Malcolm, cuya frenética casa parece una especide de zoo, empieza su cuarta temporada llevando a su familia… al zoo. Una vez allí, Hal se pone celoso de un antiguo novio de Lois; mientras, Dewey y Malcolm caen en la jaula de los tigres y Reese se da golpes con una cabra.

Malcolm recibe grandes humillaciones durate su primera semana de clases en secundaria. Mientras, Dewey disfruta de su primera semana solo en casa, y Francis descubre el padecimiento de trabajar para un jefe demasiado permisivo.

Cuando Lois es insultada repetidas veces en una reunión de la familia de Hal, los chicos planean la venganza y Hal se ve obligado a hacerle frente a su evasivo padre.

Malcolm se siente atraído por una chica, Allison, y descubre que nunca la conseguirá porque es demasiado intelectual para ella. Por eso pide ayuda a Reese, y acaba consiguiendo lo que quería: comportarse como un perfecto idiota para llamar la atención de la chica.

Mientras Malcolm y Reese se enfrentan en una creciente batalla de venganzas, recuerdan la cadena de sucesos que dio inicio a su guerra. Por otro lado Dewey se prepara para la obra de teatro de la escuela, y Francis y Otto temen a la Vaca Diablo.

Malcolm se escapa para verse con una chica cuyo padre lo detesta. Mientras, Hal y Lois se vuelven más productivos cuando no pueden tener sexo durante una semana, Dewey descubre que es un “mellizo malvado”, y Francis media en una disputa entre Otto y sus vecinos.

Malcolm trata de no decir todo lo que piensa. Por otro lado, Hal comienza a hacer marcha aeróbica, y Reese va a una cita con su novia... y con Craig.

Durante una visita al rancho de vacaciones donde trabaja Francis, Hal no puede evitar sentirse decepcionado del éxito de Francis. Por otro lado, Reese y Malcolm temen que Francis se haya convertido en un adulto demasiado responsable.

La abuela de la familia cae por las escaleras y se rompe una clavícula, por lo que querrá demandar a su hija y a su yerno por el dolor y el sufrimiento causado. Pero hay más noticias: Lois está embarazada.

Muy nerviosa por una pelea entre los chicos, la preñada Lois considera las consecuencias de criar a otro niño. Por eso fantasea que sus indisciplinados hijos se convierten en niñas muy educadas. Malcolm se convierte en Mallory, Reese en Renee y Dewey en Daisy.

Lois sabe que Malcolm está saliendo con Nikki, por lo que, de camino a casa de su hermana, decide darle una lección sobre sexo.

Tras la marcha de Lois, Malcolm y Hal tienen una gran pelea que acaba con la expulsión de Malcolm de casa. Malcolm se va a vivir a casa de su novia mientras Hal se desesperará por encontrarlo.

Los chicos se quedan al cuidado de Jessica, una chica de 16 años a quien ignoran completamente. Pero poco a poco Jessica se va haciendo con el control de la situación hasta el punto de ser capaz de hacer lo que quiere con ellos.

Mientras Lois sigue de viaje, Hal le cuenta a los chicos que su viejo amigo del colegio Larry vendrá a casa a visitarlo y les prohíbe decírselo a su madre.

Lois regresa de casa de su hermana y Hal le cuenta que necesita 800 dólares para arreglar la pared que su amigo rompió. Malcolm propone hacer un rastrillo con todas las cosas viejas acumuladas en el garaje.

Malcolm compite en un “octatlón” académico pero odia la intensidad y la seriedad con la que compiten los otros participantes. Mientras, Hal lucha por recuperar el cariño de Dewey, y Reese trata de evitar ir a un baile.

Cuando Lois y Hal escriben su testamento preparándose para recibir al bebé, recuerdan todos los incidentes por los que han pasado con sus cuatro hijos.

Cuando Hal y Lois se van de escapada romántica antes de que nazca el bebé, Reese organiza una fiesta en casa a la que acuden amigos delincuentes de Francis, sin que se los haya invitado, que se amotinan en el garaje y toman como rehenes a los chicos.

Leonard, un cínico y genial jugador de ajedrez sin amigos ni trabajo, hace pensar a Malcolm que él podría tener una vida similar en un futuro. Determinado a prevenir este indeseable destino, Malcolm intenta ayudar a cambiar su vida.

Hal se lleva a los muchachos a una exposición de novias, en donde Reese se mete en muchos problemas y a Hal se le olvida que es cumpleaños de Dewey. Francis y Piama están de visita, pero también Ida llega en el momento menos esperado y nadie la quiere en casa. Lois empieza a senir las contracciones del bebé.

Con la llegada del quinto niño, Lois y Hal deben encontrar a alguien que se haga cargo de él. Así, deciden unirse a la iglesia para obtener servicio de guardería diurna para Jaime, el recién llegado. Por otro lado, en el rancho, Francis cree haber visto un OVNI.