En pleine crise d'adolescence, Malcolm se morfond, et la perspective de passer la journée au zoo ne l'enchante guère.

Malcolm entre au lycée. Une occasion inespérée pour lui de ne plus être étiqueté « tête d'ampoule ».

Toute la famille est invitée par Claire, la sœur de Hal, pour l'anniversaire de leur père Walter.

Malcolm a des vues sur Alison, une élève du lycée. Mais sa technique de séduction est bien trop élaborée, d'autant plus qu'Alison ne comprend absolument rien au second degré.

Hal tient à offrir à Malcolm une bande dessinée pour son anniversaire. N'y connaissant rien, il fait appel à Craig.

Malcolm donne des cours de rattrapage à des élèves en difficultés. Il rencontre Nikki, avec qui il entame très vite une relation.

Renvoyé pour insolence par l'entraîneur de l'équipe de basket-ball, Malcolm décide de tenir sa langue au lieu de répondre systématiquement à toute remarque.

Au moment de partir de la maison familiale où elle était hébergée, Isa glisse sur une feuille d'arbre et se blesse, prolongeant de fait son séjour.

La famille passe la journée au centre commercial. Hal doit en profiter pour trouver un cadeau de Saint-Valentin.

Lois profite d'un long trajet en voiture avec Malcolm pour lui faire son éducation sexuelle.

Enceinte, Lois est partie se reposer chez sa sœur. Du coup, c’est Hal qui gère la maison, aidé par Craig.

Pour joindre les deux bouts pendant le congé de sa femme, Hal est obligé de cumuler deux boulots…

Hal profite de l’absence de Lois pour revoir Larry, son meilleur ami de jeunesse.

La famille cherche une solution pour financer les travaux de la chambre du bébé. Ils organisent un vide-grenier.

Malcolm est enrôlé contre son gré par M. Herkabe à un concours de connaissances inter-écoles.

Lois et Hal se lèvent en pleine nuit pour rédiger leur testament, dans le but de faciliter les choses au cas où il arriverait le pire.

À l'approche de l'arrivée du bébé, Lois et Hal s'offrent un dernier week-end en amoureux.

Malcolm est provoqué par un joueur d’échec de la cinquantaine nommé Léonard.

Pour leur changer les idées avant la venue du bébé, Hal décide d’emmener ses fils au salon de l’automobile...

À peine Hal et les garçons libérés par la sécurité du salon du mariage, Hal a un accident qui le mène directement à l’hôpital…

Lois a urgemment besoin de quelqu’un pour s’occuper du bébé. Lois a alors l’idée de joindre la famille à une communauté religieuse.