Ein Familienausflug in den Zoo bringt so allerhand Turbulenzen mit sich: So muss Hal von Lois’ Jugendliebe Matt erfahren, dass seine Frau früher mit mehreren Männern gleichzeitig verkehrte. Zur gleichen Zeit flüchtet Resse vor einer Ziege, die ihn äußerst hartnäckig verfolgt, während Dewey und Malcolm im Tiergehege festsitzen. Unterdessen werden Francis und Piama von ganz anderen Sorgen geplagt: Ausgerechnet während einer Reise gibt ihr Auto den Geist auf … (

Malcolm ist ganz aus dem Häuschen – der erste Tag an der Highschool ist gekommen! Die Vorfreude des Jungen wird jedoch jäh getrübt, als ausgerechnet Lois und Hal zum Elterndienst an der Schule eingeteilt werden. Während Lois der neue Job viel Freude bereitet, hat ihr Mann einige Probleme mit seiner Arbeit und wird sogar gefeuert. Auch Malcolm scheint vom Pech verfolgt: Von Lois bemuttert und von seinen hochbegabten Freunden verfolgt, wird er schnell zum Gespött der ganzen Schule.

Lois und Hal fahren samt Kindern und Schwiegertochter Piama zu einer Familienfeier anlässlich Walters Geburtstag. Bereits kurz nach der Ankunft bei Hals Eltern ist klar, dass es einige Probleme gibt: Hals Familie besteht ausschließlich aus arroganten, furchtbar reichen Schnöseln, die es vor allem auf Lois abgesehen haben. Während sich die vierfache Mutter gegen die Gemeinheiten gegen ihre Person zu wehren versucht, verfolgt Reese das Ziel, sich bei Opa Walter einzuschleimen …

Es ist so weit: Malcolm entdeckt das Interesse am anderen Geschlecht. Doch so unerfahren, wie er in Sachen Small Talk ist, gelingt es ihm einfach nicht, seine Angebetete Alison in ein Gespräch zu verwickeln. Doch dann gibt ihm Reese einen sehr guten Tipp … Währenddessen wird Otto von einem Betrüger gelinkt: Er zahlt mehrere tausend Dollar für eine Sonnencreme für seine Rinder! Nach einer blutigen Schlägerei holt Francis das Geld seines Chefs jedoch wieder zurück.

Malcolm spart seit Wochen darauf, Stevies Notebook kaufen zu können und nutzt jede Möglichkeit, um noch ein paar Cents zu bekommen. Abgelenkt wird er dabei von Reese, der ihm immer neue Streiche spielt. Und die gilt es natürlich zu übertrumpfen! Die Situation eskaliert schließlich auf der Cart-Bahn: Hal und Lois müssen die beiden Verletzten abholen und ins Krankenhaus bringen. Deshalb versäumen sie den großen Auftritt von Dewey auf der Schulaufführung.

Als Malcolm seiner Mitschülerin Nicki Nachhilfeunterricht erteilt, gesteht ihm diese, dass sie in ihn verliebt ist. Die beiden könnten von nun an ein glückliches Paar sein – wäre da nicht Nickis Vater, der strikt gegen diese Liaison ist. Dewey freut sich unterdessen über eine Menge Geld, das er von den Nachbarn bekommen hat. Die Anwohner verwechseln den Jungen aufgrund frappierender Ähnlichkeit mit Billy Prescott, der zahlreiche Arbeiten in der Nachbarschaft durchführte.

Malcolm ist mächtig stolz, da er es ins Basketballteam der Schule geschafft hat. Sein Glück ist jedoch nur von kurzer Dauer: Nach einem Streit mit dem Trainer fliegt er aus der Mannschaft. Erst da realisiert Malcolm, dass er öfter mal seinen Mund halten sollte. Auch Hal hat eine neue Sportart für sich entdeckt – das Gehen. Durch hartes Training wird der Familienvater schon bald zum Gruppenbesten. Er fühlt sich unbezwingbar, bis Wheeler auftaucht und ihn vernichtend schlägt.

Endlich Ferien – Ferien von der Mutter! Die Jungs können es kaum glauben, tatsächlich ein ganzes Wochenende ohne das weibliche Familienoberhaupt auf der Farm von Francis verbringen zu dürfen. Zu ihrem Ärger müssen sie allerdings feststellen, dass ihr ältester Bruder sich durch sein neues Leben und den Job zu einer äußerst nervigen, männlichen Version von Mom entwickelt hat. Kein Wunder also, dass Malcolm, Reese und Dewey alles tun, um den alten Francis hervorzulocken

Es kommt einer Katastrophe gleich, als Francis, dessen Frau Piama und Grandma ausgerechnet zur gleichen Zeit bei Lois und Hal zu Besuch sind. Die Lage spitzt sich erheblich zu, als Grandma bei ihrer Abreise stürzt und dadurch nicht nur länger bleiben muss, sondern auch noch ihr eigenes Kind verklagen will. Doch das ist nicht das einzige Problem: Während Malcolm einen Tobsuchtsanfall bekommt, weil er in ein Zelt im Hof verbannt wurde, findet Lois heraus, dass sie schwanger ist.

Dieses Jahr wollen Lois und Hal den Valentinstag für einen kleinen Einkaufsbummel nutzen und den Jungs neue Kleidung kaufen. Bevor es jedoch so weit ist, passiert Unglaubliches: Malcolm schlägt seinen Bruder Reese nieder, weil dieser seinen Lieblingsstift gestohlen hat. Ab diesem Zeitpunkt ist nichts mehr wie es war – Reese hat seine Vormachtstellung gegenüber seinem hochbegabten Bruder verloren und versucht von nun an, ihm nicht mehr in die Quere zu kommen

Lois hat der tägliche Stress zu Hause dermaßen mitgenommen, dass ihr von ihrem Arzt empfohlen wird, zumindest für einige Zeit das eigene Heim zu verlassen. So kommt es, dass die dreifache Mutter bei ihrer Schwester untergebracht wird. Auf der dreistündigen Fahrt zu ihrer neuen Bleibe fällt das Gespräch auch auf Malcolm und seine Freundin Nikki, die er nach wie vor heimlich trifft. Um den Jungen vor Dummheiten zu bewahren, hält ihm Lois einen Sex-Vortrag der etwas anderen Art

Seitdem Lois das Haus verlassen hat, regiert das absolute Chaos. Obwohl sich Hal größte Mühe gibt, den Haushalt auch ohne seine Frau zu schmeißen, tanzen ihm die Kinder auf der Nase herum. So auch Malcolm, der die Gelegenheit nutzt, um seine Freundin Nikki zu treffen. Sein Verschwinden bleibt jedoch nicht unentdeckt, und so kommt es zum heftigen Streit zwischen Vater und Sohn, der schließlich damit endet, dass Malcolm plötzlich ohne Dach über dem Kopf dasteht

Malcolm und Stevie sind zur Geburtstagsparty von Dabney eingeladen. Dort angekommen, stellen sie fest, dass sie die einzigen beiden Gäste sind! Doch damit nicht genug: Dabneys Mutter ist eine richtige Glucke, die ihren Sohn vor allem und jedem beschützen möchte. Unter Dabneys Geschenken befindet sich auch eine Gotcha-Pistole, die Dabney sogleich von seiner Mutter weggenommen wird. Danach besteht sie darauf, dass ihr Sohn ihr das Haar bürstet. Doch Dabney probt den Aufstand

Um Geld für Hausreparaturen zu beschaffen, plant die Familie einen Trödelmarkt, zumal sich in der Garage sowieso die alten Sachen türmen. Lois meint, etwas mehr Eigenverantwortung könne Reese nicht schaden, und lässt ihn den Verkauf organisieren – doch die verhaltenstherapeutische Maßnahme geht nach hinten los, da Reese alles falsch macht, was man nur falsch machen kann. Als auch noch Hal seine alte Sendeanlage reaktiviert, hat die Familie die Bundesaufsichtsbehörde am Hals

Malcolm und seine hochbegabten Freunde sollen an einem akademischen Achtkampf teilnehmen. Weil Mister Herkabe von seinen Schützlingen verlangt, bei dem Wettbewerb unlautere Mittel einzusetzen, entwickelt Malcolm einen eigenen Plan. Etwa zur gleichen Zeit macht Hal Dewey klar, dass er ihn nicht mehr jeden Abend in Bett tragen wird, weil er mittlerweile zu groß und zu schwer ist. Dewey zeigt bei dieser Argumentation wenig Verständnis und kündigt seinem Vater die Zuneigung

Nachdem schon unzählige Bemühungen, das eigene Testament niederzuschreiben, gescheitert sind, starten Lois und Hal mitten in der Nacht einen erneuten Versuch. Als die beiden klären wollen, wie es mit ihren Kindern im Falle ihres Ablebens weitergehen soll, geraten sie sich in die Haare. Lois und Hal werfen sich gegenseitig vor, im Umgang mit Geld und bei der Erziehung des Nachwuchses kläglich versagt zu haben – sie halten sich für die schlechtesten Eltern der Welt!

Um vor der Geburt ihres Babys noch ein letztes ruhiges Wochenende in trauter Zweisamkeit verbringen zu können, fahren Hal und Lois zusammen in den Urlaub. Die Jungs haben die beiden in vermeintlich sicheren Gewahrsam gegeben: Während Dewey seine Zeit mit Craig verbringt, soll Malcolm bei Stevie übernachten und Reese zu seiner Oma nach Kanada fahren. Letzterer möchte aber eine große Party feiern und steigt während der Fahrt aus, um heimlich wieder nach Hause zu düsen

Malcolm lernt im Park Leonard kennen, ein Verlierertyp, aber begeisterter Schachspieler. Er lässt sich auf ein Duell mit Leonard ein, doch sämtliche Partien enden mit einem Patt. Daraufhin will Malcolm ihm bei der Jobsuche behilflich sein und organisiert ein Vorstellungsgespräch bei Craig im Supermarkt – doch leider ohne Erfolg … Unterdessen gibt sich Hal alle Mühe, Lois Körperumfang zu vergrößern, indem er ihrem Essen zusätzliche Kalorien und Fette beimischt

Francis und Piama kommen zu Besuch, um Lois kurz vor der Entbindung ein wenig im Haushalt zu helfen. Während Hal, Malcolm, Reese und Dewey eine Ausstellung besuchen, taucht zum Entsetzen aller plötzlich Großmutter Ida auf. Doch Lois hat eine geniale Idee, um sie los zu werden: Sie lädt alle ihre schwarzen Freunde zu sich nach Hause ein, weil Ida Angst vor Schwarzen hat. Der Plan scheint aufzugehen, aber just als sie abreisen will, platzt Lois’ Fruchtblase – und Ida bleibt doch.

Es ist endlich so weit: Bei Lois haben die Wehen eingesetzt. Obwohl die Familie längst einen Rettungswagen bestellt hat, wollen die dringend benötigten Sanitäter einfach nicht auftauchen. Als wäre das noch nicht schlimm genug, muss sich die schwangere Lois auch noch diverse Gemeinheiten ihrer Mutter gefallen und sich von Craig unsinnige Tipps zum Thema Entbindung geben lassen. Als die Wehen immer schlimmer werden, wird eines klar – Francis muss dem Baby auf die Welt helfen!

Lois und Hal sind verzweifelt, weil sie einfach keinen Kindertagesstättenplatz für Jamie finden können. In ihrer Not treten die beiden samt Nachwuchs einer Glaubensgemeinschaft bei, die sich um die Betreuung ihres Kindes kümmern würde. Diesen Schritt bereuen die Eltern aber sehr schnell. Andernorts macht sich Francis große Sorgen, weil Otto wegen schlecht laufender Geschäfte schon wieder Personal entlassen muss. Doch er hat schon eine Idee, wie er seinem Chef helfen kann