ritiene che la vita sia solo quella terrena, e Hal rimane molto offeso.

Ida è a casa, e fa il primo gesto di generosità della sua vita: salva Dewey da un camion, rimettendoci una gamba. La donna deve tornare a casa ed essere accudita dall'odiato nipote Francis, ma i due trovano un punto d'unione: invece di litigare, discutono di quanto sia opprimente e fastidiosa Lois. Malcolm e Reese vogliono trovare un momento di debolezza dell'altro per incollargli la mano alla faccia, arrivando a non dormire. Finirà che s'incolleranno da soli al pavimento. Dewey vuole fare un funerale alla gamba della nonna, ma la gamba verrà mangiata da un cane che Hal ha portato a casa.

Malcolm e Reese scoprono di essere degli emarginati: gli altri ragazzi non li invitano mai alle feste né li avvisano di quando saltano le lezioni. Fanno un esame di coscienza e pensano che tutti siano solo invidiosi della loro saccenza e violenza. Si presentano a una festa mascherati da mostri con l'intenzione di spaventare tutti, ma l'intento fallisce (stanno tutti pomiciando). Si rompe il frullatore, e Lois cerca la garanzia, finita chissà dove. Inizia a cercarla disperatamente, perché la garanzia è a vita. Dewey invita un suo compagno di classe, Chad, che è fortemente autistico: ordina tutti gli oggetti di casa per tipo (le scarpe tutte assieme, le lampade, i libri...), arrivando anche a colpire con un'accetta i vestiti per dividerne i pezzi per colore. Dewey entra in urto col padre che non voleva il ragazzino in casa, ma è proprio il padre a calmare Chad, mostrandogli un libro in cui aveva iniziato a riempire tutti i buchi delle lettere.

È il giorno del ventunesimo compleanno di Francis, e quest'ultimo si ricorda di una promessa fattagli dal padre: un viaggio in moto proprio in occasione del ventunesimo compleanno. Il problema è che Lois non vuole che Hal torni in moto, le considera troppe pericolose. Per sbaglio le due moto vengono portate a casa invece che al distributore di benzina indicato, e i due sono costretti a scappare dalle ire di Lois. La serata risulterà ottima, e si scoprirà che Francis è diventato astemio. Hal si abbatte perché Francis fa un sacco di cose senza di lui. Prima di tornare a casa, per dare ragione alle mogli sulla pericolosità delle moto, e quindi attenuarne la rabbia, Hal rompe il naso a Francis il quale rompe un dito al padre.

Reese lavora un giorno come disinfestatore, ma siccome il suo capo viene arrestato, gli rimane una scatola con mille bruchi. Alla fine della puntata si trasformeranno tutti in farfalle nella sua camera da letto. Malcolm conosce Wendy, una ragazza che lavora anch'essa al Lucky Aide, e sembrano piacersi. Lavorando in un turno di notte (ovviamente con Craig e Lois) Malcolm scopre che un uomo si è stabilito nel minimarket, tra gli scaffali. L'uomo, tuttavia, non ha mai rubato nulla, anzi, ha spesso aiutato Craig a non strozzarsi mangiando dolcetti. L'uomo da inoltre dei consigli a Malcolm su Wendy. Quando Lois scopre della sua esistenza, avvisa tutti di aver chiamato la polizia, ma appena termina il suo turno se ne va come nulla fosse. Malcolm sciorina tutte le cose che sa su Wendy alla ragazza stessa, che si spaventa credendolo un maniaco.

Reese, pulendo il giardino dai rifiuti, fa amicizia con un branco di cani nel quale entra, stupendo Malcolm. Reese impazzisce, inizia a comportarsi da cane e a compiere scorribande con loro. Arriverà a esserne il capobranco e ad essere arrestato per essere entrato in un pollaio. I cani sono stati poi castrati. Hal partecipa a un seminario motivazionale: il retore deve andarsene all'ultimo dopo aver sconvolto tutto l'uditorio, ed è proprio Hal, distrattosi a disegnare, a risollevare il morale di tutti senza neanche accorgersene. Presto diventa lui retore dei seminari, dicendo però sciocchezze e parole a vanvera ma riscuotendo comunque molto successo. Dewey "tradisce" Lois frequentando un'altra mamma: Lois si offende come un'amante tradita.

Al Lucky Aide viene licenziato Sam, l'uomo sui trampoli, l'attrazione del negozio, e Malcolm diventa il nuovo uomo sui trampoli. Sam si ripresenta al Lucky Aide sui trampoli, e qui ingaggia una lotta col ragazzo. Alla fine, si scopre che Malcolm aveva trovato un lavoro al circo per Sam. Jamie trova una collana, che a quanto pare fa parte del cosiddetto Tesoro, una serie di gioielli di Lois che Francis nascose prima di partire per l'accademia militare. Siccome la ricompensa per il Tesoro andrebbe divisa tra i tre ragazzi, Dewey chiede al muto Jamie di trovare tutti i "pezzi del Tesoro" per tenere la ricompensa per sé. I due finiscono i casa altrui, venendo ripescati da un poliziotto.

Malcolm e Hal partecipano a una riunione dell'assicurazione di quartiere a cui però non partecipa mai nessuno da vent'anni: il legale è disperato e Hal, dietro suggerimento di Malcolm, diventa il nuovo presidente dell'associazione. Malcolm arriva ad amministrare un conto di più di 83.000 dollari sfruttando l'inettitudine del padre, ovviamente utilizzando il denaro per idee personali. Il progetto andrà a monte perché Hal scrive dei volantini con un elenco di regole per non aver abbracciato il figlio, per non tenere il giardino in ordine e altre assurdità: il quartiere si ribellerà. Francis vuole provare con Dewey dei giochi per un campeggio estivo, e torna a casa. Questo però cozza con l'impegno che Dewey ha verso i suoi compagni di classe squilibrati, i quali chiedono sempre aiuto a lui per qualsiasi cosa. Un giorno in cui Dewey è con Francis, però, i compagni legano e imbavagliano il professore, che faceva loro costruire portachiavi con i laccetti.

Malcolm, Reese e Dewey iscrivono per scherzo Lois alla parata delle Miss delle tre frontiere, una sfilata di donne sposate: Lois decide di partecipare per sentirsi migliore della sorella Susan, ex modella e partecipante di fiere simili. Alla parata è presente anche Herkabe in veste di giudice, che non perde occasione per sfruttare Malcolm minacciandolo di non far vincere Lois, ad esempio facendogli portare bigliettini alle varie partecipanti. Reese ruba un manuale di bellezza per i giudici e leggendolo si ritiene bellissimo, dimenticando che i parametri sono per donne di mezza età. Per questo si mostra ad una esperta di moda lì presente convinto di poter intraprendere una carriera da modello, ma è solo una sua illusione.