Malcolm è depresso e la famiglia va allo zoo.

Malcolm arriva finalmente al liceo ma grazie a Lois, che gli rovina dal primo giorno la reputazione, tutti gli danno il soprannome di Macchia così è costretto a tornare con i suoi amici "secchioni" delle medie.

Malcolm e la sua famiglia vanno a trovare il suo ricco nonno, il padre di Hal, trovando anche il resto dei parenti. Reese e Dewey fanno a gara con il resto dei figli dei parenti per accaparrarsi la ricca eredità conquistando la simpatia del nonno. I parenti però cominciano a manifestare la loro antipatia per Lois, al punto da escluderla dalla foto di famiglia. Ogni volta però che Hal tenta di parlare di questo con suo padre, egli evita sempre di affrontare i problemi con facce buffe e solletico, così come si scopre ha fatto con Hal fin da quando era bambino.

A Malcolm piace Alyson la sua vicina di armadietto, ma alla ragazza lui non piace perché è troppo intelligente. Così Malcolm segue i consigli di Reese e diventa un idiota. Intanto Francis litiga con un truffatore per salvare il ranch di Otto.

Malcolm e Reese si fanno i dispetti l'uno con l'altro. Intanto Francis deve affrontare una mucca di una leggenda.

Malcolm esce furtivamente con una ragazza il cui padre lo detesta.

Hal e i ragazzi vanno a trovare Francis al ranch.

La madre di Lois scivola e decide di fare causa a Hal e Lois.

Lois immagina come sarebbe la sua vita se avesse avuto delle figlie.

Lois dà lezione di educazione sessuale a Malcolm durante un lungo viaggio.

Hal caccia da casa Malcolm perché si comporta male.

Hal ottiene un secondo lavoro da "U-Buy It".

Hal incontra Larry, un vecchio amico del liceo che non è cambiato.

Lois incarica Reese di occuparsi del mercatino di famiglia.

Il sig. Herkabe costringe Malcolm a partecipare all'Octathlon accademico.

Hal e Lois ripensano a ciò che i ragazzi hanno fatto passare loro.

Reese da una festa mentre Lois e Hal sono via per il fine settimana.

Malcolm conosce un uomo di mezza età depresso con cui ha molto in comune.

Lois va in travaglio, Hal e i ragazzi sono a una fiera di abiti da sposa.

Un ansioso Hal si schianta in auto cercando di tornare a casa da Lois.

L'asilo nido di una chiesa accetta il bambino di Lois a caro prezzo.